База данных «Ориентации белков в мембранах»
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных обеспечивает пространственное расположение белков в липидном бислое. |
| Типы данных захвачен | Белковые структуры из PDB |
| Организмы | Все |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Фармацевтический колледж Мичиганского университета |
| Первичное цитирование | ПМИД 16397007 |
| Дата выпуска | 2005 |
| Доступ | |
| Формат данных | модифицированный формат PDB |
| Веб-сайт | http://opm.phar.umich.edu |
| URL-адрес загрузки | OPM-файлы |
| Инструменты | |
| Интернет | Сервер для расчета положения белков в мембранах |
| Разнообразный | |
| Лицензия | CC-BY 3.0 |
| Версия | 2.0 |
| Политика курирования | Куратор |
«Ориентации белков в мембранах » ( OPM ) База данных обеспечивает пространственные положения мембранных белковых структур относительно липидного бислоя . [1] [2] [3] [4] Положения белков рассчитываются с использованием модели неявной сольватации липидного бислоя. [5] [6] Результаты расчетов проверены на экспериментальных исследованиях пространственного расположения трансмембранных и периферических белков в мембранах. [4] [7] [8] [9] [10] [11] [12]
Структуры белков взяты из Банка данных белков . OPM также обеспечивает структурную классификацию мембран-ассоциированных белков на семейства и суперсемейства, топологию мембраны , четвертичную структуру белков в мембраносвязанном состоянии и тип мембраны -адресата для каждого белка. Файлы координат с рассчитанными границами мембраны можно скачать. Сайт позволяет визуализировать белковые структуры с граничными плоскостями мембраны через Jmol .
База данных широко использовалась в экспериментальных и теоретических исследованиях мембранассоциированных белков. [13] [14] [15] [16] [17] Однако структуры многих мембранно-ассоциированных белков не включаются в базу данных, если их пространственное расположение в мембране невозможно предсказать с помощью вычислений на основе трехмерной структуры. Это тот случай, когда все мембраноскрепляющие части белков ( амфифильные альфа-спирали , открытые неполярные остатки или липидированные аминокислотные остатки ) отсутствуют в экспериментальных структурах. [4] База данных также не включает структуры с более низким разрешением, содержащие только атомы основной цепи, предоставленные Банком данных белков . Рассчитанное пространственное расположение белковых структур с более низким разрешением в липидном бислое можно найти в других ресурсах, таких как PDBTM. [18]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ ST NetWatch: Базы данных по белкам, заархивированные 2 июня 2013 г. в Wayback Machine обзоре OPM в списке Signal Transduction NetWatch от Science.
- ^ Ломизе, Михаил А.; Ломизе, Андрей Л; Погожева Ирина Д.; Мосберг, Генри И. (2006). «OPM: база данных ориентаций белков в мембранах» (PDF) . Биоинформатика . 22 (5): 623–625. doi : 10.1093/биоинформатика/btk023 . ПМИД 16397007 .
- ^ Ломизе, Андрей Л; Погожева Ирина Д.; Ломизе, Михаил А.; Мосберг, Генри И. (2006). «Позиционирование белков в мембранах: вычислительный подход» (PDF) . Белковая наука . 15 (6): 1318–1333. дои : 10.1110/ps.062126106 . ПМК 2242528 . ПМИД 16731967 .
- ^ Jump up to: а б с Ломизе, Андрей Л; Погожева Ирина Д.; Ломизе, Михаил А.; Мосберг, Генри И. (2007). «Роль гидрофобных взаимодействий в расположении периферических белков в мембранах» (PDF) . BMC Структурная биология . 7 (44): 44. дои : 10.1186/1472-6807-7-44 . ЧВК 1934363 . ПМИД 17603894 .
- ^ Ломизе, Алабама; Погожева И.Д.; Мосберг, Гавайи (2011). «Анизотропная модель растворителя липидного бислоя. 1. Параметризация дальнодействующей электростатики и эффектов первой сольватной оболочки» . Журнал химической информации и моделирования . 51 (4): 918–929. дои : 10.1021/ci2000192 . ПМК 3089899 . ПМИД 21438609 .
- ^ Ломизе, Алабама; Погожева И.Д.; Мосберг, Гавайи (2011). «Анизотропная сольвентная модель липидного бислоя. 2. Энергетика внедрения малых молекул, пептидов и белков в мембраны» . Журнал химической информации и моделирования . 51 (4): 930–946. дои : 10.1021/ci200020k . ПМК 3091260 . ПМИД 21438606 .
