Стеркиелла истриомускорум
| Стеркиелла истриомускорум | |
|---|---|
| |
Научная классификация 
| |
| Домен: | Эукариоты |
| Клад : | потогонные средства |
| Клад : | САР |
| Клад : | Альвеолата |
| Тип: | Цилиофора |
| Сорт: | Спиротрихея |
| Семья: | Окситрихиды |
| Род: | Стеркиелла |
| Разновидность: | С. histriomuscorum
|
| Биномиальное имя | |
| Стеркиелла истриомускорум | |
| Синонимы [ 1 ] | |
| |
Sterkiella histriomuscorum , ранее Oxytricha trifallax , — вид инфузорий из рода Sterkiella , известный своими сильно фрагментированными геномами, которые использовались в качестве модели для генетики инфузорий.
Генетика
[ редактировать ]Как и все инфузории , O. trifallax имеет два разных типа ядер: макронуклеусы , которые являются местом транскрипции и экспрессии генов, и микроядра , которые активны только во время полового размножения, но в остальном транскрипционно неактивны. Макронуклеусы образуются в результате дифференцировки микроядер, которая обычно включает в себя некоторую степень РНК-опосредованного редактирования ДНК. O. trifallax - первый секвенированный вид с необычно высокой степенью фрагментации макронуклеарного генома. До 96% микроядерного генома элиминируется при дифференцировке в макронуклеус; для сравнения, у других инфузорий, таких как Paramecium, удаляется только около 30%. Макронуклеарный геном имеет гаплоидный размер около 50 Мб. [ 2 ]
Хромосомы . макронуклеуса также необычайно короткие Макронуклеарный геном кодирует около 18 500 генов, но они распределены по 16 000 хромосомам, которые из-за своей длины называются нанохромосомами. [ 2 ] [ 3 ] Из-за необычно коротких нанохромосом, большинство из которых содержат только один ген, их использовали в качестве модельного организма для изучения теломер и скрининга некодирующих генов РНК. [ 4 ]
Микроядерный геном также был секвенирован и содержит около 3500 перемешанных генов. Скремблированные гены — это гены, отдельные сегменты которых расположены в разных частях микроядерного генома и поэтому должны быть «расшифрованы» на этапе редактирования ДНК в обычный ген макронуклеарного генома. Во время развития макроядерного генома из его микроядерного предшественника необходимо расшифровать более 225 000 отдельных сегментов ДНК. [ 5 ]
Митохондриальный геном также был секвенирован и является крупнейшим из известных митохондриальных геномов инфузорий длиной около 70 т.п.н. Как и другие митохондриальные геномы инфузорий, митохондриальные геномы O. trifallax представляют собой линейные молекулы и содержат ряд расщепленных генов. Их митохондрии также обладают отдельной плазмидой, которая, возможно, участвовала в горизонтальном переносе генов в ходе эволюции митохондриального генома. [ 6 ]
Таксономия и систематика
[ редактировать ]Таксономия O. trifallax оспаривается. Он был реклассифицирован как Sterkiella histriomuscorum на основании морфологических характеристик, но молекулярная филогения подтверждает первоначальную классификацию как вид Oxytricha . [ 7 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Уоррен, А. (2019). Мировая база данных Ciliophora. Sterkiella histriomuscorum (Foissner, Blatterer, Berger & Kohmann, 1991). Foissner, Blatterer, Berger & Kohmann, 1991. Доступ через: Всемирный реестр морских видов: http://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id. =427777 на 07.01.2019
- ^ Jump up to: а б Сварт, Эстьен К.; Брахт, Джон Р.; Магрини, Винсент; Минкс, Патрик; Чен, Сяо; Чжоу, И; Хурана, Джасприт С.; Голдман, Аарон Д.; Новацкий, Мариуш (29 января 2013 г.). «Макронуклеарный геном Oxytricha trifallax: сложный эукариотический геном с 16 000 крошечных хромосом» . ПЛОС Биология . 11 (1): e1001473. дои : 10.1371/journal.pbio.1001473 . ISSN 1545-7885 . ПМЦ 3558436 . ПМИД 23382650 .
- ^ «Этот странный организм создает себе новый геном каждый раз, когда занимается сексом» . ПРОВОДНОЙ . Проверено 25 июля 2017 г.
- ^ Юнг, С.; Сварт, ЕС; Минкс, Пи Джей; Магрини, В.; Мардис, скорая помощь; Ландвебер, Л.Ф.; Эдди, СР (01 сентября 2011 г.). «Использование нанохромосом Oxytricha trifallax для скрининга некодирующих генов РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (17): 7529–7547. дои : 10.1093/nar/gkr501 . ISSN 0305-1048 . ПМК 3177221 . ПМИД 21715380 .
- ^ Чен, Сяо; Брахт, Джон Р.; Голдман, Аарон Дэвид; Долженко, Егор; Клэй, Дерек М.; Сварт, Эстьен К.; Перлман, Дэвид Х.; Доук, Томас Г.; Стюарт, Эндрю (2014). «Архитектура зашифрованного генома раскрывает огромные уровни геномной перестройки во время развития» . Клетка . 158 (5): 1187–1198. дои : 10.1016/j.cell.2014.07.034 . ПМК 4199391 . ПМИД 25171416 .
- ^ Сварт, Эстьен К.; Новацкий, Мариуш; Шум, Жюстин; Стайлз, Хизер; Хиггинс, Брайан П.; Доук, Томас Г.; Шотанус, Клаас; Магрини, Винсент Дж.; Минкс, Патрик (1 января 2012 г.). «Митохондриальный геном Oxytricha trifallax» . Геномная биология и эволюция . 4 (2): 136–154. дои : 10.1093/gbe/evr136 . ПМК 3318907 . ПМИД 22179582 .
- ^ Золлер, Стивен Д.; Хаммерсмит, Роберт Л.; Сварт, Эстьен К.; Хиггинс, Брайан П.; Доук, Томас Г.; Херрик, Гленн; Ландвебер, Лаура Ф. (2012). «Характеристика и таксономическая достоверность инфузорий Oxytricha trifallax (класс Spirotrichea) на основе множественных последовательностей генов: ограничения в идентификации родов исключительно по морфологии» . Протист . 163 (4): 643–657. дои : 10.1016/j.protis.2011.12.006 . ПМЦ 3433844 . ПМИД 22325790 .