ОпенМС
| Разработчик(и) | Более 65 человек |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 1 июля 2007 г |
| Стабильная версия | 3.1.0
/ 25 октября 2023 г |
| Репозиторий | |
| Написано в | C++ (с привязкой к Python ) |
| Операционная система | Линукс , Виндовс , МакОС |
| Размер | 215 МБ [ 1 ] |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Программное обеспечение для биоинформатики / масс-спектрометрии |
| Лицензия | Лицензии BSD, 3 пункта |
| Веб-сайт | опенмс |
OpenMS — это проект с открытым исходным кодом для анализа и обработки данных в масс-спектрометрии , распространяемый под лицензией BSD с тремя пунктами . Он поддерживает большинство распространенных операционных систем, включая Microsoft Windows , MacOS и Linux . [ 2 ]
OpenMS имеет инструменты для анализа протеомных данных, предоставляющие алгоритмы для обработки сигналов, поиска признаков (включая деизотопирование), визуализации в 1D (уровень спектра или хроматограммы), 2D и 3D, картографирования и идентификации пептидов. Он поддерживает количественный анализ без меток и на основе изотопных меток (например, iTRAQ , TMT и SILAC ). OpenMS также поддерживает рабочие процессы метаболомики и целевой анализ данных DIA/SWATH . [ 2 ] Кроме того, OpenMS предоставляет инструменты для анализа данных перекрестного сшивания , включая сшивку белок-белок, белок-РНК и белок-ДНК. Наконец, OpenMS предоставляет инструменты для анализа данных масс-спектрометрии РНК.
История
[ редактировать ]OpenMS был первоначально выпущен в 2007 году в версии 1.0 и был описан в двух статьях, опубликованных в журнале «Биоинформатика» в 2007 и 2008 годах, и с тех пор выпускался постоянно. [ 3 ] [ 4 ] В 2009 году был опубликован инструмент визуализации TOPPView. [ 5 ] а в 2012 году был описан менеджер и редактор рабочих процессов TOPPAS. [ 6 ] В 2013 году был описан полный высокопроизводительный конвейер анализа без меток с использованием OpenMS 1.8, который сравнивался с аналогичным проприетарным программным обеспечением (таким как MaxQuant и Proogenic QI ). Авторы приходят к выводу, что «[...] все три программных решения дают адекватные и в значительной степени сопоставимые результаты количественного анализа; все они имеют некоторые недостатки, и ни одно из них не может превзойти два других по всем аспектам, которые мы исследовали. Однако производительность OpenMS находится на одном уровне. с показателями двух протестированных конкурентов [...]". [ 7 ]
Версия OpenMS 1.10 содержала несколько новых инструментов анализа, в том числе OpenSWATH (инструмент для целевого анализа данных DIA ), средство поиска метаболомных функций и инструмент анализа TMT . Кроме того, была добавлена полная поддержка TraML 1.0.0 и поисковой системы MyriMatch. [ 8 ] Выпуск OpenMS 1.11 был первым выпуском, который содержал полностью интегрированные привязки к языку программирования Python (называемому pyOpenMS). [ 9 ] Кроме того, были добавлены новые инструменты для поддержки QcML (для контроля качества) и для метаболомного точного массового анализа. Многие инструменты были значительно улучшены в отношении производительности памяти и процессора. [ 10 ]
OpenMS 2.0, выпущенный в апреле 2015 года, представляет собой новую версию, которая полностью очищена от кода GPL и использует git (в сочетании с GitHub ) для своей системы контроля версий и обработки заявок. Другие изменения включают поддержку mzIdentML, mzQuantML и mzTab, а улучшения в ядре обеспечивают более быстрый доступ к данным, хранящимся в mzML, и предоставляют новый API для доступа к масс-спектрометрическим данным. [ 11 ] В 2016 году новые возможности OpenMS 2.0 были описаны в статье в Nature Methods . [ 2 ]
OpenMS в настоящее время разрабатывается при участии группы Кнута Райнерта. [ 12 ] в Свободном университете Берлина , группа Оливера Кольбахера [ 13 ] в Тюбингенском университете и группе Руди Эберсольда [ 14 ] в ETH Цюриха .
