Дискретная оптимизированная энергия белка

DOPE или Дискретная Оптимизированная Белка Энергия , , ^{[ 1 ]} представляет собой статистический потенциал , используемый для оценки моделей гомологии при предсказании структуры белка . ДОФЭ основан на улучшенном эталонном состоянии, соответствующем невзаимодействующим атомам в однородной сфере с радиусом, зависящим от собственной структуры образца; таким образом, это объясняет конечную и сферическую форму естественных структур. Он реализован в популярной программе моделирования гомологии MODELLER и используется для оценки энергии модели белка, созданной в результате многих итераций MODELLER, который создает модели гомологии путем удовлетворения пространственных ограничений. Модели, возвращающие минимальные значения molpdf, могут быть выбраны как наиболее вероятные структуры и в дальнейшем использоваться для оценки с помощью показателя DOPE. Как и текущая версия программного обеспечения MODELLER, DOPE реализован на Python и запускается в среде MODELLER. Метод DOPE обычно используется для оценки качества модели конструкции в целом. Альтернативно, DOPE может также генерировать энергетический профиль каждого остатка для входной модели, что позволяет пользователю обнаружить проблемную область в модели структуры.