Ген слияния
Гибридный ген — это гибридный ген, образованный из двух ранее независимых генов. Это может произойти в результате транслокации , интерстициальной делеции или хромосомной инверсии . Было обнаружено, что слитые гены преобладают во всех основных типах неоплазий человека . [1] Идентификация этих слитых генов играет важную роль в качестве диагностического и прогностического маркера. [2]
История
[ редактировать ]Первый слитый ген [1] был описан в раковых клетках в начале 1980-х годов. Открытие было основано на открытии в 1960 году Питером Ноуэллом и Дэвидом Хангерфордом в Филадельфии небольшой аномальной маркерной хромосомы у пациентов с хроническим миелолейкозом — первой последовательной хромосомной аномалии, обнаруженной при злокачественных новообразованиях человека, позже названной Филадельфийской хромосомой . [3] В 1973 году Джанет Роули из Чикаго показала, что филадельфийская хромосома возникла в результате транслокации между хромосомами 9 и 22 , а не в результате простой делеции хромосомы 22, как считалось ранее. Несколько исследователей в начале 1980-х годов показали, что транслокация филадельфийской хромосомы привела к образованию нового слитого гена BCR::ABL1, состоящего из 3'-части гена ABL1 в точке разрыва на хромосоме 9 и 5'-части гена. называется BCR в точке разрыва на хромосоме 22. В 1985 году было четко установлено, что слитый ген на хромосоме 22 продуцирует аномальный химерный белок BCR::ABL1, способный индуцировать хронический миелолейкоз.
Онкогены
[ редактировать ]Уже 30 лет известно, что соответствующий слияние генов играет важную роль в онкогенезе. [4] Слитые гены могут способствовать образованию опухолей, поскольку слитые гены могут производить гораздо более активный аномальный белок, чем неслитые гены. Часто слитые гены являются онкогенами , вызывающими рак ; к ним относятся BCR-ABL , [5] TEL-AML1 ( ALL с t(12;21)), AML1-ETO ( M2 AML с t(8;21)), и TMPRSS2 — ЭРГ с интерстициальной делецией на хромосоме 21 , часто встречающейся при раке простаты. [6] В случае TMPRSS2-ERG, нарушая передачу сигналов андрогенных рецепторов (AR) и ингибируя экспрессию AR онкогенным фактором транскрипции ETS, продукт слияния регулирует рак простаты. [7] Большинство слитых генов обнаружено в гематологических раковых образованиях , саркомах и раке простаты . [1] [8] BCAM-AKT2 представляет собой слитый ген, специфичный и уникальный для серозного рака яичников высокой степени злокачественности . [9]
Онкогенные слитые гены могут привести к образованию генного продукта с новой или отличной функцией от двух партнеров слияния. Альтернативно, протоонкоген слит с сильным промотором , и, таким образом, онкогенная функция активируется за счет положительной регуляции, вызванной сильным промотором вышестоящего партнера по слиянию. Последнее часто встречается при лимфомах , где онкогены соседствуют с промоторами генов иммуноглобулинов . [10] Онкогенные транскрипты слияния также могут быть вызваны событиями транс-сплайсинга или сквозного считывания . [11]
Поскольку хромосомные транслокации играют столь значительную роль в неоплазиях, была создана специализированная база данных хромосомных аберраций и слияний генов при раке. Эта база данных называется «База данных Мительмана о хромосомных аберрациях и слияниях генов при раке». [12]
Диагностика
[ редактировать ]Наличие определенных хромосомных аберраций и возникающих в результате слияния генов обычно используется в диагностике рака для постановки точного диагноза. хромосомных Анализ полос , флуоресцентная in situ гибридизация (FISH) и полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (RT-PCR) являются распространенными методами, используемыми в диагностических лабораториях. Все эти методы имеют свои явные недостатки из-за очень сложной природы раковых геномов . Последние разработки, такие как высокопроизводительное секвенирование. [13] а специальные ДНК-микрочипы обещают внедрение более эффективных методов. [14]
Эволюция