- ^ Мальмберг, Натан Дж.; Фальке, Джозеф Дж. (2005). «Использование насыщения мощности ЭПР для анализа геометрии стыковки мембран периферических белков: применение к доменам C2» . Annu Rev Biophys Biomol Struct . 34 : 71–90. doi : 10.1146/annurev.biophys.34.040204.144534 . ПМЦ 3637887 . ПМИД 15869384 .
- ^ Спенсер, Эндрю Г.; Турессон, Элизабет; Отто, Джеймс С.; Сон, Инсок; Смит, Тим; ДеВитт, Дэвид Л.; Гаравито, Р. Майкл; Смит, Уильям Л. (1999). «Мембраносвязывающие домены простагландин-эндопероксид-H-синтаз 1 и 2. Пептидное картирование и мутационный анализ» . J Биол Хим . 274 (46): 32936–32942. дои : 10.1074/jbc.274.46.32936 . ПМИД 10551860 .
- ^ Латроп, Брайан; Гадд, Марта; Билтонен, Родни Л.; Правило, Гордон С. (2001). «Изменения в Ка 2+ сродство при активации фосфолипазы А Agkistrodon piscivorus piscivorus A 2 ". Биохимия . 40 (11): 3264–3272. doi : 10.1021/bi001901n . PMID 11258945 .
- ^ Кутателадзе Татьяна; Овердуин, Майкл (2001). «Структурный механизм стыковки эндосом доменом FYVE». Наука . 291 (5509): 1793–1796. Бибкод : 2001Sci...291.1793K . дои : 10.1126/science.291.5509.1793 . ПМИД 11230696 .
- ^ Татулян Сурен А.; Цинь, Шан; Панде, Абхай Х.; Он, Сяомэй (2005). «Позиционирование мембранных белков с помощью новых белковой инженерии и биофизических подходов» . Дж Мол Биол . 351 (5): 939–947. дои : 10.1016/j.jmb.2005.06.080 . ПМИД 16055150 .
- ^ Христова, Калина; Уимли, Уильям К.; Мишра, Винод К.; Анантарамия, генеральный менеджер; Сегрест, Джере П.; Уайт, Стивен Х. (2 июля 1999 г.). «Амфипатическая α-спираль на границе раздела мембран: структурное исследование с использованием нового метода дифракции рентгеновских лучей». Дж Мол Биол . 290 (1): 99–117. дои : 10.1006/jmbi.1999.2840 . ПМИД 10388560 . S2CID 5704597 .
- ^ Пак, Юнки; Хелмс, Волкхард (2007). «О выводе шкал склонности для прогнозирования обнаженных трансмембранных остатков спиральных мембранных белков» . Биоинформатика . 23 (6): 701–708. doi : 10.1093/биоинформатика/btl653 . ПМИД 17237049 .
- ^ Марш, Дерек; Йост, Миша; Педжион, Кристина; Тониоло, Клаудио (2007). «Спиновые метки TOAC в основной цепи аламетицина: исследования ЭПР в липидных мембранах» . Биофиз. Дж. 92 (2): 473–481. Бибкод : 2007BpJ....92..473M . дои : 10.1529/biophysj.106.092775 . ПМЦ 1751395 . ПМИД 17056731 .
- ^ Пунта, Марко; Форрест, Люси Р.; Бигелоу, Генри; Керницкий, Андрей; Лю, Цзиньфэн; Рост, Буркхард (2007). «Методы прогнозирования мембранных белков» . Методы . 41 (4): 460–474. дои : 10.1016/j.ymeth.2006.07.026 . ЧВК 1934899 . ПМИД 17367718 .
- ^ Черезов, В; Ямасита, Э; Лю, В; Жалнина М; Крамер, Вашингтон; Кэффри, М. (8 декабря 2006 г.). « В мезоструктуре транспортера кобаламина, BtuB, с разрешением 1,95 Ангстрем» . Дж. Мол. Биол. 364 (4): 716–734. дои : 10.1016/j.jmb.2006.09.022 . ПМК 1808586 . ПМИД 17028020 .
- ^ Пали, Тибор; Баштовый, Денис; Марш, Дерек (2006). «Стехиометрия взаимодействий липидов с трансмембранными белками - выведено из трехмерных структур» . Белковая наука. 15 (5): 1153–1161. дои : 10.1110/ps.052021406 . ПМК 2242517 . ПМИД 16641489 .
- ^ «PDBTM: Банк данных трансмембранных белков» . Архивировано из оригинала 25 декабря 2013 г. Проверено 20 июня 2007 г.