Функции
[ редактировать ]OpenMS предоставляет набор из более чем 100 различных исполняемых инструментов, которые можно объединить в конвейеры для анализа данных масс-спектрометрии (инструменты TOPP). Он также предоставляет инструменты визуализации спектров и хроматограмм (1D), масс-спектрометрических тепловых карт (2D m/z в зависимости от RT ), а также трехмерной визуализации масс-спектрометрического эксперимента. Наконец, OpenMS также предоставляет библиотеку C++ (с привязкой к Python, доступной начиная с версии 1.11) для управления данными ЖХ/МС и анализа, доступную разработчикам для создания новых инструментов и реализации собственных алгоритмов с использованием библиотеки OpenMS. OpenMS — бесплатное программное обеспечение, доступное по трехпунктной лицензии BSD (ранее — LGPL).
Среди прочего, он предоставляет алгоритмы для обработки сигналов, поиска признаков (включая деизотопирование), визуализации, картографирования и идентификации пептидов. Он поддерживает количественный анализ без меток и на основе изотопных меток (например, iTRAQ , TMT и SILAC ).
TOPPView — программа просмотра, позволяющая визуализировать масс-спектрометрические данные на уровне MS1 и MS2, а также в 3D; кроме того, он также отображает хроматографические данные экспериментов SRM (в версии 1.10). OpenMS совместим с текущими и будущими форматами Proteomics Standard Initiative (PSI) для масс-спектрометрических данных.
Релизы
[ редактировать ]| Версия | Дата | Функции | |
|---|---|---|---|
| 1.6.0. | ноябрь 2009 г. | Новая версия TOPPAS, чтение сжатых файлов XML, выравнивание на основе идентификации. | |
| 1.7.0. | Сентябрь 2010 г. | Количественный анализ белка, поддержка protXML, создание списков включения/исключения. | |
| 1.8.0. | март 2011 г. | Отображение результатов идентификации, связывание функций на основе QT Clustering | |
| 1.9.0. | февраль 2012 г. | поддержка метаболомики , обнаружение признаков в необработанных (профильных) данных | |
| 1.10.0. | Март 2013 г. | Интеграция KNIME , поддержка целевого анализа SWATH-MS, поддержка TraML, интеграция SuperHirn, поддержка MyriMatch | |
| 1.11.0. | август 2013 г. | Поддержка привязок Python , повышение производительности, поддержка Mascot 2.4. | |
| 2.0. | апрель 2015 г. | mzQuantL, mzIdentML, mzTab, индексированный mzML , удаление кода GPL , переход на git , поддержка Fido, MSGF+, Percolator | |
| 2.0.1. | апрель 2016 г. | более быстрое чтение файлов, улучшенная поддержка mzIdentML и mzTab, анализ элементарных потоков, создание целевого анализа, поддержка Comet и Luciphor | |
| 2.1.0. | ноябрь 2016 г. | Поддержка метаболитов SWATH-MS, минимальные преобразования для выравнивания RT, улучшенный поиск метаболических характеристик | |
| 2.2.0. | июль 2017 г. | Быстрое связывание объектов с использованием дерева KD, поддержка перекрестных связей РНК, поддержка SpectraST, поддержка сканирования SWATH, SQLite форматы файлов | |
| 2.3.0. | январь 2018 г. | Белково-протеиновое сшивание, поддержка Comet, поддержка фракций, TMT 11plex, улучшенная сборка для привязок Python | |
| 2.4.0. | Октябрь 2018 г. | Поддержка MaraCluster, Crux, MSFragger, MSstats, SIRIUS, визуализация подвижности ионов и DIA, улучшения библиотеки | |
| 2.5.0. | февраль 2020 г. | Поддержка масс-спектрометрии РНК, рабочего процесса контроля качества, расширенной поддержки OpenSWATH, ProteomicsLFQ | |
| 2.6.0. | сентябрь 2020 г. | PyOpenMS Сборки колес , инструмент проверки пригодности баз данных, поддержка маркировки SLIM | |
| 2.7.0. | июль 2021 г. | Улучшенная поддержка NOVOR и MSFragger, а также SIRIUS 4.9.0, экспорт формата mzQC в QCCalculator, улучшенное чтение и запись файлов NIST MSP. | |
| 3.0.0. | июль 2023 г. | Добавлены графический интерфейс FLASHDeconv и FLASHDeconvWizard. Удалены устаревшие адаптеры инструментов. Значительные улучшения документации. |
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Релизы OpenMS
- ^ Перейти обратно: а б с Рёст Х.Л., Заксенберг Т., Айхе С., Белов К., Вайссер Х., Айхелер Ф., Андреотти С., Эрлих Х.К., Гутенбруннер П., Кенар Э., Лян Х., Нансен С., Нильсе Л., Пфайффер Дж., Розенбергер Г., Рюрик М., Шмитт У. , Вейт Дж, Вальцер М, Войнар Д, Вольски ВЕ, Шиллинг О, Чоудхари Дж.С., Мальмстрем Л., Эберсольд Р., Райнерт К., Кольбахер О. (2016). «OpenMS: гибкая программная платформа с открытым исходным кодом для анализа данных масс-спектрометрии» (PDF) . Нат. Методы . 13 (9): 741–8. дои : 10.1038/nmeth.3959 . ПМИД 27575624 . S2CID 873670 .
