Андурил (движок рабочего процесса)

На датчике
	Рабочий процесс Anduril в Eclipse
Разработчик(и)	Лаборатория системной биологии Хельсинкского университета
Первоначальный выпуск	1 июля 2010 г .; 14 лет назад
Стабильная версия	2.0.0 (01.07.2016) / 1 июля 2016 г .; 8 лет назад
Репозиторий	битбакет .org /андрил-дев / ;
Написано в	Ява
Операционная система	Linux , Microsoft Windows , Mac OS X
Тип	Механизм рабочего процесса
Лицензия	GPL (v.1.x), BSD (v.2.x)
Веб-сайт	www .на датчике .org

Anduril — это платформа рабочих процессов на основе компонентов с открытым исходным кодом для анализа научных данных. ^[2] Разработан в Лаборатории системной биологии Хельсинкского университета .

Anduril разработан для обеспечения систематического, гибкого и эффективного анализа данных, особенно в области высокопроизводительных экспериментов в биомедицинских исследованиях. В настоящее время система рабочих процессов предоставляет компоненты для нескольких типов анализа, таких как секвенирование , экспрессия генов , SNP , ChIP-на-чипе , сравнительная геномная гибридизация и экзонный микроматричный анализ, а также цитометрия и анализ изображений клеток .

Архитектура и особенности

Рабочий процесс — это серия этапов обработки, соединенных вместе таким образом, что выходные данные одного шага используются в качестве входных данных для другого. Этапы обработки реализуют задачи анализа данных, такие как импорт данных, статистические тесты и создание отчетов. В Anduril этапы обработки реализованы с помощью компонентов, которые представляют собой многократно используемый исполняемый код, который можно написать на любом языке программирования. Компоненты объединяются в рабочий процесс или сеть компонентов, которая выполняется механизмом рабочих процессов Anduril. Конфигурация рабочего процесса выполняется с использованием простого, но мощного языка сценариев AndurilScript. Конфигурацию и выполнение рабочего процесса можно выполнить из Eclipse , популярного многоцелевого графического интерфейса, или из командной строки.

Ядро движка Anduril написано на Java, а компоненты написаны на различных языках программирования, включая Java, R , MATLAB , Lua , Perl и Python . Компоненты также могут иметь зависимости от сторонних библиотек, таких как Bioconductor . Предоставляются компоненты для визуализации клеток и анализа микрочипов, но пользователи могут использовать дополнительные компоненты. Ядро Anduril было протестировано в Linux и Windows.

Anduril 1.0: язык AndurilScript

Привет, мир в AndurilScript — это просто

  std.echo("Hello world!")

Комментирование соответствует синтаксису Java:

  // A simple comment
  /* Another simple comment */
  /** A description that will be included in component description */

Компоненты вызываются путем назначения их вызовов именованным экземплярам компонентов. Имена не могут быть повторно использованы в рамках одного рабочего процесса. Существуют специальные компоненты для входных файлов, которые включают в сценарий внешние файлы. Поддерживаемые атомарные типы: целочисленные, плавающие, логические и строковые, а типизация осуществляется неявно.

  in1 = INPUT(path="myFile.csv")
  constant1 = 1
  componentInstance1 = MyComponent(inputPort1 = in1, inputParam1 = constant1)

Рабочие процессы строятся путем назначения выходных данных экземпляров компонентов входным данным следующих компонентов.

  componentInstance2 = AnotherComponent(inputPort1 = componentInstance1.outputPort1)

Экземпляры компонентов также можно обернуть как функции.

  function MyFunction(InType1 in1, ..., optional InTypeM inM,
                      ParType1 param1, ..., ParTypeP paramP=defaultP)
                      -> (OutType1 out1, ..., OutTypeN outN)
  {
      ... statements ...
      return record(out1=x1, ..., outN=xN)
  }

В дополнение к стандартным операторам if-else и switch-case, AndurilScript также включает в себя циклы for.

