Карта плотности различий
В рентгеновской кристаллографии карта разностной плотности или карта Fo – Fc показывает пространственное распределение разницы между измеренной электронной плотностью кристалла и электронной плотностью, объясненной текущей моделью. [1]
Способ расчета этой карты был сформулирован для cyro-EM. [2]
Отображать
[ редактировать ]Обычно они отображаются как изоповерхности с положительной плотностью (электронная плотность, при которой в модели ничего нет, обычно соответствующей некоторой составляющей кристалла, которая не была смоделирована, например, лиганду или адъютанту кристаллизации ), зеленым и отрицательным. плотность — части модели, не подкрепленные электронной плотностью, указывающие либо на то, что атом был разупорядочен в результате радиационного повреждения , либо на то, что он смоделирован не в том месте — выделены красным. Типичное контурирование (порог отображения) установлено на уровне 3σ. [3]
Расчет
[ редактировать ]Карты плотности разностей обычно рассчитываются с использованием коэффициентов Фурье, которые представляют собой разности между наблюдаемыми амплитудами структурных факторов из эксперимента по дифракции рентгеновских лучей и рассчитанными амплитудами структурных факторов из текущей модели, с использованием фазы из модели для обоих членов (поскольку фазы отсутствуют доступны для наблюдаемых данных). Два набора структурных факторов должны находиться в одном масштабе.
Теперь стало нормальным также включать условия взвешивания максимального правдоподобия, которые учитывают оцененные ошибки в текущей модели:
где m — показатель качества , который представляет собой оценку косинуса ошибки фазы, а D — масштабный коэффициент «σ A ». Эти коэффициенты выводятся из градиента функции правдоподобия наблюдаемых структурных факторов на основе текущей модели. Карта разностей, построенная с помощью m и D, известна как карта mFo – DFc. [3]
Использование взвешивания ML уменьшает смещение модели (из-за использования фазы модели) на карте 2 Fo – Fc, которая является основной оценкой истинной плотности. Однако это не полностью устраняет такую предвзятость. [4]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Банк, Данные о белках RCSB. «RCSB PDB: Рентгеновские карты электронной плотности» . www.rcsb.org . Проверено 08 января 2021 г.
- ^ Ямасита, Кейтаро; Палмер, Колин М.; Бернли, Том; Муршудов, Гариб Н. (1 октября 2021 г.). «Уточнение одночастичной структуры Cryo-EM и расчет карты с использованием Servalcat» . Acta Crystallographica Раздел D Структурная биология . 77 (10): 1282–1291. Бибкод : 2021AcCrD..77.1282Y . дои : 10.1107/S2059798321009475 . ПМЦ 8489229 . ПМИД 34605431 .
- ^ Jump up to: а б Лэмб, Алабама; Каппок, Ти Джей; Сильваджи, Северная Каролина (апрель 2015 г.). «Вы потерялись без карты: путешествуя по морю белковых структур» . Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Белки и протеомика . 1854 (4): 258–68. дои : 10.1016/j.bbapap.2014.12.021 . ПМК 5051661 . ПМИД 25554228 .
- ^ Тервиллигер, ТК; Гросс-Кунстлеве, RW; Афонин, П.В.; Мориарти, Северо-Запад; Адамс, PD; Читай, Р.Дж.; Зварт, PH; Хунг, LW (май 2008 г.). «Карты OMIT с итеративным построением: улучшение карты за счет итеративного построения и уточнения модели без предвзятости модели» . Акта Кристаллографика. Раздел D. Биологическая кристаллография . 64 (Часть 5): 515–24. Бибкод : 2008AcCrD..64..515T . дои : 10.1107/S0907444908004319 . ПМЦ 2424225 . ПМИД 18453687 .