- ^ Штурм, М.; Берч, А.; Грёпль, К.; Хильдебрандт, А.; Хуссонг, Р.; Ланге, Э.; Пфайфер, Н.; Шульц-Триглаф, О.; Зерк, А.; Райнерт, К.; Кольбахер, О. (2008). «OpenMS – программная платформа с открытым исходным кодом для масс-спектрометрии» . БМК Биоинформатика . 9 : 163. дои : 10.1186/1471-2105-9-163 . ПМК 2311306 . ПМИД 18366760 .
- ^ Кольбахер, О.; Райнерт, К.; Гропл, К.; Ланге, Э.; Пфайфер, Н.; Шульц-Триглаф, О.; Штурм, М. (2007). «TOPP - конвейер протеомики OpenMS». Биоинформатика . 23 (2): e191–e197. doi : 10.1093/биоинформатика/btl299 . ПМИД 17237091 .
- ^ Штурм, М.; Кольбахер, О. (2009). «TOPPView: программа просмотра данных масс-спектрометрии с открытым исходным кодом». Журнал исследований протеома . 8 (7): 3760–3763. дои : 10.1021/pr900171m . ПМИД 19425593 .
- ^ Юнкер, Дж.; Белоу, К.; Берч, А.; Штурм, М.; Райнерт, К.; Кольбахер, О. (2012). «TOPPAS: графический редактор рабочего процесса для анализа данных высокопроизводительной протеомики». Журнал исследований протеома . 11 (7): 3914–3920. дои : 10.1021/pr300187f . ПМИД 22583024 .
- ^ Вайссер, Х.; Нансен, С.; Гроссманн, Дж.; Нильсе, Л.; Квандт, А.; Брауэр, Х.; Штурм, М.; Кенар, Э.; Кольбахер, О.; Эберсолд, Р.; Мальмстрем, Л. (2013). «Автоматизированный конвейер для высокопроизводительной количественной протеомики без меток». Журнал исследований протеома . 12 (4): 1628–44. дои : 10.1021/pr300992u . ПМИД 23391308 .
- ^ «Выпущен OpenMS 1.10» . Проверено 4 июля 2013 г.
- ^ «pyopenms 1.11: Индекс пакетов Python» . Проверено 27 октября 2013 г.
- ^ «Выпущен OpenMS 1.11» . Проверено 27 октября 2013 г.
- ^ Рёст Х.Л., Шмитт У., Эберсольд Р., Мальмстрем Л. (2015). «Быстрый и эффективный доступ к XML-данным для масс-спектрометрии нового поколения» . ПЛОС ОДИН . 10 (4): e0125108. Бибкод : 2015PLoSO..1025108R . дои : 10.1371/journal.pone.0125108 . ПМЦ 4416046 . ПМИД 25927999 .
- ^ Группа Рейнерт
- ^ Группа Кольбахера
- ^ «Группа Эберсольда» . Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г. Проверено 1 июля 2013 г.