Скайлайн (программное обеспечение)
| Разработчик(и) | Брендан X. Маклин и др. |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 17 февраля 2009 г |
| Стабильная версия | 21.2
|
| Написано в | С# |
| Операционная система | Окна |
| Тип | Программное обеспечение для биоинформатики / масс-спектрометрии |
| Лицензия | Лицензия Apache 2.0 |
| Веб-сайт | Домашняя страница Skyline |
Skyline — программное обеспечение с открытым исходным кодом для целевой протеомики. [ 1 ] [ 2 ] и метаболомика [ 3 ] анализ данных. Он работает под управлением Microsoft Windows и поддерживает форматы необработанных данных от нескольких поставщиков масс-спектрометрии. Он содержит графический интерфейс пользователя для отображения хроматографических данных для отдельных пептидов или аналитов малых молекул.
Skyline поддерживает несколько рабочих процессов, включая мониторинг выбранных реакций (SRM)/ мониторинг множественных реакций (MRM), [ 4 ] мониторинг параллельных реакций (PRM), [ 5 ] [ 6 ] сбор данных, независимый от данных (DIA/SWATH) [ 7 ] и целенаправленный сбор данных в зависимости от данных . [ 8 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Маклин Б., Томазела Д.М. и др. (2010). «Skyline: редактор документов с открытым исходным кодом для создания и анализа целевых экспериментов по протеомике» . Биоинформатика . 26 (7): 966–8. doi : 10.1093/биоинформатика/btq054 . ПМЦ 2844992 . ПМИД 20147306 .
- ^ Пино Л. и др. (2017). «Экосистема Skyline: информатика для количественной масс-спектрометрии, протеомики» . Обзоры масс-спектрометрии . 39 (3): 229–244. дои : 10.1002/mas.21540 . ПМК 5799042 . ПМИД 28691345 .
- ^ Адамс К. и др. (2020). «Горизонт для малых молекул: унифицированный пакет программного обеспечения для количественной метаболомики» . Журнал исследований протеома . 19 (4): 1447–1458. doi : 10.1021/acs.jproteome.9b00640 . ПМК 7127945 . ПМИД 31984744 .
- ^ Аббатиелло С. и др. (2015). «Крупномасштабное межлабораторное исследование по разработке, аналитической проверке и применению высокомультиплексных количественных пептидных анализов для измерения белков, связанных с раком, в плазме» . Мол клеточная протеомика . 14 (9): 2357–74. дои : 10.1074/mcp.M114.047050 . ПМЦ 4563721 . ПМИД 25693799 .
- ^ Шеррод С. и др. (2012). «Количественное определение модификаций белка без меток путем мониторинга псевдовыбранных реакций с использованием внутренних эталонных пептидов» . Журнал исследований протеома . 11 (6): 3467–79. дои : 10.1021/pr201240a . ПМЦ 3368409 . ПМИД 22559222 .
- ^ Шиллинг Б. и др. (2015). «Мультиплексный, запланированный, параллельный мониторинг реакций с высоким разрешением на приборе QqTOF с полным сканированием и интегрированными зависимыми от данных и целенаправленными масс-спектрометрическими рабочими процессами» . Аналитическая химия . 87 (20): 10222–9. дои : 10.1021/acs.analchem.5b02983 . ПМЦ 5677521 . ПМИД 26398777 .
- ^ Наварро П. и др. (2016). «Многоцентровое исследование сравнивает программные инструменты для количественного определения протеома без меток» . Природная биотехнология . 34 (11): 1130–1136. дои : 10.1038/nbt.3685 . ПМК 5120688 . ПМИД 27701404 .
- ^ Шиллинг Б. и др. (2012). «Независимая от платформы и без меток количественная оценка протеомных данных с использованием хроматограмм экстрагированных ионов MS1 на горизонте: применение к ацетилированию и фосфорилированию белков» . Мол клеточная протеомика . 11 (5): 202–214. дои : 10.1074/mcp.M112.017707 . ПМЦ 3418851 . ПМИД 22454539 .