мс2 (программное обеспечение)

*г-жа* 2
Оригинальный автор(ы)	Колин В. Гласс, Штеффен Райзер, Габор Руткай, Стефан Дойблен, Андреас Кестер, Габриэла Гевара-Каррион, Амер Вафаи, Мартин Хорш, Мартин Бернройтер, Торстен Виндманн, Кай Лангенбах, Дэвид Селни, Сергей Прокопьев, Изабель Нитцке, Торстен Меркер, Стефан Дойблен, Бернхард Экль, Юрген Столл, Сергей В. Лищук, Денис Шарич, Джошуа Маркс, Татьяна Янцен, Михаэль Шаппалс, Робин Фингерхут, Максимилиан Конс, Симон Стефан, Ханс Хассе, Ядран Врабец
Разработчик(и)	ТУ Кайзерслаутерна, ТУ Берлина, HLRS Штутгарта
Первоначальный выпуск	2011 год ; 13 лет назад
Стабильная версия	01 мая 2021 г. / 29 мая 2021 г .; 3 года назад
Репозиторий	www .мс-2 .из /дом .html
Написано в	Фортран
Операционная система	Linux , MacOS , Windows
Платформа	х86 , х86-64
Размер	250 МБ
Доступно в	Английский
Тип	Молекулярная динамика , Монте-Карло
Лицензия	Creative Commons CC от NC 3.0
Веб-сайт	www .мс-2 .из /дом .html

ms 2 — некоммерческая программа молекулярного моделирования. ^[1]^[2]^[3]^[4] Он включает в себя как молекулярную динамику, так и алгоритмы моделирования Монте-Карло. мс 2 предназначен для расчета термодинамических свойств жидкостей. Большое количество термодинамических свойств можно легко вычислить с помощью ms 2, например, фазовое равновесие, транспортные и тепловые свойства. ms 2 ограничен моделированием однородного состояния.

Функции

MS 2 содержит два метода молекулярного моделирования: молекулярную динамику (МД) и Монте-Карло. ms 2 поддерживает расчет парожидкостного равновесия как чистых компонентов, так и многокомпонентных смесей. 2 реализованы различные методы расчета фазового равновесия В ms . Кроме того, ms 2 способна выполнять выборку различных классических ансамблей, таких как NpT, NVE, NVT, NpH. Для оценки химического потенциала применяется метод тест-молекул Видома и термодинамическая интеграция. 2 реализованы алгоритмы выборки транспортных свойств. Кроме того, в мс Транспортные свойства определяются путем равновесного МД-моделирования в соответствии с формализмом Грина-Кубо и формализмом Эйнштейна.

Приложения

мс 2 часто использовался для прогнозирования теплофизических свойств жидкостей в химической технологии. ^[5]^[6]^[7]^[8] а также для научных вычислений и физики мягкого вещества. ^[9]^[10] Он использовался для моделирования как модельных жидкостей, так и реальных веществ. 2 реализуется большое количество потенциалов взаимодействия В мс , например, потенциал Леннарда-Джонса , потенциал Ми , электростатические взаимодействия (точечные заряды, точечные диполи и точечные квадруполи) и внешние силы. Принудительные поля из таких баз данных, как база данных MolMod. ^[11] может быть легко использован в MS 2.

