Глобальная экспедиция по отбору проб океана
Глобальная экспедиция по отбору проб океана (GOS) — это океана проект по исследованию генома , целью которого является оценка генетического разнообразия морских микробных сообществ и понимание их роли в фундаментальных процессах природы. Он был начат как пилотный проект по отбору проб в Саргассовом море в августе 2003 г.; Крейг Вентер объявил о полной экспедиции 4 марта 2004 года. [ нужна ссылка ] Двухлетнее путешествие, в котором использовалась личная яхта Крейга Вентера, началось в Галифаксе , Канада , обогнуло земной шар и завершилось в США в январе 2006 года. Экспедиция отбирала пробы воды от Галифакса , Новая Шотландия , до восточной части тропического Тихого океана . В 2007 году отбор проб продолжался вдоль западного побережья Северной Америки.
Анализ данных [ править ]
Наборы данных GOS были отправлены в оба NCBI. [1] и общественная киберинфраструктура для передовых исследований и анализа морской микробной экологии (CAMERA), новый онлайн-ресурс по морской метагеномике, финансируемый Фондом Гордона и Бетти Мур , разработанный JCVI и размещенный в университета в Сан-Диего. отделении Калифорнийского института телекоммуникаций и телекоммуникаций Калифорнийского Информационные технологии (Calit2). Набор инструментов CAMERA был разработан JCVI и отражает инструменты, использованные при первоначальной публикации наборов данных GOS.
Финансирование [ править ]
Проект Sorcerer II был профинансирован:
- Фонд Гордона и Бетти Мур ( секвенирование и анализ) [2]
- Министерство энергетики США , Управление науки (секвенирование и анализ) [2]
- Институт Дж. Крейга Вентера (эксплуатация судов) [2]
- Грант Фонда Мура на семь лет, 24,5 миллиона долларов ( КАМЕРА ) [2]
Судно [ править ]
| История | |
|---|---|
| Имя | Колдун II |
| Строитель | Куксон |
| Запущен | 1998 |
| Девиз | – |
| Общие характеристики | |
| Длина | 28,95 м (95,0 футов) |
| Луч | 7,08 м (23,2 фута) |
| Черновик | 2,84 м (9 футов 4 дюйма) |
| Движение | Один Камминс 300 л.с. |
Sorcerer II , 95-футовый шлюп , завершил двухлетнюю научную экспедицию, совершив кругосветное плавание в средних широтах, собирая образцы микробов в морской воде для генетического секвенирования и каталогизации. Она была спроектирована не просто как яхта для кругосветных круизов, но и как яхта, способная выдерживать экстремальные широты: от экваториальной жары и влажности до широт от 60 до 70 градусов. Конструкция SORCERER II легкая, но очень прочная благодаря ламинатам из кевлара и стекла E, эпоксидной связке и тщательно подобранным материалам сердцевины.
Судно было спроектировано немецкой компанией Frers и вмещает 2400 литров (630 галлонов США) воды.
Публикации [ править ]
Следующий список представляет собой официальные публикации проекта и Института Дж. Крейга Вентера .
- Вентер, JC ; Ремингтон, К; Гейдельберг, Дж. Ф.; Халперн, Алабама; Раш, Д; Эйзен, Дж. А.; Ву, Д; Полсен, я; и др. (2 апреля 2004 г.). «Секвенирование экологического генома Саргассова моря» . Наука . 304 (5667). Нью-Йорк, Нью-Йорк: Американская ассоциация содействия развитию науки : 66–74. Бибкод : 2004Sci...304...66V . дои : 10.1126/science.1093857 . ISSN 0193-4511 . ПМИД 15001713 . S2CID 1454587 .
- Юсеф, С; Саттон, Дж; Руш, Д.Б.; Халперн, Алабама; Уильямсон, С.Дж.; Ремингтон, К; Эйзен, Дж. А.; Гейдельберг, КБ; и др. (13 марта 2007 г.). «Глобальная экспедиция по отбору проб океана Sorcerer II: расширение Вселенной белковых семейств» . ПЛОС Биология . 5 (3). США: Публичная научная библиотека : e16. дои : 10.1371/journal.pbio.0050016 . ISSN 1544-9173 . ПМК 1821046 . ПМИД 17355171 .
