✖


Jump to content

База данных протеомных идентификаций

PRIDE (база данных PROteomics IDEntifications) представляет собой общедоступное хранилище данных протеомики на основе масс-спектрометрии (МС) и поддерживается Европейским институтом биоинформатики в составе группы протеомики. [1]

Первоначально разработанный Леннартом Мартенсом в 2003 году во время пребывания в Европейском институте биоинформатики в качестве стипендиата Марии Кюри Европейской комиссии в программе «Качество жизни» (номер контракта: QLRI-1999-50595), PRIDE был создан как производственная служба. в 2005 году. [2] Оригинальный документ заявки на грант от июня 2013 года для начала строительства PRIDE был опубликован в обзорной статье. [3] [4] Было создано несколько подобных баз данных по протеомике, в том числе GPMDB, PeptideAtlas , Proteinpedia и NCBI Peptidome. [1]

База данных PRIDE представляет собой структурированное хранилище данных и хранит исходные экспериментальные данные исследователей без редакционного контроля над представленными данными.

В общей сложности PRIDE содержит данные примерно по 60 видам, большая часть которых получена из образцов человека (включая данные двух проектов человеческих протеомов). [5] [6] ), за которым следуют плодовая мушка Drosophila melanogaster и мышь. [1]

Форматы и процесс подачи

[ редактировать ]

Поскольку подробные данные по протеомике в настоящее время невозможно получить из существующей литературы, источником данных PRIDE являются исключительно материалы академических исследователей.

PRIDE — это общедоступный репозиторий, соответствующий стандартам. Это означает, что его собственный XML формат обмена данными для отправки данных на основе Инициативы по стандартизации протеомики , PRIDE XML, был построен на основе стандарта mzData для масс-спектрометрии . Недавно PRIDE был адаптирован для работы с современным mzML. [7] и мзидентмл [8] стандарты Инициативы по стандартам протеомики . [9] Дополнительный формат, получивший название mzTab, можно использовать как упрощенный способ подачи количественных данных протеомики. [10]

Поскольку в настоящее время на рынке представлено множество типов различных инструментов масс-спектрометрии и форматов программного обеспечения, у ученых влажных лабораторий, не имеющих сильного опыта в области биоинформатики или поддержки информатики, возникали проблемы с преобразованием своих данных в PRIDE XML. Разработка PRIDE Converter помогла решить эту ситуацию. [11] PRIDE Converter — это инструмент, написанный на языке программирования Java , который преобразует 15 различных форматов входных масс-спектрометрических данных в PRIDE XML с помощью графического пользовательского интерфейса, напоминающего мастер. Он находится в свободном доступе и имеет открытый исходный код под разрешающей лицензией Apache . Новая версия PRIDE Converter была выпущена в 2012 году под названием PRIDE Converter 2. [12] Эта новая версия представляла собой полную переработку, ориентированную на легкую адаптацию к различным (и развивающимся) источникам данных.

Просмотр, поиск и анализ данных PRIDE

[ редактировать ]

В настоящее время данные можно запрашивать из PRIDE через веб-интерфейс PRIDE, через автономный Java-клиент PRIDE Inspector, [13] или напрямую связан с несколькими поисковыми системами через PeptideShaker. [14] Более того, новый RESTful API обеспечивает удобный программный доступ к архиву PRIDE. [15]

Широкое использование контролируемых словарей (CV) и онтологий для гибкого, но контекстно-зависимого аннотирования данных, а также возможность выполнять интеллектуальные запросы с помощью этих аннотаций являются ключевыми особенностями PRIDE. [16]

Участие в ProteomeXchange

[ редактировать ]