[ редактировать ]Слияние генов играет ключевую роль в эволюции генной архитектуры. Мы можем наблюдать его эффект, если в кодирующих последовательностях происходит слияние генов. [15] Дупликация, дивергенция последовательностей и рекомбинация являются основными факторами, влияющими на эволюцию генов. [16] Эти события, вероятно, могут привести к образованию новых генов из уже существующих частей. Когда слияние генов происходит в области некодирующей последовательности, это может привести к неправильной регуляции экспрессии гена, который теперь находится под контролем цис-регуляторной последовательности другого гена. Если это происходит в кодирующих последовательностях, слияние генов вызывает сборку нового гена, а затем позволяет появление новых функций за счет добавления пептидных модулей в многодоменный белок. [15] Методы обнаружения событий слияния генов в большом биологическом масштабе могут дать представление о мультимодульной архитектуре белков. [17] [18] [19]
Биосинтез пуринов
[ редактировать ]Пурины , аденин и гуанин — две из четырех основ универсального генетического кода, кодирующих информацию . Биосинтез этих пуринов происходит сходными, но не идентичными путями у разных видов трех областей жизни: архей , бактерий и эукариот . Основной отличительной чертой путей биосинтеза пуринов у бактерий является преобладание слияний генов, при которых два или более фермента биосинтеза пуринов кодируются одним геном. [20] Такие слияния генов происходят почти исключительно между генами, которые кодируют ферменты, выполняющие последовательные этапы биосинтетического пути. Эукариотические виды обычно демонстрируют наиболее распространенные слияния генов, наблюдаемые у бактерий, но, кроме того, имеют новые слияния, которые потенциально увеличивают метаболический поток.
Обнаружение
[ редактировать ]В последние годы уже стала доступна технология секвенирования следующего поколения для скрининга известных и новых событий слияния генов в масштабах всего генома. Однако предварительным условием крупномасштабного обнаружения является парное секвенирование транскриптома клетки . Направление обнаружения слитых генов в основном направлено на анализ и визуализацию данных. Некоторые исследователи уже разработали новый инструмент под названием Transcriptome Viewer (TViewer) для прямой визуализации обнаруженных слияний генов на уровне транскриптов. [21]
Исследовательские приложения
[ редактировать ]Биологи также могут намеренно создавать слитые гены в исследовательских целях. Слияние репортерных генов с регуляторными элементами интересующих генов позволяет исследователям изучать экспрессию генов. Слияния репортерных генов можно использовать для измерения уровней активности генных регуляторов, идентификации регуляторных участков генов (включая необходимые сигналы), идентификации различных генов, которые регулируются в ответ на один и тот же стимул, и искусственного контроля экспрессии, в частности, желаемых генов. клетки. [22] Например, создав слитый ген интересующего белка и зеленого флуоресцентного белка , интересующий белок можно наблюдать в клетках или тканях с помощью флуоресцентной микроскопии . [23] Белок, синтезируемый при экспрессии слитого гена , называется слитым белком .
См. также
[ редактировать ]- Химерный ген
- Опять генное рождение
- Слияние генов ETV6-NTRK3
- Перетасовка экзонов
- Дупликация генов
- Горизонтальный перенос генов
- Список инструментов биоинформатики RNA-Seq
- Мобильные генетические элементы
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с Мительман Ф., Йоханссон Б., Мертенс Ф. (апрель 2007 г.). «Влияние транслокаций и слияний генов на причину рака». Обзоры природы Рак . 7 (4): 233–45. дои : 10.1038/nrc2091 . ПМИД 17361217 . S2CID 26093482 .
- ^ Пренснер-младший, Чиннаян А.М. (февраль 2009 г.). «Онкогенные слияния генов при эпителиальных карциномах» . Текущее мнение в области генетики и развития . 19 (1): 82–91. дои : 10.1016/j.где.2008.11.008 . ПМЦ 2676581 . ПМИД 19233641 .
