Транспротеомный трубопровод
| Разработчик(и) | Институт системной биологии |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 10 декабря 2004 г |
| Стабильная версия | 5.0.0
/ 11 октября 2016 г [ 1 ] |
| Написано в | С++ , Перл , Ява |
| Операционная система | Linux , Windows , OS X |
| Тип | Программное обеспечение для биоинформатики / масс-спектрометрии |
| Лицензия | лицензия GPL против. 2.0 и LGPL |
| Веб-сайт | ТПП вики |
Trans -Proteomic Pipeline ( TPP ) — это с открытым исходным кодом программное обеспечение для анализа данных для протеомики, разработанное в Институте системной биологии (ISB) группой Руди Эберсольда при Центре протеома Сиэтла. В состав TPP входят PeptideProphet, [ 2 ] БелокПророк, [ 3 ] ASAPRatio, XPRESS и Libra.
Программные компоненты
[ редактировать ]Присвоение и проверка вероятности
[ редактировать ]PeptideProphet выполняет статистическую проверку совпадений пептидных спектров (PSM), используя результаты поисковых систем, оценивая уровень ложного обнаружения (FDR) на уровне PSM. [ 4 ] Первоначальный PeptideProphet использовал распределение Гаусса для правильной идентификации и соответствие гамма-распределения для неправильной идентификации. Более поздняя модификация программы позволила использовать подход «цель-приманка», используя либо модель смеси переменных компонентов, либо полупараметрическую модель смеси. [ 5 ] В PeptideProphet при указании тега-ловушки будет использоваться модель смеси переменных компонентов, а при выборе непараметрической модели будет использоваться полупараметрическая модель смеси.
ProteinProphet идентифицирует белки на основе результатов PeptideProphet. [ 6 ]
Маю выполняет статистическую проверку идентификации белка, оценивая уровень ложного обнаружения (FDR) на уровне белка. [ 7 ]
Работа со спектральной библиотекой
[ редактировать ]Инструмент SpectraST способен создавать библиотеки спектров и осуществлять поиск наборов данных с использованием этих библиотек. [ 8 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Доступна версия TPP 5.0.0.
- ^ Программное обеспечение: PeptideProphet - SPCTools
- ^ Программное обеспечение: ProteinProphet - SPCTools
- ^ Келлер, А; Несвижский А; Колкер, Э; Эберсолд, Р. (2002). «Эмпирическая статистическая модель для оценки точности идентификации пептидов, выполненной с помощью МС/МС и поиска в базе данных». Анальная химия . 74 (20): 5383–5392. дои : 10.1021/ac025747h . ПМИД 12403597 .
- ^ Чхве, Хёнвон; Гош, Дебашис; Несвижский, Алексей И. (2008). «Статистическая проверка идентификации пептидов в крупномасштабной протеомике с использованием стратегии поиска в базе данных «мишень-приманка» и моделирования гибких смесей» (PDF) . Журнал исследований протеома . 7 (1): 286–292. дои : 10.1021/pr7006818 . ISSN 1535-3893 . ПМИД 18078310 .
- ^ Несвижский А.И., Келлер А., Колкер Э., Эберсольд Р. (2003) « Статистическая модель для идентификации белков с помощью тандемной масс-спектрометрии ». Anal Chem 75:4646-58
- ^ Рейтер, Л.; Клаассен, М.; Шримпф, СП.; Йованович, М.; Шмидт, А.; Буманн, Дж. М.; Хенгартнер, Миссури; Эберсолд, Р. (ноябрь 2009 г.). «Уровень ложных открытий идентификации белков для очень больших наборов протеомных данных, полученных с помощью тандемной масс-спектрометрии» . Мол клеточная протеомика . 8 (11): 2405–17. дои : 10.1074/mcp.M900317-MCP200 . ПМЦ 2773710 . ПМИД 19608599 .
- ^ Программное обеспечение: SpectraST - SPCTools