Артробактер алкалофилус

Артробактер алкалофилус
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Актиномицетота
Сорт:	Актиномицетия
Заказ:	Микрококки
Семья:	Микрококковые
Род:	Артробактер
Разновидность:	А. алкафилус
Биномиальное имя
	Артробактер алкалофилус ; Дин и др. 2009 год
Тип штамма
	CCTCC AB 206013, IAM 15383, JCM 21827, LC6

Arthrobacteralalicalphilus — это грамположительный , не образующий спор вид бактерий из рода Arthrobacter , выделенный в результате фильтрации из вулканической породы в Ниигате в Японии . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}

Клеточная морфология и особенности

Arthrobacteralalicalphilus — неподвижные грамположительные бактерии, демонстрирующие цикл роста род- кокка . Впервые это наблюдалось при культуре бактерий рода Arthrobacter, где молодая культура демонстрировала неправильную форму палочек, которая в более старых культурах заменялась кокковидной формой. ^{[ 5 ]} Когда эти старые культуры были помещены в новую среду, они снова образовали палочки неправильной формы. Именно эта характеристика делает бактерии Arthrobacter уникальными и трудно поддающимися идентификации. В культуре колонии Arthrobacteralalicalphilus ученые наблюдали округлую, выпуклую и блестящую форму с цельными краями и светло-желтого цвета. Через 2–7 дней в культуре обнаруживаются преимущественно кокковидные клетки диаметром 0,6–1,0 микрометра. У большинства бактерий Arthrobacter обнаруженные жирные кислоты в основном являются изо- и антеизо-разветвленными, что относится к ветви на предпоследнем атоме углерода цепи насыщенных жирных кислот. ^{[ 6 ]} Первоначальное тестирование бактерий, обнаруженных в вулканических породах, показало, что основной жирной кислотой была антеизо-С15:0, а основной аминокислотой, присутствующей в пептидогликане клеточной стенки , был L-лизин, распространенная аминокислота, используемая в структуре многих живых организмов. Биохимические характеристики оценивали Линьсянь Дин, Такето Хиросе и Акира Ёкота, показав результаты для щелочных веществ и ряда ферментов , включая; кислая фосфатаза, каталаза, эстераза липаза C8, лейцинариламидаза, валинариламидаза, типсин, нафтол-AS-BI-фосфогидролаза, альфа- и бета-глюкуронидаза, альфа-глюкозидаза, альфа-маннозидаза, пиразинамидаза, пирролидонилариламидаза и уреаза.

Филогения и эволюция генома

Эти бактерии принадлежат к типу Actinomycetota , классу Actinomycetia , порядку Micrococcaceae , семейству Micrococcaceae и роду Arthrobacter . Ниже показана генома эволюция Arthrobacteralalicalphilus . Также показана длина последовательности 1457 п.н. и соответствующее содержание GC, которое составляет 60 мол.%. ^{[ 7 ]}

       1 tggctcagga tgaacgctgg cggcgtgctt aacacatgca agtcgaacga tgaagcctag
      61 cttgctgggt ggattaggtg gcgaacgggt gagtaacacg tgagtaacct gcccttgact
     121 ctgggataag cctgggaaac tgggtctaat accggatatg actgctccgc gcatgcggtg
     181 gtggtggaaa gcttttgcgg ttttggatgg actcgcggcc tatcagcttg ttggtggggt
     241 aatggcctac caaggcgacg acgggtagcc ggcctgagag ggtgaccggc cacactggga
     301 ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca caatgggcgc
     361 aagcctgatg cagcgacgcc gcgtgaggga tgacggcctt cgggttgtaa acctctttca
     421 gtagggaaga agctttcggg tgacggtacc tgcagaagaa gcgccggcta actacgtgcc
     481 agcagccgcg gtaatacgta gggcgcaagc gttatccgga attattgggc gtaaagagct
     541 cgtaggcggt ttgtcgcgtc tgctgtgaaa gaccggggct caactccggt tctgcagtgg
     601 gtacgggcag actagagtga tgtaggggag actggaattc ctggtgtagc ggtgaaatgc
     661 gcagatatca ggaggaacac cgatggcgaa ggcaggtctc tgggcattaa ctgacgctga
     721 ggagcgaaag catggggagc gaacaggatt agataccctg gtagtccatg ccgtaaacgt
     781 tgggcactag gtgtggggga cattccacgt tttccgcgcc gtagctaacg cattaagtgc
     841 cccgcctggg gagtacggcc gcaaggctaa aactcaaagg aattgacggg ggcccgcaca
     901 agcggcggag catgcggatt aattcgatgc aacgcgaaga accttaccaa ggcttgacat
     961 ggactagtaa gacgcagaaa tgtgttcccc tctttgaggc tggtttacag gtggtgcatg
    1021 gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg ggttaagtcc cgcaacgagc gcaaccctcg
    1081 ttctatgttg ccagcggttc ggccggggac tcataggaga ctgccggggt caactcggag
    1141 gaaggtgggg acgacgtcaa atcatcatgc cccttatgtc ttgggcttca cgcatgctac
    1201 aatggccggt acaaagggtt gcgatactgt gaggtggagc taatcccaaa aagccggtct
    1261 cagttcggat tggggtctgc aactcgaccc catgaagtcg gagtcgctag taatcgcaga
    1321 tcagcaacgc tgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt caagtcacga
    1381 aagttggtaa cacccgaagc cggtggccta acccttgtgg agggagccgt cgaaggtggg
    1441 accggcgatt gggacta^[8]

Метаболические детали

BacDive — это всемирная база данных, в которой используются данные культивирования, демонстрирующие Arthrobacter метаболизм и физиологию . Arthrobacter — грамположительная бактерия, и для полного использования углеродного рациона ей необходим кислород. Он может потреблять глюкозу, лактозу, мальтозу, маннит и рибозу. ^{[ 9 ]} Arthrobacteralalicalphilus — это подтип Athrobacter , который может разлагать линдан и использовать его в качестве источника углерода. Он использует кислую фосфатазу, щелочную фосфатазу, альфа-галактозидазу, каталазу, пиразинамидазу и уреазу. Обычно он встречается в вулканической породе при оптимальном pH 8,5, 3-7% NaCl и температуре 30 °C. Он не может образовывать споры для размножения. ^{[ 10 ]}

Актуальность для более широкой системы

Род Arthrobacter является членом семейства Micrococcaceae и по сравнению с другими родами этого семейства содержит наибольшее количество видов. Это способствует тому, что виды внутри Arthrobacter метаболически универсальны и могут быть обнаружены в различных средах . Понимание этого рода необходимо для понимания влияния каждого из них на окружающую среду. ^{[ 5 ]} Основное воздействие каждого из них заключается в его способности разрушать различные загрязнители окружающей среды . Один из таких загрязнителей, линдан, накапливается в жировой ткани различных организмов и очень токсичен для водных организмов и в некоторой степени токсичен для млекопитающих и птиц. Способность Arthrobacter Alkaliphilus разлагать линдан может оказать серьезное влияние на его экосистему .