См. также

Ссылки

^ Гласс, Колин В.; Райзер, Штеффен; Руткай, Габор; Дюблен, Стефан; Кестер, Андреас; Гевара-Каррион, Габриэла; Вафай, амер; Хорш, Мартин; Бернройтер, Мартин; Виндманн, Торстен; Хассе, Ганс (декабрь 2014 г.). «ms2: инструмент молекулярного моделирования термодинамических свойств, выпуск новой версии» . Компьютерная физика. Коммуникации . 185 (12): 3302–3306. arXiv : 1507.07548 . Бибкод : 2014CoPhC.185.3302G . дои : 10.1016/j.cpc.2014.07.012 . ISSN 0010-4655 . S2CID 7271270 .
^ Дюблен, Стефан; Экль, Бернхард; Столл, Юрген; Лищук Сергей В.; Гевара-Каррион, Габриэла; Гласс, Колин В.; Меркер, Торстен; Бернройтер, Мартин; Хассе, Ганс; Врабец, Ядран (ноябрь 2011 г.). «ms2: инструмент молекулярного моделирования термодинамических свойств» . Компьютерная физика. Коммуникации . 182 (11): 2350–2367. Бибкод : 2011CoPhC.182.2350D . дои : 10.1016/j.cpc.2011.04.026 . ISSN 0010-4655 .
^ Фингерхат, Робин; Гевара-Каррион, Габриэла; Нитцке, Изабель; Шарич, Денис; Маркс, Джошуа; Лангенбах, Кай; Прокопьев Сергей; Целны, Давид; Бернройтер, Мартин; Стефан, Саймон; Конс, Максимилиан (май 2021 г.). «ms2: инструмент молекулярного моделирования термодинамических свойств, версия 4.0» . Компьютерная физика. Коммуникации . 262 : 107860. Бибкод : 2021CoPhC.26207860F . дои : 10.1016/j.cpc.2021.107860 . ISSN 0010-4655 . S2CID 264228170 .
^ Руткай, Габор; Кестер, Андреас; Гевара-Каррион, Габриэла; Янзен, Татьяна; Шаппалс, Майкл; Гласс, Колин В.; Бернройтер, Мартин; Вафай, амер; Стефан, Саймон; Конс, Максимилиан; Райзер, Штеффен (декабрь 2017 г.). «ms2: инструмент молекулярного моделирования термодинамических свойств, версия 3.0» . Компьютерная физика. Коммуникации . 221 : 343–351. Бибкод : 2017CoPhC.221..343R . дои : 10.1016/j.cpc.2017.07.025 . ISSN 0010-4655 .
^ Линнеманн, Матиас; Николайчук Павел Анатольевич; Муньос-Муньос, Ю. Маурисио; Баумхоггер, Элмар; Врабец, Ядран (12 марта 2020 г.). «Константа закона Генри благородных газов в воде, метаноле, этаноле и изопропаноле, полученная экспериментальным путем и молекулярным моделированием» . Журнал химических и инженерных данных . 65 (3): 1180–1188. doi : 10.1021/acs.jced.9b00565 . ISSN 0021-9568 . S2CID 208749534 .
^ Гевара-Каррион, Габриэла; Ньето-Драги, Карлос; Врабец, Ядран; Хассе, Ганс (25 декабря 2008 г.). «Прогнозирование транспортных свойств методом молекулярного моделирования: метанол и этанол и их смеси» . Журнал физической химии Б. 112 (51): 16664–16674. arXiv : 0906.1717 . дои : 10.1021/jp805584d . ISSN 1520-6106 . ПМИД 19367909 . S2CID 17757946 .
^ Дюблен, Стефан; Экль, Бернхард; Столл, Юрген; Лищук Сергей В.; Гевара-Каррион, Габриэла; Гласс, Колин В.; Меркер, Торстен; Бернройтер, Мартин; Хассе, Ганс; Врабец, Ядран (20 декабря 2011 г.). «ms2: инструмент для расчета термодинамических свойств материалов с использованием молекулярного моделирования» . Технология инженера-химика . 84 (1–2): 114–120. doi : 10.1002/cite.201100079 . ISSN 0009-286X .
^ Врабец, Ядран; Бернройтер, Мартин; Бунгартц, Ханс Иоахим; Чен, Вэй Линь; Кордес, Вильфрид; Фоксглав, Робин; Гласс, Колин В.; Гмелинг, Юрген; Гамбургер, Рене; Господи, Манфред! Хайнен, Матиас (2018). «SkaSim — масштабируемое программное обеспечение HPC для молекулярного моделирования в химической промышленности» . Технология инженера-химика (на немецком языке). 90 (3): 295–306. doi : 10.1002/cite.201700113 . ISSN 1522-2640 .
^ Стефан, Саймон; Тол, Моника; Врабец, Ядран; Хассе, Ганс (28 октября 2019 г.). «Теплофизические свойства жидкости Леннарда-Джонса: база данных и оценка данных» . Журнал химической информации и моделирования . 59 (10): 4248–4265. doi : 10.1021/acs.jcim.9b00620 . ISSN 1549-9596 . ПМИД 31609113 . S2CID 204545481 .
^ Стефан, Саймон; Хассе, Ганс (23 января 2020 г.). «Молекулярные взаимодействия на границе раздела пар-жидкость: бинарные смеси простых жидкостей» . Физический обзор E . 101 (1): 012802. Бибкод : 2020PhRvE.101a2802S . дои : 10.1103/PhysRevE.101.012802 . ПМИД 32069593 . S2CID 211192904 .
^ Стефан, Саймон; Хорш, Мартин Т.; Врабец, Ядран; Хассе, Ганс (3 июля 2019 г.). «MolMod – база данных силовых полей с открытым доступом для молекулярного моделирования жидкостей» . Молекулярное моделирование . 45 (10): 806–814. arXiv : 1904.05206 . дои : 10.1080/08927022.2019.1601191 . ISSN 0892-7022 . S2CID 119199372 .

Внешние ссылки

Официальный сайт

[1] Гласс, Колин В.; Райзер, Штеффен; Руткай, Габор; Дюблен, Стефан; Кестер, Андреас; Гевара-Каррион, Габриэла; Вафай, амер; Хорш, Мартин; Бернройтер, Мартин; Виндманн, Торстен; Хассе, Ганс (декабрь 2014 г.). «ms2: инструмент молекулярного моделирования термодинамических свойств, выпуск новой версии» . Компьютерная физика. Коммуникации . 185 (12): 3302–3306. arXiv : 1507.07548 . Бибкод : 2014CoPhC.185.3302G . дои : 10.1016/j.cpc.2014.07.012 . ISSN 0010-4655 . S2CID 7271270 .