  // Iterates over 1, 2, ..., 10
  array = record()
  for i: std.range(1, 10) {
      array[i] = SomeComponent(k=i)
  }

Расширяемость

Андурил можно расширять на нескольких уровнях. Пользователи могут добавлять новые компоненты к существующим пакетам компонентов. Однако если новый компонент или компоненты выполняют задачи, не связанные с существующими пакетами, пользователи также могут создавать новые пакеты.

Эвен Моксис

Moksiskaan — это платформа интеграции данных для исследований рака и молекулярной биологии . ^[3] Платформа предоставляет реляционную базу данных, которая представляет собой граф биологических объектов, таких как гены, белки, лекарства, пути, заболевания, биологические процессы, клеточные компоненты и молекулярные функции. Кроме того, на основе этих данных существует широкий набор инструментов анализа и доступа. Подавляющее большинство этих инструментов реализовано как компоненты и функции Anduril.

Моксискаан используется в основном для интерпретации списков генов-кандидатов, полученных в результате геномных исследований. Его инструменты можно использовать для создания графиков биологических объектов, связанных с входными генами. Точная форма этих графиков может варьироваться от прогнозов целевого действия лекарства до временных рядов сигнальных каскадов. Некоторые из целей этих инструментов тесно связаны с IPA .

См. также

Ссылки

^ «anduril-dev/anduril/doc/ChangeLog.txt — Bitbucket» . bitbucket.org . Проверено 25 марта 2021 г.
^ Оваска, К.; Лааксо, М.; Хаапа-Паананен, С.; Лоухимо, Р.; Чен, П.; Айттомяки, В.; Вало, Э.; Нуньес-Фонтарнау, Ж.; Рантанен, В.; Каринен, С.; Ноусиайнен, К.; Лахесмаа-Корпинен, AM; Миеттинен, М.; Сааринен, Л.; Кохонен, П.; Ву, Дж.; Вестермарк, Дж.; Хаутаниеми, С. (2010). «Крупномасштабная система интеграции данных обеспечивает комплексное представление о мультиформной глиобластоме» . Геномная медицина . 2 (9): 65. дои : 10,1186/гм186 . ПМК 3092116 . ПМИД 20822536 .
^ Лааксо, М.; Хаутаниеми, С. (2010). «Интеграционная платформа для перевода наборов генов в сети» . Биоинформатика . 26 (14): 1802–1803. doi : 10.1093/биоинформатика/btq277 . ПМИД 20507894 .