- ^ «Национальная академия наук» (PDF) . Наука . 132 (3438): 1488–501. Ноябрь 1960 г. Бибкод : 1960Sci...132.1488. . дои : 10.1126/science.132.3438.1488 . ПМИД 17739576 .
- ^ Эдвардс, Пенсильвания (январь 2010 г.). «Гены слияния и хромосомные транслокации при распространенных эпителиальных раках» . Журнал патологии . 220 (2): 244–54. дои : 10.1002/путь.2632 . ПМИД 19921709 . S2CID 46435450 .
- ^ «Национальная академия наук» (PDF) . Наука . 132 (3438): 1488–501. Ноябрь 1960 г. Бибкод : 1960Sci...132.1488. . дои : 10.1126/science.132.3438.1488 . ПМИД 17739576 .
- ^ Томлинс С.А., Роудс Д.Р., Пернер С., Дханасекаран С.М., Мехра Р., Сан XW и др. (октябрь 2005 г.). «Рекуррентное слияние генов транскрипционных факторов TMPRSS2 и ETS при раке простаты». Наука . 310 (5748): 644–8. Бибкод : 2005Sci...310..644T . дои : 10.1126/science.1117679 . ПМИД 16254181 . S2CID 85788789 .
- ^ Ю Дж., Ю Дж., Мани Р.С., Цао К., Бреннер С.Дж., Цао Х. и др. (май 2010 г.). «Интегрированная сеть слияний генов андрогенных рецепторов, поликомб и TMPRSS2-ERG в прогрессировании рака простаты» . Раковая клетка . 17 (5): 443–54. дои : 10.1016/j.ccr.2010.03.018 . ПМЦ 2874722 . ПМИД 20478527 .
- ^ Тейшейра М.Р. (декабрь 2006 г.). «Рецидивирующие онкогены слияния при карциномах». Критические обзоры онкогенеза . 12 (3–4): 257–71. дои : 10.1615/critrevoncog.v12.i3-4.40 . ПМИД 17425505 . S2CID 40770452 .
- ^ Расшифровка транскриптома рака. 2016 год
- ^ Вега Ф, Медейрос ЖЖ (сентябрь 2003 г.). «Хромосомные транслокации, участвующие в неходжкинских лимфомах». Архивы патологии и лабораторной медицины . 127 (9): 1148–60. дои : 10.5858/2003-127-1148-CTIINL . ПМИД 12946230 .
- ^ Наку С., Юань В., Кан З., Бхатт Д., Риверс К.С., Стинсон Дж. и др. (январь 2011 г.). «Анализ глубокого секвенирования РНК сквозных слияний генов в аденокарциноме простаты человека и эталонных образцах» . BMC Медицинская Геномика . 4 (1): 11. дои : 10.1186/1755-8794-4-11 . ПМК 3041646 . ПМИД 21261984 .
- ^ Мительман Ф; Йоханссон Б; Мертенс Ф. «База данных Мительмана о хромосомных аберрациях и слияниях генов при раке» . Архивировано из оригинала 25 мая 2016 г. Проверено 13 сентября 2014 г.
- ^ Махер К.А., Кумар-Синха С., Цао Х, Кальяна-Сундарам С., Хан Б., Цзин Х и др. (март 2009 г.). «Секвенирование транскриптома для обнаружения слияний генов при раке» . Природа . 458 (7234): 97–101. Бибкод : 2009Natur.458...97M . дои : 10.1038/nature07638 . ПМК 2725402 . ПМИД 19136943 .
- ^ Скотхайм Р.И., Томассен Г.О., Экен М., Линд Г.Е., Миччи Ф., Рибейро Ф.Р. и др. (январь 2009 г.). «Универсальный анализ для обнаружения онкогенных слитых транскриптов с помощью анализа олигомикрочипов» . Молекулярный рак . 8 :5. дои : 10.1186/1476-4598-8-5 . ПМЦ 2633275 . ПМИД 19152679 .
