Конвейер протеомики OpenMS

OpenMS Proteomics Pipeline (TOPP) представляет собой набор вычислительных инструментов, которые можно объединить в цепочку для настройки конвейеров анализа для конкретных задач для данных ВЭЖХ-МС. Он преобразует большую часть функций OpenMS в небольшие инструменты командной строки, которые являются строительными блоками для более сложных конвейеров анализа. Функциональность инструментов варьируется от предварительной обработки данных ( преобразование формата файла , уменьшение базовой линии, уменьшение шума, выбор пиков, выравнивание карты...) до количественного анализа (с изотопной маркировкой и без меток) до идентификации (инструменты-оболочки для Mascot , Sequest) . , InsPecT и OMSSA ).

TOPP разработан в группах профессора Кнута Райнерта [1] в Свободном университете Берлина и в группе профессора Кольбахера [2] в Тюбингенском университете .

Более подробную информацию об инструментах TOPP см. в документации TOPP последней версии и публикации TOPP в справочниках.

OpenMS Proteomics Pipeline — бесплатное программное обеспечение из 3 пунктов , выпущенное под лицензией BSD . ^{[ 1 ]}

Ссылки

^ readme , License.txt

Шторм, Марк; Берч, Андреас; Грепль, Клеменс; Хильдебрандт, Андреас; Хуссонг, Рене; Ланге, Ева; Пфайфер, Нико; Шульц-Триглаф, Оле; Зерк, Александра; Райнерт, Кнут; Кольбахер, Оливер (декабрь 2008 г.). «OpenMS — программная платформа с открытым исходным кодом для масс-спектрометрии» . БМК Биоинформатика . 9 (1): 163. дои : 10.1186/1471-2105-9-163 . ПМК 2311306 . ПМИД 18366760 .
Кольбахер, О.; Райнерт, К.; Гропл, К.; Ланге, Э.; Пфайфер, Н.; Шульц-Триглаф, О.; Штурм, М. (15 января 2007 г.). «TOPP — конвейер протеомики OpenMS» . Биоинформатика . 23 (2): e191–e197. doi : 10.1093/биоинформатика/btl299 . ПМИД 17237091 .

[1] readme , License.txt

[ 1 ]