Дальнейшее чтение

Ученые разрабатывают новую базу данных, которая дает всестороннее представление о геноме мультиформной глиобластомы в «Атласе исследований генома рака», март 2011 г., подготовленном Кэтрин Эванс.
Алмейда, Дж.С. (2010). «Вычислительные экосистемы для медицинской геномики, основанной на данных» . Геномная медицина . 2 (9): 67. дои : 10,1186/гм188 . ПМК 3092118 . ПМИД 20854645 .
Саху, Б.; Лааксо, М.; Оваска, К.; Миртти, Т.; Лундин, Дж.; Ранникко А.; Санкила, А.; Турунен, JP; Лундин, М.; Консти, Дж.; Вестеринен, Т.; Нордлинг, С.; Каллиониеми, О.; Хаутаниеми, С.; Янне, ОА (2011). «Двойная роль FoxA1 в связывании андрогенных рецепторов с хроматином, передаче сигналов андрогенов и раке простаты» . Журнал ЭМБО . 30 (19): 3962–3976. дои : 10.1038/emboj.2011.328 . ПМК 3209787 . ПМИД 21915096 .
Пихлаямаа, П.; Чжан, Ф.-П.; Сааринен, Л.; Микконен, Л.; Хаутаниеми, С.; Янне, ОА (2011). «Фитоэстроген генистеин является тканеспецифичным модулятором андрогеновых рецепторов» . Эндокринология . 152 (11): 4395–4405. дои : 10.1210/en.2011-0221 . ПМИД 21878517 .
Блом, Х.; Рённлунд, Д.; Скотт, Л.; Спикарова З.; Рантанен, В.; Виденгрен, Дж.; Аперия, А.; Брисмар, Х. (2011). «Анализ ближайшего соседа дофаминовых рецепторов D1 и Na + -K + -АТФаз в дендритных шипиках, препарированных с помощью STED-микроскопии». Микроскопические исследования и техника . 75 (2): 220–228. дои : 10.1002/jemt.21046 . ПМИД 21809413 . S2CID 206067902 .
Элерс, ИП; Кивимяки, АС; Турпейнен, AM; Корпела, Р.; Вапаатало, Х. (2011). «Высокое артериальное снижение давления и вазопротективное действие молочных продуктов при экспериментальной гипертонии» . Британский журнал питания . 106 (9): 1353–1363. дои : 10.1017/S0007114511001723 . ПМИД 21736845 .
Малиеми, П.; Карлссон, Э.; Каукола, А.; Оваска, К.; Нииранен, К.; Саксела, О.; Есканен, Л.; Хаутаниеми, С.; Ранки, А. (2011). «Изменения числа копий NAV3 и гены-мишени при базально- и плоскоклеточном раке». Экспериментальная дерматология . 20 (11): 926–931. дои : 10.1111/j.1600-0625.2011.01358.x . ПМИД 21995814 . S2CID 26219786 .
Чен, П.; Лепихова Т.; Ху, Ю.; Монни, О.; Хаутаниеми, С. (2011). «Комплексный метод обработки данных массива экзонов для количественного анализа альтернативных сплайсированных вариантов» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (18): е123. дои : 10.1093/nar/gkr513 . ПМК 3185423 . ПМИД 21745820 .
Каринен С., Хейккинен Т.; и др. (2011). «Рабочий процесс интеграции данных для поиска генов, вызывающих заболевания, и генетических вариантов» . ПЛОС ОДИН . 6 (4): e18636. дои : 10.1371/journal.pone.0018636 . ПМК 3075259 . ПМИД 21533266 .
Хейнонен М., Хеммес А.; и др. (2011). «Роль РНК-связывающего белка HuR при протоковой карциноме молочной железы in situ» . Журнал патологии . 224 (4): 529–539. дои : 10.1002/путь.2889 . ПМЦ 3504799 . ПМИД 21480233 .
Лоухимо Р., Хаутаниеми С. (2011). «CNAmet: пакет R для интеграции данных о количестве копий, метилировании и экспрессии» . Биоинформатика . 27 (6): 887–888. doi : 10.1093/биоинформатика/btr019 . ПМИД 21228048 .

Внешние ссылки

[1] «anduril-dev/anduril/doc/ChangeLog.txt — Bitbucket» . bitbucket.org . Проверено 25 марта 2021 г.

[2] Оваска, К.; Лааксо, М.; Хаапа-Паананен, С.; Лоухимо, Р.; Чен, П.; Айттомяки, В.; Вало, Э.; Нуньес-Фонтарнау, Ж.; Рантанен, В.; Каринен, С.; Ноусиайнен, К.; Лахесмаа-Корпинен, AM; Миеттинен, М.; Сааринен, Л.; Кохонен, П.; Ву, Дж.; Вестермарк, Дж.; Хаутаниеми, С. (2010). «Крупномасштабная система интеграции данных обеспечивает комплексное представление о мультиформной глиобластоме» . Геномная медицина . 2 (9): 65. дои : 10,1186/гм186 . ПМК 3092116 . ПМИД 20822536 .

[3] Лааксо, М.; Хаутаниеми, С. (2010). «Интеграционная платформа для перевода наборов генов в сети» . Биоинформатика . 26 (14): 1802–1803. doi : 10.1093/биоинформатика/btq277 . ПМИД 20507894 .

[1]

[2]

[3]