Репрезентативный анализ различий

Анализ репрезентативных различий ( RDA ) — это метод, используемый в биологических исследованиях для поиска различий в последовательностях в двух генома или кДНК образцах . Геномы или последовательности кДНК из двух образцов (т.е. образца рака и нормального образца) амплифицируются с помощью ПЦР , а различия анализируются с использованием субтрактивной гибридизации ДНК . Эта технология получила дальнейшее развитие за счет разработки репрезентативного микроматричного анализа олигонуклеотидов (ROMA) , который использует технологию массивов для выполнения такого анализа. Этот метод также можно адаптировать для обнаружения различий в метилировании ДНК, как это видно при анализе репрезентативных различий, чувствительном к метилированию (MS-RDA) . ^{[ 1 ]}

Теория

Этот метод основан на ПЦР для дифференциальной амплификации негомологичных участков ДНК между расщепленными фрагментами двух почти идентичных видов ДНК, которые называются «драйверной» и «тестовой» ДНК. Обычно тестирующая ДНК содержит интересующую последовательность, негомологичную драйверной ДНК. Когда эти два вида смешиваются, последовательность драйверов добавляется в избытке к тестеру. Во время ПЦР двухцепочечные фрагменты сначала денатурируют при ~ 95 ° C, а затем повторно отжигаются при воздействии температуры отжига. Поскольку последовательности драйвера и тестера практически идентичны, избыток фрагментов ДНК драйвера будет отжигаться с гомологичными фрагментами ДНК вида-тестера. Это блокирует ПЦР-амплификацию и не приводит к увеличению количества гомологичных фрагментов. Однако фрагменты, которые различаются между двумя видами, не будут отжигаться с комплементарным аналогом и будут амплифицированы с помощью ПЦР. По мере выполнения большего количества циклов RDA пул уникальных копий фрагментов последовательностей будет расти быстрее, чем фрагменты, обнаруженные у обоих видов.

Ссылки

^ «Анализ чувствительных к метилированию репрезентативных различий (MS-RDA) <Отдел канцерогенеза <Научно-исследовательский институт Национального онкологического центра» . Архивировано из оригинала 20 августа 2003 года.

Лисицын Н., Лисицын Н., Виглер М. (1993), Клонирование различий между двумя сложными геномами. Наука , 259 , 946-951.

Внешние ссылки

Обзор на сайте fullerton.edu

[1] «Анализ чувствительных к метилированию репрезентативных различий (MS-RDA) <Отдел канцерогенеза <Научно-исследовательский институт Национального онкологического центра» . Архивировано из оригинала 20 августа 2003 года.

[ 1 ]