Список баз данных длинных некодирующих РНК
Это список баз данных длинных некодирующих РНК , которые предоставляют информацию о днРНК . [1] [2]
Базы данных длинных некодирующих РНК
[ редактировать ]| Имя | Описание | Ссылки |
|---|---|---|
| глубокая база | Идентификация, экспрессия, эволюция и функции длинных некодирующих РНК (LncRNA), малых РНК и кольцевых РНК на основе данных глубокого секвенирования | [3] |
| LNCipedia | Полный сборник человека . длинных некодирующих РНК | [4] [5] |
| lncRNAdb | Справочная база данных функциональных длинных некодирующих РНК. | [6] |
| LncRNAWiki | Платформа с открытым контентом и общедоступным редактированием на базе вики, позволяющая сообществу курировать длинные некодирующие РНК человека (днРНК). | [7] |
| LncBook | Комплексная коллекция из 270 044 днРНК человека и систематическая обработка аннотаций днРНК путем интеграции мультиомных данных, функциональной аннотации и ассоциации заболеваний. | [8] |
| МОНОКЛдб | База данных MOuse NOnCode Lung содержит аннотации и профили экспрессии длинных некодирующих РНК мышей (днРНК), участвующих в инфекциях гриппа и SARS-CoV . | [9] |
| НЕКОДОВЫЙ | Интегрированная база данных знаний, посвященная нкРНК, особенно днРНК. | [10] |
| lncRNome | Комплексная биологически ориентированная база знаний с возможностью поиска по длинным некодирующим РНК человека. | |
| НРЕД | База данных экспрессии длинных некодирующих РНК. | [11] |
| C-It-Loci | Инструмент для изучения и сравнения профилей экспрессии консервативных локусов в различных тканях трех организмов. | |
| МиТранскриптом | Каталог длинных полиаденилированных РНК-транскриптов человека, полученных в результате компьютерного анализа высокопроизводительных данных RNA -Seq из более чем 6500 образцов, охватывающих различные рака и тканей типы . | [13] |
| slcky Evolution Браузер | Этот сайт содержит выравнивания и эволюционные метрики консервативных днРНК. | [14] |
| Перепись LncRNA рака (CLC) | База данных длинных некодирующих РНК, причинно связанных с раком, согласно данным in vivo , in vitro и другим доказательствам. | [15] |
| BIGТранскриптом | Высокая достоверность кодирующих и некодирующих транскриптомов, собранных с использованием сотен наборов данных секвенирования псевдоцепей и цепей РНК. | [16] |
| lncRNAKB | База знаний о тканеспецифичных функциональных аннотациях и ассоциациях признаков длинных некодирующих РНК. | [17] |
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Ринн, Дж.Л.; Чанг, Хай (2012). «Регуляция генома длинными некодирующими РНК» . Ежегодный обзор биохимии . 81 : 145–166. doi : 10.1146/annurev-biochem-051410-092902 . ПМЦ 3858397 . ПМИД 22663078 .
- ^ Мартин, Л.; Чанг, Хай (2012). «Раскрытие роли геномной «темной материи» в заболеваниях человека» . Журнал клинических исследований . 122 (5): 1589–1595. дои : 10.1172/JCI60020 . ПМЦ 3336981 . ПМИД 22546862 .
- ^ Чжэн, LL; Ли, Дж. Х.; Ву, Дж; Сан, Вашингтон; Лю, С; Ван, ЗЛ; Чжоу, Х; Ян, Дж. Х.; Цюй, Л.Х. (4 января 2016 г.). «deepBase v2.0: идентификация, экспрессия, эволюция и функции малых РНК, LncRNA и кольцевых РНК на основе данных глубокого секвенирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д196–202. дои : 10.1093/nar/gkv1273 . ПМК 4702900 . ПМИД 26590255 .
- ^ Волдерс, П.-Дж.; Хелсенс, К.; Ван, X.; Ментен, Б.; Мартенс, Л.; Геварт, К.; Вандесомпель, Дж.; Местдах, П. (2012). «LNCipedia: база данных аннотированных последовательностей и структур транскриптов днРНК человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D246–D251. дои : 10.1093/nar/gks915 . ПМК 3531107 . ПМИД 23042674 .
- ^ Волдерс, П.Дж.; Верхегген, К; Меншерт, Г; Вандеполе, К; Мартенс, Л; Вандесомпель, Дж; Местдах, П. (2015). «Обновление LNCipedia: база данных аннотированных последовательностей lncRNA человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D174–180. дои : 10.1093/nar/gku1060 . ПМЦ 4383901 . ПМИД 25378313 .
- ^ Амарал, ПП; Кларк, МБ; Гаскойн, Дания; Динджер, Мэн; Маттик, Дж. С. (2010). «LncRNAdb: Справочная база данных длинных некодирующих РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D146–D151. дои : 10.1093/нар/gkq1138 . ПМК 3013714 . ПМИД 21112873 .
- ^ Ма, Лина; Ли, Анг; Цзоу, Донг; Сюй, Синцзянь; Ся, Линь; Ю, Джун; Баич, Владимир Б.; Чжан, Чжан (2015). «LncRNAWiki: использование знаний сообщества для совместного лечения длинных некодирующих РНК человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D187–D92. дои : 10.1093/nar/gku1167 . ПМК 4383965 . ПМИД 25399417 .
