Smita Krishnaswamy

Smita Krishnaswamy
Smita Krishnaswamy
Альма-матер	Мичиганский университет ;
	Научная карьера
Поля	Информатика , Генетика , Машинное обучение , Автоматизация проектирования электроники
Учреждения	IBM , Йельский университет
Диссертация	Проектирование, анализ и испытание логических схем в условиях неопределенности (2008 г.)
Докторантура	Игорь Л. Марков , Джон П. Хейс

Смита Кришнасвами — американский учёный и доцент кафедры генетики и информатики. ^{[ 1 ]} в Йельском университете . Она специализируется на разработке методов машинного обучения для анализа многомерных биомедицинских данных с высокой пропускной способностью с применением в иммунологии , иммунотерапии , раке , нейробиологии , биологии развития и влиянии на здоровье. Она организовала проект «Открытые проблемы одноклеточной биологии» в рамках Инициативы Чана Цукерберга и остается научным консультантом проекта. ^{[ 2 ]}

Образование и ранняя карьера

Кришнасвами получила докторскую степень. Степень бакалавра компьютерных наук и инженерии Мичиганского университета в 2008 году. ^{[ 3 ]} Затем она присоединилась к IBM компании исследовательскому центру TJ Watson в качестве ученого в системном отделе, где исследовала формальные методы автоматического обнаружения ошибок. Ее алгоритм Deltasyn был использован в IBM System p и IBM System z . Высокопроизводительные серверные чипы ^{[ 4 ]}

Кришнасвами переключила свои исследовательские усилия на биологию и в 2015 году завершила постдокторантуру в Колумбийском университете на факультете системной биологии , где сосредоточилась на изучении вычислительных моделей клеточной передачи сигналов отдельных клеток на основе данных масс-цитометрии . ^{[ 5 ]}

Награды и почести

В 2022 году исследования, преподавание и общественная деятельность Кришнасвами были отмечены Премией FASEB за выдающиеся достижения в области науки (Премия исследователя ранней карьеры) от Федерации американских обществ экспериментальной биологии, финансируемой Eli Lilly and Company. ^{[ 6 ]}

В 2009 году Кришнасвами был удостоен награды Европейской ассоциации автоматизации проектирования за выдающуюся диссертацию в категории «новые направления в тестировании схем и систем». ^{[ 7 ]}

В 2005 году Кришнасвами получила награду за лучшую работу на конференции Design Automation and Test in Europe за статью, ведущим автором которой она была. ^{[ 8 ]}

Публикации

Кришнасвами стал соавтором книги, опубликованной Springer Verlag. ^{[ 9 ]} и более 50 рецензируемых публикаций, включая статьи в журналах Nature Biotechnology , ^{[ 10 ]} Природные протоколы , ^{[ 11 ]} Природные методы ^{[ 12 ]} Наука , ^{[ 13 ]} Клетка ^{[ 14 ]} и доклады на Международной конференции по машинному обучению . ^{[ 15 ]}

