Протеомика снизу вверх
Протеомика «снизу вверх» — это распространенный метод идентификации белков и характеристики их аминокислотных последовательностей и посттрансляционных модификаций путем протеолитического расщепления белков перед анализом с помощью масс-спектрометрии . [1] [2] Основной альтернативный рабочий процесс, используемый в протеомике, называется протеомикой сверху вниз , при котором интактные белки очищаются перед расщеплением и/или фрагментацией либо в масс-спектрометре, либо с помощью 2D-электрофореза. [3] По сути, восходящая протеомика представляет собой относительно простой и надежный способ определения белкового состава данного образца клеток, тканей и т. д. [4]
В восходящей протеомике экстракт сырого белка ферментативно расщепляется с последующим разделением пептидов в одном или нескольких измерениях с помощью жидкостной хроматографии в сочетании с масс-спектрометрией, методом, известным как протеомика дробовика . [5] [6] Путем сравнения масс протеолитических пептидов или их тандемных масс-спектров с массами, предсказанными на основе базы данных последовательностей или аннотированных спектров пептидов в библиотеке пептидных спектров , можно идентифицировать пептиды и объединить несколько идентифицированных пептидов в идентификацию белка.
Преимущества
[ редактировать ]Для высокопроизводительных методов «снизу вверх» имеется лучшее предварительное разделение пептидов по сравнению с белками и более высокая чувствительность, чем (негелевые) методы «сверху вниз». [7]
Недостатки
[ редактировать ]Существует ограниченное покрытие белковых последовательностей идентифицированными пептидами, потеря лабильных PTM и неясность происхождения избыточныхпептидные последовательности. [7] В последнее время большое внимание уделяется комбинации восходящей и нисходящей протеомики, так называемой средней протеомике, поскольку этот подход не только может быть применен к анализу больших фрагментов белка, но также позволяет избежать избыточных пептидных последовательностей. [8]
См. также
[ редактировать ]- Белковая масс-спектрометрия
- Протеомика дробовика
- Снятие отпечатков пальцев пептидной массы
- Нисходящая протеомика
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Эберсольд Р., Манн М. (март 2003 г.). «Протеомика на основе масс-спектрометрии». Природа . 422 (6928): 198–207. Бибкод : 2003Natur.422..198A . дои : 10.1038/nature01511 . ПМИД 12634793 .
- ^ Хаит БТ (2006). «Химия. Масс-спектрометрия: снизу вверх или сверху вниз?». Наука . 314 (5796): 65–6. дои : 10.1126/science.1133987 . ПМИД 17023639 .
- ^ Райт Е.П., Партридж М.А., Падула М.П., Гаучи В.Дж., Маллади К.С., Курсен Дж.Р. (2014). «Протеомика сверху вниз: улучшение 2D-гель-электрофореза от обработки тканей до высокочувствительного обнаружения белков» . Протеомика . 14 (7–8): 872–889. дои : 10.1002/pmic.201300424 . ПМИД 24452924 .
- ^ «Протеомика снизу вверх» . ПланетаОрбитрап . Термо Фишер Сайентифик . Проверено 20 ноября 2017 г.
- ^ Член парламента Уошберна, Уолтерс Д., Йейтс-младший (2001). «Крупномасштабный анализ протеома дрожжей с помощью технологии многомерной идентификации белков». Нат. Биотехнология . 19 (3): 242–247. дои : 10.1038/85686 . ПМИД 11231557 .
- ^ Уолтерс Д.А., член парламента Уошберна, Йейтс-младший (2001). «Автоматизированная технология многомерной идентификации белков для дробовой протеомики». Анальный. Хим . 73 (23): 5683–5690. дои : 10.1021/ac010617e . ПМИД 11774908 .
- ^ Jump up to: а б Йейтс-младший, Русе С.И., Накорчевский А. (2009). «Протеомика с помощью масс-спектрометрии: подходы, достижения и приложения» (PDF) . Анну. Преподобный Биомед. англ . 11 : 49–79. doi : 10.1146/annurev-bioeng-061008-124934 . ПМИД 19400705 .
- ^ Чжан, Яоян; Фонслоу, Брайан Р.; Шан, Бинг; Пэк, Мун-Чанг; Йейтс, Джон Р. (10 апреля 2014 г.). «Анализ белков методом дробовика/протеомики снизу вверх» . Хим. преп . 113 (4): 2343. doi : 10.1021/cr3003533 . ПМЦ 3751594 . ПМИД 23438204 .
  | Эта статья, посвященная биоинформатике, незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |