Объединенный ген
 |
Конъюнктный ген (CG) определяется как ген , который дает начало транскриптам путем объединения по крайней мере части одного экзона от каждого из двух или более различных известных (родительских) генов, которые лежат в одной и той же хромосоме, находятся в одной и той же ориентации. и часто (95%) транслируются независимо в разные белки. В некоторых случаях транскрипты, образованные CG, транслируются с образованием химерных или совершенно новых белков.
Для обозначения соединенных генов используется несколько альтернативных названий, включая комбинированный ген и сложный ген. [ 1 ] слитый ген , слитый белок , сквозной транскрипт, совместно транскрибируемые гены, мостовые гены, охватывающие гены, гибридные гены, транскрипты, охватывающие локус, и т. д.
В настоящее время различными исследовательскими группами по всему миру, включая Пракаша и др., во всем геноме человека было идентифицировано 800 CG. [ 2 ] Акива и др., [ 3 ] Парра и др., [ 4 ] Ким и др., [ 5 ] и в 1% человеческого генома в пилотном проекте ENCODE. [ 6 ] 36% всех этих CG можно подтвердить экспериментально с помощью RT-PCR и методов секвенирования. Однако лишь очень ограниченное количество этих CG встречается в общедоступных ресурсах генома человека, таких как база данных Entrez Gene , браузер генома UCSC и база данных аннотаций генома позвоночных (Vega) . Обнаружено, что более 70% соединенных генов человека консервативны в геномах других позвоночных, при этом позвоночные более высокого порядка демонстрируют большую консервативность, включая ближайшего предка человека, шимпанзе. Образование CG не ограничивается только геномом человека, некоторые CG также были идентифицированы в геномах других эукариот, включая мыши и дрозофилы. Существует несколько веб-ресурсов, которые включают информацию о некоторых CG в дополнение к другим слитым генам, например ChimerDB и HYBRIDdb . Другая база данных, ConjoinG , представляет собой обширный ресурс, посвященный только 800 соединенным генам, выявленным во всем геноме человека.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Рогинский и др. (2004). «Ген GRINL1A человека определяет сложную единицу транскрипции, необычную форму организации генов у эукариот». Геномика . 84 (2): 265–276. дои : 10.1016/j.ygeno.2004.04.004 . ПМИД 15233991 .
- ^ Пракаш Т., Шарма В.К., Адати Н., Озава Р., Кумар Н. и др. (октябрь 2010 г.). Мичалак П. (ред.). «Экспрессия соединенных генов: еще один механизм регуляции генов у эукариот» . ПЛОС ОДИН . 5 (10): e13284. Бибкод : 2010PLoSO...513284P . дои : 10.1371/journal.pone.0013284 . ПМЦ 2953495 . ПМИД 20967262 .
- ^ Акива П., Топорик А., Эдельхейт С. и др. (январь 2006 г.). «Опосредованное транскрипцией слияние генов в геноме человека» . Геномные исследования . 16 (1): 30–6. дои : 10.1101/гр.4137606 . ПМК 1356126 . ПМИД 16344562 .
- ^ Парра Г., Реймонд А., Даббусе Н. и др. (январь 2006 г.). «Тандемный химеризм как средство увеличения сложности белков в геноме человека» . Геномные исследования . 16 (1): 37–44. дои : 10.1101/гр.4145906 . ПМЦ 1356127 . ПМИД 16344564 .
- ^ Ким П., Юн С., Ким Н. и др. (ноябрь 2009 г.). «ChimerDB 2.0 — обновленная база знаний по слитым генам» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D81–D85. дои : 10.1093/nar/gkp982 . ПМЦ 2808913 . ПМИД 19906715 .
- ^ Дено Ф., Капранов П., Укла С. и др. (июнь 2007 г.). «Заметное использование дистальных 5'-сайтов начала транскрипции и открытие большого количества дополнительных экзонов в регионах ENCODE» . Геномные исследования . 17 (6): 746–59. дои : 10.1101/гр.5660607 . ЧВК 1891335 . ПМИД 17567994 .