Секвест
| Оригинальный автор (ы) | Джимми Энг, Эшли Маккормак и Джон Йейтс |
|---|---|
| Операционная система | Windows, Linux |
| Тип | Идентификация белка |
| Лицензия | Собственность (алгоритм, подлежащий патентам США 6 017 693 и 5 538 897, и европейский патент) |
| Веб -сайт | Thermo , Yates 'Lab , UWPR |
Sequest (часто стилизуется как Sequest) представляет собой программу анализа данных масс -спектрометрии тандема, используемая для идентификации белка. [ 1 ] Secest идентифицирует коллекции тандемных масс -спектров для пептидных последовательностей, которые были получены из баз данных белковых последовательностей.
Алгоритм
[ редактировать ]Sequest идентифицирует каждый тандемный масс -спектр индивидуально. Программное обеспечение оценивает белковые последовательности из базы данных для вычисления списка пептидов, которые могут быть результатом каждого из них. Интактная масса пептида известна из масс -спектра, и Sequest использует эту информацию для определения набора последовательностей кандидатных пептидов, которые можно значимо сравнивать со спектром, включив только вблизи массы наблюдаемого пептидного иона. Для каждого пептида -кандидата Seecest проецирует теоретический тандемный масс -спектр, и Sequest сравнивает эти теоретические спектры с наблюдаемым масс -спектром Tandem с помощью поперечной корреляции . Последовательность кандидатов с наилучшей соответствующей теоретической масс -спектром тандема, как сообщается, является лучшей идентификацией для этого спектра.
Смотрите также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^
Джимми К. Энг, Эшли Л. Маккормак и Джон Р. Йейтс, III (1994). «Подход к корреляции тандемных масс -спектральных данных пептидов с аминокислотными последовательностями в базе данных белков» . J Am Soc Mass Spectrom . 5 (11): 976–989. Citeseerx 10.1.1.377.3188 . doi : 10.1016/1044-0305 (94) 80016-2 . PMID 24226387 .
{{cite journal}}: Cs1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )