Анализ сегрегантов
Анализ объемного сегреганта ( BSA ) - это метод, используемый для идентификации генетических маркеров, связанных с мутантным фенотипом . Это позволяет генетикам обнаруживать гены, которые придают определенные интересные признаки, такие как устойчивость к заболеваниям или восприимчивость.
Этот метод включает в себя формирование двух групп, которые демонстрируют противоположные фенотипы для интересующей черты. Например, люди в одной группе устойчивы к заболеванию, тогда как во второй группе нет. Затем два образца ДНК создаются путем объединения ДНК всех людей в каждой группе.
Эти два прибавленных образца могут затем быть проанализированы с использованием таких методов, как полиморфизм длины рестрикционного фрагмента или RAPD, для обнаружения сходства и различий в различных локусах генома. Две группы будут иметь случайное распределение аллелей во всех локусах генома, за исключением локусов, которые связаны с мутацией. [ 1 ] Последовательная разница в локусе между двумя прибавленными образцами, вероятно, означает, что локус связан с интересующей мутацией.
Генерация групп тестирования
[ редактировать ]У животных люди, составляющие две группы тестирования, обычно продуцируются через нечто среднее между двумя братьями и сестрами, гетерозиготными для мутации интереса. Использование братьев и сестер необходимо для обеспечения того, чтобы аллели, способствующие мутации, одинаковы среди людей.
Должно быть минимальное количество гетерозиготности в различных локусах групп, чтобы позволить идентифицировать гены, которые связаны с интересующей чертой. Поскольку большинство лабораторных штаммов инбреды, скрещивание гомозиготного мутированного человека с полиморфным штаммом имеет важное значение для создания эффективных групп тестирования. Потомство пересекается друг с другом, чтобы генерировать группы тестирования. [ 2 ]
Методы анализа
[ редактировать ]Образцы с объемами ДНК можно проанализировать с использованием южного блоттинга . Использование рестрикционных ферментов или амплификации ПЦР на ДНК требуется для анализа RFLP или RAPD соответственно. В этих методах локусы, которые анализируются, представляют собой сайты рестрикции и последовательности, к которым прикрепляются праймеры для ПЦР. Эти сайты обычно расположены по всему геному. После обнаружения связанных локусов они могут быть отображены , а расстояния между ними определены. [ 3 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ McClean, Phillip (1992). «Специализированные темы картирования» . Государственный университет Северной Дакоты . Получено 9 ноября 2014 года .
- ^ Хенке, К; Боуэн, м; Харрис, М (15 августа 2013 г.). «Перспективы идентификации мутаций у рыбок данио: использование технологий секвенирования следующего поколения для прямых генетических подходов». Методы 62 (3): 185–196. doi : 10.1016/j.ymeth.2013.05.015 . PMID 23748111 .
- ^ Мишельмор, R; Паран, я; Кессели, R (1 ноября 1991 г.). «Идентификация маркеров, связанных с генами устойчивости к заболеваниям, путем анализа сегрегантов с объемным сегрегантом: быстрый метод обнаружения маркеров в специфических геномных областях с использованием сегрегационных популяций» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (21): 9828–9832. doi : 10.1073/pnas.88.21.9828 . PMC 52814 . PMID 1682921 .