Простая небрежная семантическая база данных

Simple Sloppy Semantic Database (S3DB) — это распределенная система управления данными, основанная на концепциях семантической сети для управления разнородными данными.

S3DB — это программное обеспечение с открытым исходным кодом , распространяемое по лицензии Creative Commons Attribution-Noncommercial-Share Alike 3.0, США. Он написан на PHP .

История

S3DB был впервые предложен в 2006 году. ^{[ 1 ]} после аргументации, высказанной в прошлом году, что наборами данных omics было бы легче управлять, если бы они хранились в виде троек RDF . ^{[ 2 ]}

Первая версия, 1.0, была ориентирована на поддержку механизма индексирования для управления тройными магазинами .

Во второй версии, выпущенной в октябре 2007 года, были добавлены перекрестные ссылки между тройками в отдельных развертываниях S3DB для поддержки ее как распределенной инфраструктуры.

Третья версия была выпущена в июле 2008 года и предоставляет свой API через специализированный язык запросов S3QL. ^{[ 3 ]} доступен как веб-сервис REST . Обновление этого выпуска (версия 3.5) также включает конечную точку RESTful SPARQL . В этом обновлении появилась функция самостоятельного обновления, которая заменяет номера версий по дате обновления.

В 2011 году был опубликован API S3DB. ^{[ 4 ]} и был использован при управлении клиническим исследованием в Онкологическом центре М.Д.Андерсона с использованием веб-приложения с самособираемым интерфейсом. ^{[ 5 ]}

Оценки

Обоснование, базовая модель данных и использование Национального института рака ( NIH/NCI ) наград SPORE описаны и проиллюстрированы в PLoS ONE 2008 года. рукописи ^{[ 6 ]} и рукопись BMC Bioinformatics 2010 года . ^{[ 7 ]}

В обзорном документе 2012 года говорилось: «S3QL поддерживает механизм контроля разрешений, который позволяет пользователям указывать контекстуальные детали, такие как происхождение и контроль доступа, на семантическом уровне. Эффективность S3QL была проиллюстрирована на примерах использования IB, таких как геномная характеристика рака и молекулярная эпидемиология инфекционных заболеваний. Мы ожидаем, что S3QL или его варианты будут приняты сообществом SW в качестве стандартного механизма контроля доступа». ^{[ 8 ]}

Внешние ссылки

Домашняя страница S3DB
Исходный код S3DB
Спецификация S3QL
Обучающее видео по S3DB , YouTube, 2008 г.

Ссылки

^ Алмейда Дж.С., Чен С., Горлицкий Р. и др. (сентябрь 2006 г.). «Интеграция данных становится небрежной ». Нат. Биотехнология . 24 (9): 1070–1. дои : 10.1038/nbt0906-1070 . ПМИД 16964209 . S2CID 8526134 .
^ Ван X, Горлицкий Р., Алмейда Дж.С. (сентябрь 2005 г.). «От XML к RDF: как семантические веб-технологии изменят дизайн «омических» стандартов». Нат. Биотехнология . 23 (9): 1099–103. дои : 10.1038/nbt1139 . ПМИД 16151403 . S2CID 23561352 .
^ Основы API S3QL
^ Деус ХФ; МК Корреа; Р. Станислав; М Мирагайя; В. Маасс; Х де Ленкастр; Р. Фокс; Дж. С. Алмейда (2011). «S3QL: распределенный предметно-ориентированный язык для контролируемой семантической интеграции данных медико-биологических наук» . БМК Биоинформатика . 12 :285. дои : 10.1186/1471-2105-12-285 . ПМК 3155508 . ПМИД 21756325 .
^ Корреа MC, Деус Х.Ф., Васконселос А.Т., Хаяши Ю., Аджани Дж.А., Патнана С.В., Алмейда Дж.С. (2010). «AGUIA: сборка автономного графического пользовательского интерфейса для служб семантических данных клинических тиралов» . BMC Медицинская информатика и принятие решений . 10:35 . дои : 10.1186/1472-6947-10-65 . ПМЦ 2987967 . ПМИД 20977768 .
^ Деус Х.Ф., Станислав Р., Вейга Д.Ф. и др. (2008). Бен-Джейкоб Э. (ред.). «Модель семантического веб-управления для интегративной биомедицинской информатики» . ПЛОС ОДИН . 3 (8): e2946. Бибкод : 2008PLoSO...3.2946D . дои : 10.1371/journal.pone.0002946 . ПМК 2491554 . ПМИД 18698353 .
^ Алмейда Дж.С., Деус Х.Ф., Маасс В. (2010). «Ядро S3DB: основа для создания и управления RDF в инфраструктурах биоинформатики» . БМК Биоинформатика . 11 : 387. дои : 10.1186/1471-2105-11-387 . ПМЦ 2918582 . ПМИД 20646315 .
^ Чен Х, Ю Т, Чен Цзюй (2012). «Семантическая сеть встречается с интегративной биологией: опрос» . Брифинги по биоинформатике . 14 (1): 109–25. дои : 10.1093/нагрудник/bbs014 . ПМИД 22492191 .