[2] Дюблен, Стефан; Экль, Бернхард; Столл, Юрген; Лищук Сергей В.; Гевара-Каррион, Габриэла; Гласс, Колин В.; Меркер, Торстен; Бернройтер, Мартин; Хассе, Ганс; Врабец, Ядран (ноябрь 2011 г.). «ms2: инструмент молекулярного моделирования термодинамических свойств» . Компьютерная физика. Коммуникации . 182 (11): 2350–2367. Бибкод : 2011CoPhC.182.2350D . дои : 10.1016/j.cpc.2011.04.026 . ISSN 0010-4655 .

[3] Фингерхат, Робин; Гевара-Каррион, Габриэла; Нитцке, Изабель; Шарич, Денис; Маркс, Джошуа; Лангенбах, Кай; Прокопьев Сергей; Целны, Давид; Бернройтер, Мартин; Стефан, Саймон; Конс, Максимилиан (май 2021 г.). «ms2: инструмент молекулярного моделирования термодинамических свойств, версия 4.0» . Компьютерная физика. Коммуникации . 262 : 107860. Бибкод : 2021CoPhC.26207860F . дои : 10.1016/j.cpc.2021.107860 . ISSN 0010-4655 . S2CID 264228170 .

[4] Руткай, Габор; Кестер, Андреас; Гевара-Каррион, Габриэла; Янзен, Татьяна; Шаппалс, Майкл; Гласс, Колин В.; Бернройтер, Мартин; Вафай, амер; Стефан, Саймон; Конс, Максимилиан; Райзер, Штеффен (декабрь 2017 г.). «ms2: инструмент молекулярного моделирования термодинамических свойств, версия 3.0» . Компьютерная физика. Коммуникации . 221 : 343–351. Бибкод : 2017CoPhC.221..343R . дои : 10.1016/j.cpc.2017.07.025 . ISSN 0010-4655 .

[5] Линнеманн, Матиас; Николайчук Павел Анатольевич; Муньос-Муньос, Ю. Маурисио; Баумхоггер, Элмар; Врабец, Ядран (12 марта 2020 г.). «Константа закона Генри благородных газов в воде, метаноле, этаноле и изопропаноле, полученная экспериментальным путем и молекулярным моделированием» . Журнал химических и инженерных данных . 65 (3): 1180–1188. doi : 10.1021/acs.jced.9b00565 . ISSN 0021-9568 . S2CID 208749534 .

[6] Гевара-Каррион, Габриэла; Ньето-Драги, Карлос; Врабец, Ядран; Хассе, Ганс (25 декабря 2008 г.). «Прогнозирование транспортных свойств методом молекулярного моделирования: метанол и этанол и их смеси» . Журнал физической химии Б. 112 (51): 16664–16674. arXiv : 0906.1717 . дои : 10.1021/jp805584d . ISSN 1520-6106 . ПМИД 19367909 . S2CID 17757946 .

[7] Дюблен, Стефан; Экль, Бернхард; Столл, Юрген; Лищук Сергей В.; Гевара-Каррион, Габриэла; Гласс, Колин В.; Меркер, Торстен; Бернройтер, Мартин; Хассе, Ганс; Врабец, Ядран (20 декабря 2011 г.). «ms2: инструмент для расчета термодинамических свойств материалов с использованием молекулярного моделирования» . Технология инженера-химика . 84 (1–2): 114–120. doi : 10.1002/cite.201100079 . ISSN 0009-286X .

[8] Врабец, Ядран; Бернройтер, Мартин; Бунгартц, Ханс Иоахим; Чен, Вэй Линь; Кордес, Вильфрид; Фоксглав, Робин; Гласс, Колин В.; Гмелинг, Юрген; Гамбургер, Рене; Господи, Манфред! Хайнен, Матиас (2018). «SkaSim — масштабируемое программное обеспечение HPC для молекулярного моделирования в химической промышленности» . Технология инженера-химика (на немецком языке). 90 (3): 295–306. doi : 10.1002/cite.201700113 . ISSN 1522-2640 .

[9] Стефан, Саймон; Тол, Моника; Врабец, Ядран; Хассе, Ганс (28 октября 2019 г.). «Теплофизические свойства жидкости Леннарда-Джонса: база данных и оценка данных» . Журнал химической информации и моделирования . 59 (10): 4248–4265. doi : 10.1021/acs.jcim.9b00620 . ISSN 1549-9596 . ПМИД 31609113 . S2CID 204545481 .

[10] Стефан, Саймон; Хассе, Ганс (23 января 2020 г.). «Молекулярные взаимодействия на границе раздела пар-жидкость: бинарные смеси простых жидкостей» . Физический обзор E . 101 (1): 012802. Бибкод : 2020PhRvE.101a2802S . дои : 10.1103/PhysRevE.101.012802 . ПМИД 32069593 . S2CID 211192904 .

[11] Стефан, Саймон; Хорш, Мартин Т.; Врабец, Ядран; Хассе, Ганс (3 июля 2019 г.). «MolMod – база данных силовых полей с открытым доступом для молекулярного моделирования жидкостей» . Молекулярное моделирование . 45 (10): 806–814. arXiv : 1904.05206 . дои : 10.1080/08927022.2019.1601191 . ISSN 0892-7022 . S2CID 119199372 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]