- ^ Ма, Лина; Цао, Цзябао; Лю, Лин; Ду, Цян; Ли, Чжао; Цзоу, Донг; Баич, Владимир Б.; Чжан, Чжан (2019). «LncBook: тщательно подобранная база знаний о длинных некодирующих РНК человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Проблема с базой данных): D128–D134. дои : 10.1093/nar/gky960 . ПМК 6323930 . ПМИД 30329098 .
- ^ Жоссет Л., Чичек Н., Гралински Л.Е., Феррис М.Т., Эйсфельд А.Дж., Грин Р.Р.; и др. (2014). «Аннотация длинных некодирующих РНК, экспрессируемых у мышей, сотрудничающих с перекрестными основателями, в ответ на инфекцию респираторного вируса, открывает новый класс стимулируемых интерфероном транскриптов» . РНК Биол . 11 (7): 875–90. дои : 10.4161/rna.29442 . ПМК 4179962 . ПМИД 24922324 .
{{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) - ^ Бу, Д.; Ю, К.; Солнце, С.; Се, К.; Скогербё, Г.; Мяо, Р.; Сяо, Х.; Ляо, К.; Луо, Х.; Чжао, Г.; Чжао, Х.; Лю, З.; Лю, К.; Чен, Р.; Чжао, Ю. (2011). «NONCODE v3.0: Интегративная аннотация длинных некодирующих РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D210–D215. дои : 10.1093/nar/gkr1175 . ПМК 3245065 . ПМИД 22135294 .
- ^ Динджер, Мэн; Панг, К.К.; Мерсер, ТР; Кроу, ML; Гриммонд, С.М.; Мэттик, Дж. С. (2009). «NRED: база данных экспрессии длинных некодирующих РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D122–D126. дои : 10.1093/нар/gkn617 . ПМК 2686506 . ПМИД 18829717 .
- ^ Вейрик, Т.; Дэвид, Дж.; Стефани, Д.; Учида, С. (2015). «C-It-Loci: база данных знаний о локусах, обогащенных тканями» . Биоинформатика . 31 (21): 3537–3543. doi : 10.1093/биоинформатика/btv410 . ПМИД 26163692 .
- ^ Айер, Мэтью К.; Никнафс, Яшар С.; Малик, Рохит; Сингхал, Удит; Саху, Анирбан; Хосоно, Ясуюки; Барретт, Терренс Р.; Пренснер, Джон Р.; Эванс, Джозеф Р. (март 2015 г.). «Ландшафт длинных некодирующих РНК в транскриптоме человека» . Природная генетика . 47 (3): 199–208. дои : 10.1038/ng.3192 . ISSN 1546-1718 . ПМЦ 4417758 . ПМИД 25599403 .
- ^ Чен, Дженни; Шишкин, Александр А.; Чжу, Сяопэн; Кадри, Сабах; Маза, Италия; Гуттман, Митчелл; Ханна, Джейкоб Х.; Регев, Авив; Гарбер, Мануэль (2 февраля 2016 г.). «Эволюционный анализ млекопитающих выявил отдельные классы длинных некодирующих РНК» . Геномная биология . 17:19 . дои : 10.1186/s13059-016-0880-9 . ISSN 1474-760X . ПМЦ 4739325 . ПМИД 26838501 .
- ^ Карлеваро-Фита, Джоанна; Спирс, Эндрю; Фейербах, Ларс; Хун, Чен; Мас-Бридж, Дэвид; Скоу Педерсен, Джейкоб; Джонсон, Рори (2020). «Перепись раковых LncRNA обнаруживает доказательства глубокой функциональной консервативности длинных некодирующих РНК в онкогенезе» . Коммуникационная биология . 3 (1):56.doi : 10.1038 /s42003-019-0741-7 . ПМЦ 7002399 . ПМИД 32024996 .
- ^ Ты, Бо-Хён; Юн, Сан-Хо; Нам, Джин-Ву (01.06.2017). «Карты кодирующего и некодирующего транскриптома высокой достоверности» . Геномные исследования . 27 (6): 1050–1062. дои : 10.1101/гр.214288.116 . ISSN 1088-9051 . ПМЦ 5453319 . ПМИД 28396519 .
- ^ Сейфуддин, Фаяз; Сингх, Комуди; Суреш, Абхилаш; Джуди, Дженнифер Т.; Чен, Юнь-Цзин; Чайтанкар, Виджендер; Тунк, Илькер; Руан, Сянбо; Пинг, Ли; Чен, И; Цао, Хайминг; Ли, Ричард С.; Идет, Фернандо С.; Занди, Питер П.; Джафри, М. Салит; Пирозня, Мехди (05.10.2020). «lncRNAKB, база знаний тканеспецифичных функциональных аннотаций и ассоциаций признаков длинных некодирующих РНК» . Научные данные . 7 (1) 326: 326. Бибкод : 2020НатСД...7..326С . дои : 10.1038/s41597-020-00659-z . ПМЦ 7536183 . ПМИД 33020484 .