Ссылки

^ «Смита Кришнасвами» . Йельская школа инженерии и прикладных наук . Проверено 28 августа 2023 г.
^ «Знакомство с командой» . Открытые проблемы . Проверено 28 августа 2023 г.
^ «Смита Кришнасвами» . Проект математической генеалогии . Проверено 28 августа 2023 г.
^ Кришнасвами, Смита; Рен, Хаосин; Моди, Нилеш; Пури, Ручир (ноябрь 2009 г.). «DeltaSyn: эффективный оптимизатор логической разницы для синтеза ECO». ИККАД : 789–796. дои : 10.1145/1687399.1687546 . S2CID 5473395 .
^ «Смита Кришнасвами, доктор философии». Фонд Саймонса. 2017.
^ «Предыдущие получатели» . Федерация американских обществ экспериментальной биологии . Проверено 28 августа 2023 г.
- «Кришнасвами получает награду за выдающиеся достижения в области науки» . Йельский факультет компьютерных наук. 8 сентября 2022 г.
^ «Сегодняшние лауреаты премии за выдающиеся диссертации» . ВЧЕРА Получено 28 августа . ^{[ мертвая ссылка ]}
^ Кришнасвами, Смита; Виамонтес, Джордж Ф.; Марков Игорь Л.; Хейс, Джон П. (2005). «Точная оценка и повышение надежности с помощью вероятностных передаточных матриц». ДАТА : 282–287 гг.
- «Награда за лучшую бумагу» (PDF) . Проверено 12 августа 2023 г.
^ Кришнасвами, Смита; Марков Игорь Л.; Хейс, Джон П. (2012). Проектирование, анализ и испытание логических схем в условиях неопределенности . Спрингер. ISBN 978-90-481-9643-2 .
^ ЭД Амир; К.Л. Дэвис; доктор медицинских наук Тадмор; Э.Ф. Саймондс; Дж. Х. Левин; СК Бендалл (2013). «viSNE позволяет визуализировать многомерные данные об отдельных клетках и выявляет фенотипическую гетерогенность лейкемии» . Природная биотехнология . 31 (6): 545–552. дои : 10.1038/nbt.2594 . ПМК 4076922 . ПМИД 23685480 .
- КР Луна; Д ван Дейк; Цз Ван; С Гиганте; Д.Б. Буркхардт; В. С. Чен; К Йим (2019). «Визуализация структуры и переходов в многомерных биологических данных» . Природная биотехнология . 37 (12): 1482–1492. дои : 10.1038/s41587-019-0336-3 . ПМК 7073148 . ПМИД 31796933 .
^ Э. Р. Зундер; Р. Финк; Г.К. Бехбехани; ЭД Амир; С. Кришнасвами (2015). «Штрих-кодирование ячеек массовой метки на основе палладия со схемой дублетной фильтрации и алгоритмом деконволюции одной ячейки» . Протоколы природы . 10 (2): 316–333. дои : 10.1038/нпрот.2015.020 . ПМЦ 4347881 . ПМИД 25612231 .
^ М. Амодио; Д. Ван Дейк; К. Шринивасан; В. С. Чен; Х. Мохсен; КР Луна (2019). «Изучение одноклеточных данных с помощью глубоких многозадачных нейронных сетей» . Природные методы . 16 (11): 1139–1145. дои : 10.1038/s41592-019-0576-7 . ПМК 10164410 . ПМИД 31591579 .
^ С. Кришнасвами; М. Х. Спитцер; М Мингено; СК Бендалл; О Литвин (2014). «Анализ передачи сигналов Т-клеток на основе условной плотности в данных об отдельных клетках» . Наука . 346 (6213): 1250689. doi : 10.1126/science.1250689 . ПМЦ 4334155 . ПМИД 25342659 .
^ Д. Ван Дейк; Р. Шарма; Дж. Нэйнис; К Йим; П. Катаил; Эй Джей Карр; С Бурдзяк (2018). «Восстановление взаимодействий генов из данных об отдельных клетках с использованием диффузии данных» . Клетка . 174 (3): 716–729. дои : 10.1016/j.cell.2018.05.061 . ПМК 6771278 . ПМИД 29961576 .
^ Мэтью Амодио; Смита Кришнасвами (2018). «МАГАН: Выравнивание биологического многообразия». ИКМЛ . 2018 : 215–223. arXiv : 1803.00385 .
- Александр Тонг; Джесси Хуанг; Гай Вольф; Дэвид ван Дейк; Смита Кришнасвами (2020). «TrajectoryNet: динамическая оптимальная транспортная сеть для моделирования клеточной динамики». ИКМЛ . 2020 : 9526–9536. arXiv : 2002.04461 .
- Александр Тонг; Гийом Юге; Амин Натик; Кинкейд Макдональд; Маник Кучру; Рональд Р. Койфман; Гай Вольф; Смита Кришнасвами (2021). «Расстояние и распределение диффузионного землеройного двигателя». ИКМЛ . 2021 : 10336–10346. arXiv : 2102.12833 .

Внешние ссылки

Открытые проблемы одноклеточной биологии
Публикации Смиты Кришнасвами , проиндексированные Google Scholar
Смита Кришнасвами на DBLP библиографическом сервере

[1] «Смита Кришнасвами» . Йельская школа инженерии и прикладных наук . Проверено 28 августа 2023 г.

[2] «Знакомство с командой» . Открытые проблемы . Проверено 28 августа 2023 г.

[3] «Смита Кришнасвами» . Проект математической генеалогии . Проверено 28 августа 2023 г.

[4] Кришнасвами, Смита; Рен, Хаосин; Моди, Нилеш; Пури, Ручир (ноябрь 2009 г.). «DeltaSyn: эффективный оптимизатор логической разницы для синтеза ECO». ИККАД : 789–796. дои : 10.1145/1687399.1687546 . S2CID 5473395 .

