Общественная киберинфраструктура для передовых исследований и анализа микробной экологии
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Общественная киберинфраструктура для передовых исследований и анализа микробной экологии |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Калифорнийский университет, Сан-Диего |
| Лаборатория | Центр исследований биологических систем и Calit2 |
| Первичное цитирование | ПМИД 21045053 |
| Дата выпуска | 2007 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | камера |
CAMERA , или Сообщество киберинфраструктуры для передовых исследований и анализа микробной экологии , представляет собой онлайн- сервис облачных вычислений , который предоставляет размещенные программные инструменты и высокопроизводительную вычислительную инфраструктуру для анализа метагеномных данных. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] О проекте было объявлено в январе 2006 года, и он стал Calit2 . флагманским проектом [ 4 ]
Миссия
[ редактировать ]Проект направлен на ускорение геномных исследований за счет накопления большого хранилища метагеномных данных, созданных независимыми членами исследовательского сообщества в целом, путем разработки специального набора инструментов биоинформатики, оптимизированного для кластерных вычислений, а также путем предложения высокопроизводительной вычислительной инфраструктуры для запуска. это. [ 5 ] [ 6 ]
CAMERA помогает ученым получать доступ и работать с данными Вентера Института Глобальной экспедиции по отбору проб океана . [ 7 ] В 2007 году их набор данных GOS был крупнейшим из когда-либо опубликованных в открытом доступе. [ 8 ] Группа также размещает на своем веб-сайте множество других наборов данных для скачивания. [ 9 ]
Проект финансируется Фондом Гордона и Бетти Мур , который в январе 2006 года предоставил проекту CAMERA семилетний исследовательский грант в размере 24,5 миллионов долларов. [ 10 ]
История
[ редактировать ]С самого начала миссия CAMERA была сосредоточена на геномных исследованиях морских микроорганизмов. Позже CAMERA расширила свою миссию, включив в нее экологию суши, и исключила слово «Морской» из своего первоначального названия — «Сообщество киберинфраструктуры для передовых исследований и анализа морской микробной экологии».
Люди
[ редактировать ]В руководство CAMERA входят: [ 11 ]
- Главный следователь Ларри Смарр ( UCSD )
- Исполнительный директор Пол Гилна ( UCSD )
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Сунь, Шулей; Чэнь Цзин; Ли Вэйчжун; Алтынтас Илкай; Лин Абель; Пельтье Стив; Сток Карен; Аллен Эрик Э; Эллисман Марк; Грета Джеффри; Вули Джон (январь 2011 г.). «Киберинфраструктура сообщества для передовых исследований и анализа микробной экологии: ресурс CAMERA» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D546-51. дои : 10.1093/нар/gkq1102 . ПМК 3013694 . ПМИД 21045053 .
да
- ^ PubMed Central: «КАМЕРА: общественный ресурс по метагеномике»
- ^ Микробная геномика Министерства энергетики США: базы данных геномов микробов, заархивированные 6 октября 2008 г. в Wayback Machine.
- ^ Фонд Гордона и Бетти Мур : Ведущий ученый Департамента энергетики и генома руководит совместной инициативой по киберинфраструктуре в области метагеномики морских микробов (пресс-релиз). Архивировано 20 октября 2009 г. в Wayback Machine.
- ^ «КАМЕРА: Что такое КАМЕРА?» . Архивировано из оригинала 23 апреля 2012 г. Проверено 8 апреля 2012 г.
- ^ «КАМЕРА: Справочные наборы данных» . Архивировано из оригинала 21 апреля 2012 г. Проверено 8 апреля 2012 г.
- ^ Anchorage Daily News : Ученый выслеживает коварные микробы с парусной лодки. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Science Daily : Миллионы новых генов, тысячи новых белковых семейств обнаружены в экспедиции по отбору проб океана (пресс-релиз)
- ^ «КАМЕРА: Полные наборы данных» . Архивировано из оригинала 21 октября 2008 г. Проверено 27 сентября 2008 г.
- ^ «КАМЕРА: Что такое КАМЕРА?» . Архивировано из оригинала 26 сентября 2008 г. Проверено 27 сентября 2008 г.
- ^ «О КАМЕРЕ: Люди» . Архивировано из оригинала 29 декабря 2012 г. Проверено 8 апреля 2012 г.