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ЛПСН lpsn.dsmz.de
^ Перейти обратно: ^а ^б ЮниПрот
^ Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур [1]
^ Дин, Л; Хиросе, Т; Ёкота, А. (апрель 2009 г.). «Четыре новых вида Arthrobacter, выделенных из фильтрационного субстрата» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (Часть 4): 856–62. дои : 10.1099/ijs.0.65301-0 . ПМИД 19329620 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Спрингер (2006). «Род Arthrobacter» . Прокариоты . Нью-Йорк (nd). стр. 945–960. дои : 10.1007/0-387-30743-5_36 . ISBN 978-0-387-25493-7 . Проверено 10 декабря 2021 г. {{cite book}}: |website= игнорируется ( помогите )
^ Буссе, Ханс Юрген (2015). Трухильо, Марта Э; Дедыш, Светлана; Девос, Пол; Хедлунд, Брайан; Кемпфер, Питер; Рейни, Фред А; Уитмен, Уильям Б. (ред.). Артробактер . Уайли. дои : 10.1002/9781118960608 . ISBN 9781118960608 . Проверено 18 марта 2015 г.
^ « Arthrobacteralalicalphilus LC6 представляет собой аэробную, мезофильную, грамположительную бактерию, выделенную из фильтрационного субстрата, изготовленного из вулканической породы» . БакДайв . Проверено 23 ноября 2020 г.
^ Л, Дин (4 апреля 2009 г.). «Ген 16S рРНК Arthrobacter алкалифилуса, частичная последовательность» . Национальный центр биотехнологической информации . НКБИ . Проверено 4 апреля 2009 г.
^ «Артробактер алкалифилус» . Энциклопедия АБИС . РЕГНУМ Прокариот . Проверено 27 ноября 2021 г.
^ Чжан, Синьцзянь (2016). «Геномические основы адаптации видов Arthrobacter к окружающей среде» . Вэй Шэн У Сюэ Бао = Acta Microbiologica Sinica . 56 (4). НИЗ: 570–577. ПМИД 29717848 . Проверено 4 апреля 2016 г.

Дальнейшее чтение

Дин, Л; Хиросе, Т; Ёкота, А. (апрель 2009 г.). «Четыре новых вида Arthrobacter, выделенных из фильтрационного субстрата» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (Часть 4): 856–62. дои : 10.1099/ijs.0.65301-0 . ПМИД 19329620 .
Главный редактор Джордж М. Гаррити (2012). Руководство Берджи по систематической бактериологии (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer Science + Business Media. ISBN 978-0-387-68233-4 . {{cite book}}: |last1= имеет общее имя ( справка )

Внешние ссылки

Типовой штамм Arthrobacteralalicalphilus в Bac Dive - база метаданных по бактериальному разнообразию

[Arthrobacter-alkaliphilus-1] Перейти обратно: ^а ^б ЛПСН lpsn.dsmz.de

[UniProt-2] Перейти обратно: ^а ^б ЮниПрот

[3] Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур [1]

[4] Дин, Л; Хиросе, Т; Ёкота, А. (апрель 2009 г.). «Четыре новых вида Arthrobacter, выделенных из фильтрационного субстрата» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (Часть 4): 856–62. дои : 10.1099/ijs.0.65301-0 . ПМИД 19329620 .

[The_genus_Arthrobacter-5] Перейти обратно: ^а ^б Спрингер (2006). «Род Arthrobacter» . Прокариоты . Нью-Йорк (nd). стр. 945–960. дои : 10.1007/0-387-30743-5_36 . ISBN 978-0-387-25493-7 . Проверено 10 декабря 2021 г. {{cite book}}: |website= игнорируется ( помогите )

[6] Буссе, Ханс Юрген (2015). Трухильо, Марта Э; Дедыш, Светлана; Девос, Пол; Хедлунд, Брайан; Кемпфер, Питер; Рейни, Фред А; Уитмен, Уильям Б. (ред.). Артробактер . Уайли. дои : 10.1002/9781118960608 . ISBN 9781118960608 . Проверено 18 марта 2015 г.

[7] « Arthrobacteralalicalphilus LC6 представляет собой аэробную, мезофильную, грамположительную бактерию, выделенную из фильтрационного субстрата, изготовленного из вулканической породы» . БакДайв . Проверено 23 ноября 2020 г.

[8] Л, Дин (4 апреля 2009 г.). «Ген 16S рРНК Arthrobacter алкалифилуса, частичная последовательность» . Национальный центр биотехнологической информации . НКБИ . Проверено 4 апреля 2009 г.

[9] «Артробактер алкалифилус» . Энциклопедия АБИС . РЕГНУМ Прокариот . Проверено 27 ноября 2021 г.

[10] Чжан, Синьцзянь (2016). «Геномические основы адаптации видов Arthrobacter к окружающей среде» . Вэй Шэн У Сюэ Бао = Acta Microbiologica Sinica . 56 (4). НИЗ: 570–577. ПМИД 29717848 . Проверено 4 апреля 2016 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[8]

[ 9 ]

[ 10 ]