[5] «Смита Кришнасвами, доктор философии». Фонд Саймонса. 2017.

[6] «Предыдущие получатели» . Федерация американских обществ экспериментальной биологии . Проверено 28 августа 2023 г.
- «Кришнасвами получает награду за выдающиеся достижения в области науки» . Йельский факультет компьютерных наук. 8 сентября 2022 г.

[7] «Сегодняшние лауреаты премии за выдающиеся диссертации» . ВЧЕРА Получено 28 августа . ^{[ мертвая ссылка ]}

[8] Кришнасвами, Смита; Виамонтес, Джордж Ф.; Марков Игорь Л.; Хейс, Джон П. (2005). «Точная оценка и повышение надежности с помощью вероятностных передаточных матриц». ДАТА : 282–287 гг.
- «Награда за лучшую бумагу» (PDF) . Проверено 12 августа 2023 г.

[9] Кришнасвами, Смита; Марков Игорь Л.; Хейс, Джон П. (2012). Проектирование, анализ и испытание логических схем в условиях неопределенности . Спрингер. ISBN 978-90-481-9643-2 .

[10] ЭД Амир; К.Л. Дэвис; доктор медицинских наук Тадмор; Э.Ф. Саймондс; Дж. Х. Левин; СК Бендалл (2013). «viSNE позволяет визуализировать многомерные данные об отдельных клетках и выявляет фенотипическую гетерогенность лейкемии» . Природная биотехнология . 31 (6): 545–552. дои : 10.1038/nbt.2594 . ПМК 4076922 . ПМИД 23685480 .
- КР Луна; Д ван Дейк; Цз Ван; С Гиганте; Д.Б. Буркхардт; В. С. Чен; К Йим (2019). «Визуализация структуры и переходов в многомерных биологических данных» . Природная биотехнология . 37 (12): 1482–1492. дои : 10.1038/s41587-019-0336-3 . ПМК 7073148 . ПМИД 31796933 .

[11] Э. Р. Зундер; Р. Финк; Г.К. Бехбехани; ЭД Амир; С. Кришнасвами (2015). «Штрих-кодирование ячеек массовой метки на основе палладия со схемой дублетной фильтрации и алгоритмом деконволюции одной ячейки» . Протоколы природы . 10 (2): 316–333. дои : 10.1038/нпрот.2015.020 . ПМЦ 4347881 . ПМИД 25612231 .

[12] М. Амодио; Д. Ван Дейк; К. Шринивасан; В. С. Чен; Х. Мохсен; КР Луна (2019). «Изучение одноклеточных данных с помощью глубоких многозадачных нейронных сетей» . Природные методы . 16 (11): 1139–1145. дои : 10.1038/s41592-019-0576-7 . ПМК 10164410 . ПМИД 31591579 .

[13] С. Кришнасвами; М. Х. Спитцер; М Мингено; СК Бендалл; О Литвин (2014). «Анализ передачи сигналов Т-клеток на основе условной плотности в данных об отдельных клетках» . Наука . 346 (6213): 1250689. doi : 10.1126/science.1250689 . ПМЦ 4334155 . ПМИД 25342659 .

[14] Д. Ван Дейк; Р. Шарма; Дж. Нэйнис; К Йим; П. Катаил; Эй Джей Карр; С Бурдзяк (2018). «Восстановление взаимодействий генов из данных об отдельных клетках с использованием диффузии данных» . Клетка . 174 (3): 716–729. дои : 10.1016/j.cell.2018.05.061 . ПМК 6771278 . ПМИД 29961576 .

[15] Мэтью Амодио; Смита Кришнасвами (2018). «МАГАН: Выравнивание биологического многообразия». ИКМЛ . 2018 : 215–223. arXiv : 1803.00385 .
- Александр Тонг; Джесси Хуанг; Гай Вольф; Дэвид ван Дейк; Смита Кришнасвами (2020). «TrajectoryNet: динамическая оптимальная транспортная сеть для моделирования клеточной динамики». ИКМЛ . 2020 : 9526–9536. arXiv : 2002.04461 .
- Александр Тонг; Гийом Юге; Амин Натик; Кинкейд Макдональд; Маник Кучру; Рональд Р. Койфман; Гай Вольф; Смита Кришнасвами (2021). «Расстояние и распределение диффузионного землеройного двигателя». ИКМЛ . 2021 : 10336–10346. arXiv : 2102.12833 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]