Консорциум структурной геномики туберкулеза

Консорциум структурной геномики туберкулеза (TBSGC) — это всемирный консорциум ученых, разрабатывающий основы диагностики и лечения туберкулеза путем определения трехмерных структур белков M. Tuberculosis, основанный в 2000 году в рамках Инициативы по структурированию белков . ^[1]^[2] Консорциум стремится расшифровать структуры белков, которые представляют большой интерес для биологического сообщества, занимающегося туберкулезом. ^[3] Основная цель консорциума – обеспечить предполагаемую функцию для каждой ORF в геноме туберкулеза .

Деятельность

По состоянию на июнь 2006 г. определены 82 структуры белков туберкулеза, из них 15 с 1 января 2006 г. База данных связанной структурной и функциональной информации, созданная с использованием этой информации, может сформировать прочную основу для понимания патогенеза M. Tuberculosis и структурных данных. на основе дизайна лекарств. ^{[ нужна ссылка ]}

По состоянию на июнь 2006 года Консорциум структурной геномики туберкулеза состоит из 430 активных членов в 148 лабораториях из 83 учреждений в 15 странах. ^[3] Лаборатории консорциума несут коллективную ответственность за 3,3% всех белковых структур в банке данных о белках и имеют обширные записи о разработке методов. Члены консорциума реализовали пилотный проект по структурной геномике гипертермофила , который выявил узкие места в процессе определения структуры и привел к разработке методологий высокопроизводительного определения и анализа структуры. Консорциум имеет пять основных объектов (расположенных в Ливерморской национальной лаборатории Лоуренса , Национальной лаборатории Лос-Аламоса , Национальной лаборатории Лоуренса Беркли , Калифорнийском университете в Лос-Анджелесе и Техасском университете A&M ), которые выполняют все большую часть рутинных задач, таких как производство белка, кристаллизация. и сбор рентгеновских данных. Члены консорциума повышают свою производительность, отправляя материалы на эти объекты, получая результирующую продукцию или данные и сообщая об этой деятельности в базу данных. Это помогает свести к минимуму избыточное преследование целей. Эта структурная и функциональная информация является общедоступной. ^{[ нужна ссылка ]}

Пять основных объектов, доступных членам консорциума, предоставляют услуги по клонированию, экспрессии и очистке белков, а также кристаллизации и последующей дифракции и анализу данных кристаллов белков. ^[4] Кроме того, была разработана база данных для регистрации всей деятельности, осуществляемой в рамках консорциума. Эта база данных также отслеживает перемещение материалов между участниками и позволяет записывать с точностью до минуты статус, доступный всем остальным участникам. ^{[ нужна ссылка ]}

Ссылки

^ Грабовский, Марек; Недзялковска, Ева; Циммерман, Мэтью Д.; Минор, Владек (01 марта 2016 г.). «Влияние структурной геномики: первое пятидесятилетие» . Журнал структурной и функциональной геномики . 17 (1): 1–16. дои : 10.1007/s10969-016-9201-5 . ISSN 1570-0267 . ПМЦ 4834271 . ПМИД 26935210 .
^ Тервиллигер, Т.К.; Парк, М.С.; Уолдо, Г.С.; Берендзен, Дж; Хунг, Л.-В; Ким, К.-Ю; Смит, CV; Сакчеттини, Дж. К.; Беллинцони, М; Босси, Р; Де Росси, Э. (1 августа 2003 г.). «Консорциум структурной геномики туберкулеза: ресурс по биологии микобактерий туберкулеза» . Туберкулез . 83 (4): 223–249. дои : 10.1016/S1472-9792(03)00051-9 . ISSN 1472-9792 . ПМИД 12906835 .
↑ Перейти обратно: Перейти обратно: ^а ^б Чим, Николас; Хабель, Джефф Э.; Джонстон, Джоди М.; Кригер, Инна; Миаллау, Линда; Шанкаранараянан, Рамасами; Морс, Роберт П.; Брюнинг, Джон; Суонсон, Стефани; Ким, Хэли; Ким, Чанг-Юб (март 2011 г.). «Консорциум структурной геномики туберкулеза: десятилетие прогресса» . Туберкулез (Эдинбург, Шотландия) . 91 (2): 155–172. дои : 10.1016/j.tube.2010.11.009 . ISSN 1873-281X . ПМК 3310434 . ПМИД 21247804 .
^ Рупп, Б.; Сегелке, Б.В.; Крупка, HI; Лекин Т.; Шефер, Дж.; Земля, А.; Топпани, Д.; Снелл, Г.; Эрнест, Т. (26 сентября 2002 г.). «Установка кристаллизации консорциума структурной геномики туберкулеза: к автоматизации от белка к электронной плотности» . Acta Crystallographica Раздел D: Биологическая кристаллография . 58 (10): 1514–1518. Бибкод : 2002AcCrD..58.1514R . дои : 10.1107/s0907444902014282 . ПМИД 12351851 . Проверено 5 марта 2022 г.

Внешние ссылки

Домашняя страница. Архивировано 2 марта 2017 г. на Wayback Machine.

[1] Грабовский, Марек; Недзялковска, Ева; Циммерман, Мэтью Д.; Минор, Владек (01 марта 2016 г.). «Влияние структурной геномики: первое пятидесятилетие» . Журнал структурной и функциональной геномики . 17 (1): 1–16. дои : 10.1007/s10969-016-9201-5 . ISSN 1570-0267 . ПМЦ 4834271 . ПМИД 26935210 .

[2] Тервиллигер, Т.К.; Парк, М.С.; Уолдо, Г.С.; Берендзен, Дж; Хунг, Л.-В; Ким, К.-Ю; Смит, CV; Сакчеттини, Дж. К.; Беллинцони, М; Босси, Р; Де Росси, Э. (1 августа 2003 г.). «Консорциум структурной геномики туберкулеза: ресурс по биологии микобактерий туберкулеза» . Туберкулез . 83 (4): 223–249. дои : 10.1016/S1472-9792(03)00051-9 . ISSN 1472-9792 . ПМИД 12906835 .

[:0-3] Перейти обратно: Перейти обратно: ^а ^б Чим, Николас; Хабель, Джефф Э.; Джонстон, Джоди М.; Кригер, Инна; Миаллау, Линда; Шанкаранараянан, Рамасами; Морс, Роберт П.; Брюнинг, Джон; Суонсон, Стефани; Ким, Хэли; Ким, Чанг-Юб (март 2011 г.). «Консорциум структурной геномики туберкулеза: десятилетие прогресса» . Туберкулез (Эдинбург, Шотландия) . 91 (2): 155–172. дои : 10.1016/j.tube.2010.11.009 . ISSN 1873-281X . ПМК 3310434 . ПМИД 21247804 .

[4] Рупп, Б.; Сегелке, Б.В.; Крупка, HI; Лекин Т.; Шефер, Дж.; Земля, А.; Топпани, Д.; Снелл, Г.; Эрнест, Т. (26 сентября 2002 г.). «Установка кристаллизации консорциума структурной геномики туберкулеза: к автоматизации от белка к электронной плотности» . Acta Crystallographica Раздел D: Биологическая кристаллография . 58 (10): 1514–1518. Бибкод : 2002AcCrD..58.1514R . дои : 10.1107/s0907444902014282 . ПМИД 12351851 . Проверено 5 марта 2022 г.

[1]

[2]

[3]

[4]