- ^ Jump up to: а б Дюрренс П., Никольски М., Шерман Д. (октябрь 2008 г.). «Слияние и деление генов определяют метрику между геномами грибов» . PLOS Вычислительная биология . 4 (10): е1000200. Бибкод : 2008PLSCB...4E0200D . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000200 . ПМК 2557144 . ПМИД 18949021 .
- ^ Эйхлер Э.Э. (ноябрь 2001 г.). «Недавнее дупликация, увеличение домена и динамическая мутация генома человека». Тенденции в генетике . 17 (11): 661–9. дои : 10.1016/s0168-9525(01)02492-1 . ПМИД 11672867 .
- ^ Энрайт А.Дж., Узунис, Калифорния (2001). «Функциональные ассоциации белков в целых геномах посредством исчерпывающего обнаружения слияний генов» . Геномная биология . 2 (9): ИССЛЕДОВАНИЕ0034. doi : 10.1186/gb-2001-2-9-research0034 . ПМК 65099 . ПМИД 11820254 .
- ^ Янаи I, Дерти А, ДеЛиси С (июль 2001 г.). «Гены, связанные событиями слияния, обычно относятся к одной и той же функциональной категории: систематический анализ 30 микробных геномов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (14): 7940–5. Бибкод : 2001PNAS...98.7940Y . дои : 10.1073/pnas.141236298 . ПМЦ 35447 . ПМИД 11438739 .
- ^ Пасек С., Рислер Дж.Л., Брезельк П. (июнь 2006 г.). «Слияние/деление генов вносит основной вклад в эволюцию многодоменных бактериальных белков» . Биоинформатика . 22 (12): 1418–23. doi : 10.1093/биоинформатика/btl135 . ПМИД 16601004 .
- ^ Чуа С.М., Фрейзер Дж.А. (ноябрь 2020 г.). «Наблюдение за биосинтезом пуринов во всех сферах жизни открывает многообещающие мишени для лекарств в патогенах» . Иммунология и клеточная биология . 98 (10): 819–831. дои : 10.1111/imcb.12389 . ПМИД 32748425 .
- ^ Суппер Дж., Гугенмус С., Воллник Дж., Дрюке Т., Шерф М., Хан А. и др. (январь 2013 г.). «Обнаружение и визуализация слияний генов» . Методы . 59 (1): С24-8. дои : 10.1016/j.ymeth.2012.09.013 . ПМИД 23036331 .
- ^ Хартвелл, Лиланд Х.; и др. (2011). Генетика: от генов к геномам (4-е изд.). Нью-Йорк: МакГроу-Хилл. стр. 533–534 . ISBN 978-0073525266 .
- ^ Прендергаст Ф.Г., Манн К.Г. (август 1978 г.). «Химические и физические свойства экворина и зеленого флуоресцентного белка, выделенного из Aequorea forskålea». Биохимия . 17 (17): 3448–53. дои : 10.1021/bi00610a004 . ПМИД 28749 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- ChiTaRS 5.0 : Улучшенная база данных химерных Ttanscripts и данных секвенирования РНК.
- ChiPPI. Архивировано 10 ноября 2021 г. в Wayback Machine : Серверное белок-белковое взаимодействие химерных белков.
- ChimerDB 2.0 : обновлена база знаний по слитым генам.
- dbCRID : новая комплексная база данных о событиях CR у человека и связанных с ними заболеваниях (как опухолевых, так и неопухолевых) с подробной документацией событий CR.
- База данных Mitelman, заархивированная 25 мая 2016 г. в Wayback Machine : база данных связывает хромосомные аберрации с характеристиками опухоли, основываясь либо на отдельных случаях, либо на ассоциациях.