- Каннан, Н.; Тейлор, СС; Чжай, Ю; Вентер, JC ; Мэннинг, Дж. (13 марта 2007 г.). «Структурное и функциональное разнообразие микробного кинома» . ПЛОС Биология . 5 (3). США: Публичная научная библиотека : e17. doi : 10.1371/journal.pbio.0050017 . ISSN 1544-9173 . ПМК 1821047 . ПМИД 17355172 .
- Руш, Д.Б.; Халперн, Алабама; Саттон, Дж; Гейдельберг, КБ; Уильямсон, С; Юсеф, С; Ву, Д; Эйзен, Дж. А.; и др. (13 марта 2007 г.). «Глобальная экспедиция по отбору проб океана Sorcerer II: от северо-западной Атлантики до восточной тропической части Тихого океана» . ПЛОС Биология . 5 (3). США: Публичная научная библиотека : e77. doi : 10.1371/journal.pbio.0050077 . ISSN 1544-9173 . ПМК 1821060 . ПМИД 17355176 .
- Ютин, Н; Сузуки, Монтана; Тилинг, Х; Вебер, М; Вентер, JC ; Руш, Д.Б.; Бежа, О (1 июня 2007 г.). «Оценка разнообразия и биогеографии аэробных аноксигенных фототрофных бактерий в поверхностных водах Атлантического и Тихого океанов с использованием метагеномов экспедиции Глобальной экспедиции по отбору проб океана» (PDF) . Экологическая микробиология . 9 (6). Англия: Blackwell Science : 1464–75. Бибкод : 2007EnvMi...9.1464Y . дои : 10.1111/j.1462-2920.2007.01265.x . ISSN 1462-2912 . PMID 17504484 .
- Шэрон, я; Цахор, С; Уильямсон, С; Шмоиш, М; Ман-Агаронович, Д; Руш, Д.Б.; Юсеф, С; Зейднер, Г; и др. (1 октября 2007 г.). «Гены и транскрипты вирусных фотосинтетических реакционных центров в морской среде» . Журнал ISME . 1 (6). Англия: Издательская группа Nature : 492–501. Бибкод : 2007ISMEJ...1..492S . дои : 10.1038/ismej.2007.67 . ISSN 1751-7362 . ПМИД 18043651 .
- Уильямсон, С.Дж.; Руш, Д.Б.; Юсеф, С; Халперн, Алабама; Гейдельберг, КБ; Гласс, Джи; Эндрюс-Пфанкох, К; Фадрош, Д; и др. (23 января 2008 г.). Холл, Нил (ред.). «Глобальная экспедиция по отбору проб океана Sorcerer II: метагеномная характеристика вирусов в образцах водных микробов» . ПЛОС ОДИН . 3 (1). США: Публичная научная библиотека : e1456. Бибкод : 2008PLoSO...3.1456W . дои : 10.1371/journal.pone.0001456 . ISSN 1932-6203 . ПМК 2186209 . ПМИД 18213365 .
- Шоу, АК; Халперн, Алабама; Бисон, К; Тран, Б; Вентер, JC ; Мартини, JBH (10 сентября 2008 г.). «Все относительно: ранжирование разнообразия водных бактериальных сообществ». Экологическая микробиология . 10 (9). Англия: Blackwell Science : 2200–10. Бибкод : 2008EnvMi..10.2200S . дои : 10.1111/j.1462-2920.2008.01626.x . ISSN 1462-2912 . ПМИД 18637951 .
См. также [ править ]
Примечания [ править ]
- ^ Проект глобальной экспедиции по отбору проб океана в Институте Дж. Крейга Вентера, идентификатор проекта 13694 , Национальный центр биотехнологической информации , веб-сайт по состоянию на 17 марта 2007 г.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д Более шести миллионов новых генов, тысячи новых белковых семейств и невероятная степень микробного разнообразия обнаружены в ходе первой фазы глобальной экспедиции по отбору проб океана Sorcerer II , 13 марта 2007 г. Пресс-релиз, Институт Дж. Крейга Вентера