[1] Алмейда Дж.С., Чен С., Горлицкий Р. и др. (сентябрь 2006 г.). «Интеграция данных становится небрежной ». Нат. Биотехнология . 24 (9): 1070–1. дои : 10.1038/nbt0906-1070 . ПМИД 16964209 . S2CID 8526134 .

[2] Ван X, Горлицкий Р., Алмейда Дж.С. (сентябрь 2005 г.). «От XML к RDF: как семантические веб-технологии изменят дизайн «омических» стандартов». Нат. Биотехнология . 23 (9): 1099–103. дои : 10.1038/nbt1139 . ПМИД 16151403 . S2CID 23561352 .

[3] Основы API S3QL

[4] Деус ХФ; МК Корреа; Р. Станислав; М Мирагайя; В. Маасс; Х де Ленкастр; Р. Фокс; Дж. С. Алмейда (2011). «S3QL: распределенный предметно-ориентированный язык для контролируемой семантической интеграции данных медико-биологических наук» . БМК Биоинформатика . 12 :285. дои : 10.1186/1471-2105-12-285 . ПМК 3155508 . ПМИД 21756325 .

[5] Корреа MC, Деус Х.Ф., Васконселос А.Т., Хаяши Ю., Аджани Дж.А., Патнана С.В., Алмейда Дж.С. (2010). «AGUIA: сборка автономного графического пользовательского интерфейса для служб семантических данных клинических тиралов» . BMC Медицинская информатика и принятие решений . 10:35 . дои : 10.1186/1472-6947-10-65 . ПМЦ 2987967 . ПМИД 20977768 .

[6] Деус Х.Ф., Станислав Р., Вейга Д.Ф. и др. (2008). Бен-Джейкоб Э. (ред.). «Модель семантического веб-управления для интегративной биомедицинской информатики» . ПЛОС ОДИН . 3 (8): e2946. Бибкод : 2008PLoSO...3.2946D . дои : 10.1371/journal.pone.0002946 . ПМК 2491554 . ПМИД 18698353 .

[7] Алмейда Дж.С., Деус Х.Ф., Маасс В. (2010). «Ядро S3DB: основа для создания и управления RDF в инфраструктурах биоинформатики» . БМК Биоинформатика . 11 : 387. дои : 10.1186/1471-2105-11-387 . ПМЦ 2918582 . ПМИД 20646315 .

[8] Чен Х, Ю Т, Чен Цзюй (2012). «Семантическая сеть встречается с интегративной биологией: опрос» . Брифинги по биоинформатике . 14 (1): 109–25. дои : 10.1093/нагрудник/bbs014 . ПМИД 22492191 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]