ПОМОЩЬ анализ

целью репликации ДНК крошечного фрагмента H с paII обогащение с помощью ( помощью лигирования анализа PCR С анализ HELP) ^{[ 1 ]} Это один из нескольких методов, используемых для определения того, была ли ДНК метилирована . Методика может быть адаптирована для изучения метилирования ДНК внутри и вокруг отдельных генов или расширена для изучения метилирования во всем геноме .

Этот метод основан на свойствах двух ферментов рестрикции : Hpa II и Msp I. Анализ HELP. ^{[ 1 ]} сравнивает представления, генерируемые Hpa II и Msp расщеплением генома I с последующей ПЦР, опосредованной лигированием. Hpa II переваривает сайты 5'-C CG G-3' только тогда, когда цитозин в центральном динуклеотиде CG неметилирован, представительство Hpa II обогащается гипометилированной частью генома. Представление Msp трудности с ПЦР I позволяет контролировать изменения количества копий и - амплификацией.

Недавно было показано, что паттерны метилирования цитозина имеют тенденцию быть согласованными на коротких (~ 1 т.п.н.) участках. ^{[ 2 ]} Таким образом, паттерны, представленные сайтами Hpa II, имеют тенденцию локально репрезентативны для других динуклеотидов CG.

Анализ данных HELP включает анализ качества и нормализацию. Недавно был опубликован аналитический конвейер, написанный на языке программирования R и позволяющий обрабатывать данные HELP. ^{[ 3 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Хулан Б., Томпсон Р.Ф., Йе К. и др. (август 2006 г.). «Сравнительное профилирование изошизомеров метилирования цитозина: анализ HELP» . Геномные исследования . 16 (8): 1046–55. дои : 10.1101/гр.5273806 . ПМЦ 1524864 . ПМИД 16809668 .
^ Экхардт Ф., Левин Дж., Кортезе Р. и др. (декабрь 2006 г.). «Профилирование метилирования ДНК хромосом 6, 20 и 22 человека» . Природная генетика . 38 (12): 1378–85. дои : 10.1038/ng1909 . ПМК 3082778 . ПМИД 17072317 .
^ Томпсон Р.Ф., Реймерс М., Хулан Б. и др. (май 2008 г.). «Аналитический конвейер для геномных представлений, используемый для исследований метилирования цитозина» . Биоинформатика . 24 (9): 1161–7. doi : 10.1093/биоинформатика/btn096 . ПМК 5061929 . ПМИД 18353789 .

Внешние ссылки

Протокол теста HELP

[pmid16809668-1] Jump up to: ^а ^б Хулан Б., Томпсон Р.Ф., Йе К. и др. (август 2006 г.). «Сравнительное профилирование изошизомеров метилирования цитозина: анализ HELP» . Геномные исследования . 16 (8): 1046–55. дои : 10.1101/гр.5273806 . ПМЦ 1524864 . ПМИД 16809668 .

[2] Экхардт Ф., Левин Дж., Кортезе Р. и др. (декабрь 2006 г.). «Профилирование метилирования ДНК хромосом 6, 20 и 22 человека» . Природная генетика . 38 (12): 1378–85. дои : 10.1038/ng1909 . ПМК 3082778 . ПМИД 17072317 .

[3] Томпсон Р.Ф., Реймерс М., Хулан Б. и др. (май 2008 г.). «Аналитический конвейер для геномных представлений, используемый для исследований метилирования цитозина» . Биоинформатика . 24 (9): 1161–7. doi : 10.1093/биоинформатика/btn096 . ПМК 5061929 . ПМИД 18353789 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]