ПротеоВизард

ПротеоВизард
Первоначальный выпуск	14 марта 2008 г .; 16 лет назад
Стабильная версия	3.0
Репозиторий	github .с /ПротеоВизард /пауза ;
Написано в	С++ , С#
Операционная система	Windows (частичная поддержка OS X и Linux )
Тип	Программное обеспечение для биоинформатики / масс-спектрометрии
Лицензия	Лицензия Apache 2.0
Веб-сайт	протеовид .sourceforge .сеть

ProteoWizard — это набор кроссплатформенных инструментов и библиотек с открытым исходным кодом для анализа протеомных данных. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Он обеспечивает основу для унифицированного доступа к файлам данных масс-спектрометрии и выполняет стандартные химические вычисления и вычисления набора данных LCMS. В частности, он способен читать многие собственные форматы конкретных поставщиков и преобразовывать данные в открытый формат данных.

На уровне приложения программное обеспечение предоставляет исполняемые файлы для преобразования данных (msConvert, msConvertGUI и idConvert), визуализации данных (msPicture и SeeMS), доступа к данным (msAccess, msCat, idCat и msPicture), анализа данных (peekaboo и msPrefix14) и базовой протеомики. коммунальные услуги (бензопила). Кроме того, в проекте также используется программное обеспечение Skyline, которое помогает создавать, получать и анализировать целевые эксперименты по протеомике, такие как эксперименты SRM .

Основными участниками проекта являются исследовательские лаборатории Tabb, MacCoss и Mallick, а также Insilicos. ^{[ 3 ]}

См. также

Ссылки

^ Кесснер, Д.; Чемберс, М.; Берк, Р.; Агус, Д.; Маллик, П. (ноябрь 2008 г.). «ProteoWizard: программное обеспечение с открытым исходным кодом для быстрой разработки инструментов протеомики» . Биоинформатика . 24 (21): 2534–6. doi : 10.1093/биоинформатика/btn323 . ПМЦ 2732273 . ПМИД 18606607 .
^ Чемберс, MC; Маклин, Б.; Берк, Р.; Амодей, Д.; Рудерман, ДЛ.; Нойманн, С.; Гатто, Л.; Фишер, Б.; и др. (октябрь 2012 г.). «Кроссплатформенный набор инструментов для масс-спектрометрии и протеомики» . Нат Биотехнологий . 30 (10): 918–20. дои : 10.1038/nbt.2377 . ПМЦ 3471674 . ПМИД 23051804 .
^ ProteoWizard: Команда

Внешние ссылки

Домашняя страница проекта

[Kessner-2008-1] Кесснер, Д.; Чемберс, М.; Берк, Р.; Агус, Д.; Маллик, П. (ноябрь 2008 г.). «ProteoWizard: программное обеспечение с открытым исходным кодом для быстрой разработки инструментов протеомики» . Биоинформатика . 24 (21): 2534–6. doi : 10.1093/биоинформатика/btn323 . ПМЦ 2732273 . ПМИД 18606607 .

[Chambers-2012-2] Чемберс, MC; Маклин, Б.; Берк, Р.; Амодей, Д.; Рудерман, ДЛ.; Нойманн, С.; Гатто, Л.; Фишер, Б.; и др. (октябрь 2012 г.). «Кроссплатформенный набор инструментов для масс-спектрометрии и протеомики» . Нат Биотехнологий . 30 (10): 918–20. дои : 10.1038/nbt.2377 . ПМЦ 3471674 . ПМИД 23051804 .

[3] ProteoWizard: Команда

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]