Репозиторий данных исследований в области феномики и геномики растений e!DAL
Репозиторий данных исследований в области геномики и феномики растений (PGP) представляет собой инфраструктуру публикации данных для комплексной публикации многодоменных данных исследований растений. [1] Он проводится в Институте генетики растений и исследований сельскохозяйственных растений им. Лейбница (IPK) в Гатерслебене , Германия. В репозитории хранятся цитируемые наборы данных DOI, которые не публикуются в общедоступных репозиториях из-за их объема или объема данных. PGP позволяет публиковать наборы данных размером в гигабайты и зарегистрирован в качестве хранилища исследовательских данных на FAIRSharing.org , re3data.org и OpenAIRE как действующий архив открытых данных EU Horizon 2020. Вышеупомянутые функции, программный интерфейс и поддержка стандартных форматов метаданных позволяют PGP соответствовать принципам данных FAIR — находимость, доступность, совместимость, возможность повторного использования. Репозиторий PGP был создан с использованием e!DAL. [2] [3] программную инфраструктуру и применяет локальный подход для «преобразования инфраструктуры в данные» (I2D).
Содержание данных
[ редактировать ]Все представленные и утвержденные данные хранятся в IPK Gatersleben и имеют стабильный цитируемый статус в долгосрочной перспективе благодаря DOI. Все наборы данных связаны в ORCID и индексируются всеми основными поисковыми системами. Репозиторий PGP принят такими журналами данных, как GigaScience и Nature Scientific Data, в качестве рекомендуемого хранилища данных. Все опубликованные наборы данных можно просмотреть в приложении отчетов о данных PGP или получить с помощью поискового веб-приложения DataCite .
Отправка данных
[ редактировать ]Репозиторий PGP принимает материалы от европейского сообщества науки о растениях. Веб-инструмент отправки небольших наборов данных и настольный инструмент Java для отправки наборов данных гигабайтного масштаба используют ELIXIR инфраструктуру аутентификации и авторизации (AAI). Процесс проверки обеспечивает техническое качество представляемых данных.
Немецкая сеть инфраструктуры биоинформатики (de.NBI)
[ редактировать ]Репозиторий PGP является частью портфеля услуг узла German Crop BioGreenformatics Network (GCBN) Немецкой сети биоинформатической инфраструктуры .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Аренд, Дэниел; Юнкер, Астрид; Шольц, Уве; Шулер, Данута; Уайли, Джулиана; Ланге, Матиас (16 апреля 2016 г.). «Репозиторий PGP: инфраструктура публикации данных по феномике и геномике растений» . База данных . 2016 (baw033): baw033. дои : 10.1093/база данных/baw033 . ПМЦ 4834206 . ПМИД 27087305 .
- ^ Аренд, Дэниел; Кениг, Патрик; Юнкер, Астрид; Шольц, Уве; Ланге, Матиас (20 октября 2020 г.). «Локальная инфраструктура совместного использования данных e!DAL: поддержка данных FAIR для более быстрого сбора данных» . ГигаСайенс . 9 (10): giaa107. doi : 10.1093/gigascience/giaa107 . ISSN 2047-217X . ПМК 7580168 . ПМИД 33090199 .
- ^ Аренд, Дэниел; Ланге, Матиас; Чен, Джинбо; Колмси, Кристиан; Флемминг, Штеффен; Хехт, Денни; Шольц, Уве (2014). «e!DAL — платформа для хранения, обмена и публикации исследовательских данных» . БМК Биоинформатика . 15 (1): 214. дои : 10.1186/1471-2105-15-214 . ISSN 1471-2105 . ПМК 4080583 . ПМИД 24958009 .