ЭМАЖ
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Атлас экспрессии генов электронной мыши |
| Организмы | мышь |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Отделение генетики человека MRC |
| Первичное цитирование | ПМИД 19767607 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | emouseatlas |
| Разнообразный | |
| Лицензия | Лицензия Creative Commons с указанием авторства 3.0 |
EMAG (электронный атлас экспрессии генов мышей) [ примечание 1 ] ) представляет собой онлайн- биологическую базу данных данных об экспрессии генов в развивающемся эмбрионе мыши ( Mus musculus ). [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] Данные, хранящиеся в EMAGE, пространственно аннотированы в рамках трехмерных моделей эмбрионов мышей, созданных EMAP (проект e-Mouse Atlas Project). Эти пространственные аннотации позволяют пользователям запрашивать EMAGE по пространственной структуре, а также по имени гена, анатомическому термину или термину генной онтологии (GO) . EMAGE — это свободно доступный веб-ресурс, финансируемый Советом медицинских исследований (Великобритания) и базирующийся в Отделении генетики человека MRC Института генетики и молекулярной медицины, Эдинбург, Великобритания.
Содержание
[ редактировать ]EMAGE содержит in situ данные гибридизации , иммуногистохимии и репортерных данных in situ (например, нокаин-ин и генная ловушка ). Он включает в себя целиком данные , данные срезов 3D OPT ( оптической проекционной томографии и полные данные ). Паттерны экспрессии генов наносятся на стандартные модели командой биокураторов с использованием специального картографического программного обеспечения. В дополнение к пространственным аннотациям данные EMAGE также содержат текстовые аннотации, обеспечивающие текстовое описание шаблонов выражений. Эта текстовая аннотация выполнена в сотрудничестве с базой данных экспрессии генов MGI (GXD) с использованием онтологии анатомии мыши EMAP.
Данные EMAGE поступают в основном из рецензируемых, опубликованных журнальных статей и с больших экранов, а также из прямых материалов, полученных от исследователей, работающих в этой области. Для включения в EMAGE данные не обязательно публиковать, однако EMAGE — это курируемая база данных. Биокураторы проверяют точность метаданных, включенных в записи базы данных, а также выполняют пространственные аннотации данных.
Записи EMAGE разработаны в соответствии со спецификацией минимальной информации для экспериментов по гибридизации и иммуногистохимии in situ (MISFISHIE). [ 4 ] спецификации и, как таковые, содержат информацию о публикации отправителя/автора, реагенте для обнаружения, подготовке образцов для анализа и экспериментальных процедурах, а также исходные изображения данных, а также пространственные и текстовые аннотации. Записи EMAGE также содержат ссылки на различные связанные ресурсы, основанные либо на анализируемом гене, либо на самом анализе.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Ричардсон Л., Венкатараман С., Стивенсон П. и др. (январь 2010 г.). «База данных пространственной экспрессии генов эмбрионов мышей EMAGE: обновление 2010 г.» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D703–9. дои : 10.1093/nar/gkp763 . ПМК 2808994 . ПМИД 19767607 .
- ^ Венкатараман С., Стивенсон П., Ян Ю. и др. (январь 2008 г.). «EMAGE — Эдинбургский атлас экспрессии генов мышей: обновление 2008 г.» . Нуклеиновые кислоты Рез . 36 (Проблема с базой данных): D860–5. дои : 10.1093/нар/gkm938 . ПМЦ 2238921 . ПМИД 18077470 .
- ^ Кристиансен Дж. Х., Ян Ю., Венкатараман С. и др. (январь 2006 г.). «EMAG: пространственная база данных закономерностей экспрессии генов во время развития эмбриона мыши» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (Проблема с базой данных): D637–41. дои : 10.1093/nar/gkj006 . ПМЦ 1347369 . ПМИД 16381949 .
- ^ Немецкая РЭБ; и др. (март 2008 г.). «Минимальная информационная спецификация для экспериментов по гибридизации и иммуногистохимии in situ (MISFISHIE)» . Природная биотехнология . 26 (3): 305–312. дои : 10.1038/nbt1391 . ПМК 4367930 . ПМИД 18327244 .
- Примечания
- ^ Исторически сложилось так, что EMAGE было аббревиатурой от Эдинбургского атласа экспрессии генов мышей.