Консорциум ProteomeXchange был создан для обеспечения скоординированной подачи данных протеомики MS в основные существующие репозитории протеомики, а также для поощрения оптимального распространения данных. [17] Консорциум содержит несколько баз данных участников, включая PRIDE и PeptideAtlas . Самая ранняя концепция ProteomeXchange возникла на конференции HUPO 2005 в Мюнхене. [18] где основные репозитории протеомных данных на тот момент в принципе согласились обмениваться своими данными и, таким образом, предоставить пользователю возможность найти общедоступные данные по протеомике в любой из участвующих баз данных. Из-за быстрого развития этой области и необходимости сначала разработать подходящие стандарты для обмена данными, с момента этой встречи потребовалось почти десять лет, чтобы фактически внедрить эту систему. Эти усилия были профинансированы за счет гранта на координационное действие «ProteomeXchange» Седьмая рамочная программа Европейской комиссии. [19]

Восстановление данных после прекращения использования Peptidome

[ редактировать ]

База данных NCBI Peptidome была прекращена в 2011 году, однако совместные усилия команд PRIDE и Peptidome привели к передаче всех данных Peptidome в PRIDE. [20] [21] [22]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б с Вискайно, JA; Коте, Р; Райзингер, Ф; Барснес, Х; Фостер, Дж. М.; Рамседер, Дж; Хермякоб, Х; Мартенс, Л. (2010). «База данных протеомной идентификации: обновление 2010 г.» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (База данных): D736–42. дои : 10.1093/нар/gkp964 . ПМК   2808904 . ПМИД   19906717 .
  2. ^ Мартенс, Л; Хермякоб, Х; Джонс, П; Адамски, М; Тейлор, К; Штаты, Д; Геверт, К; Вандекерхове, Дж; Апвейлер, Р. (август 2005 г.). «ПРАЙД: База данных идентификаторов PROteomics» . Протеомика . 5 (13): 3537–45. дои : 10.1002/pmic.200401303 . ПМИД   16041671 . S2CID   28998489 .
  3. ^ «Заявка на обучение в Учебном центре Марии Кюри EMBL-EBI ЕС» (PDF) .
  4. ^ Мартенс, Леннарт (март 2016 г.). «Общественные данные по протеомике: как эта область эволюционировала от скептических исследований к перспективам протеомики in silico» . Открытая протеомика EuPA . 11 : 42–44. дои : 10.1016/j.euprot.2016.02.005 . ПМЦ   5988554 . ПМИД   29900110 .
  5. ^ Вильгельм, М; Шлегль, Дж; Хане, Х; Могаддас Голами, А; Либеренц, М; Савицкий, ММ; Зиглер, Э; Буцманн, Л; Гессулат, С; Маркс, Х; Мэтисон, Т; Лемер, С; Шнатбаум, К; Реймер, Ю; Веншу, Х; Молленхауэр, М; Слотта-Успенина, Дж; Боезе, Дж. Х.; Банщефф, М; Герстмайр, А; Фаербер, Ф; Кустер, Б. (29 мая 2014 г.). «Проект протеома человека на основе масс-спектрометрии». Природа . 509 (7502): 582–7. Бибкод : 2014Natur.509..582W . дои : 10.1038/nature13319 . ПМИД   24870543 . S2CID   4467721 .
  6. ^ Ким, MS; Пинто, С.М.; Гетнетт, Д; Нируджоги, РС; Манда, СС; Черкадий, Р; Мадугунду, АК; Келкар, Д.С.; Иссерлин, Р; Джайн, С; Томас, Дж. К.; Мутусами, Б; Леаль-Рохас, П; Кумар, П; Сахасрабудде, Северная Каролина; Балакришнан, Л; Адвани, Дж; Джордж, Б; Ренузе, С; Сельван, Л.Д.; Патил, А.Х.; Нанджаппа, В.; Радхакришнан, А; Прасад, С; Суббанная, Т; Раджу, Р; Кумар, М; Шринивасамурти, Словакия; Маримуту, А; Сате, Дж.Дж.; Чаван, С; Датта, К.К.; Суббанная, Ю; Саху, А; Еламанчи, Южная Дакота; Джаярам, ​​С; Раджагопалан, П; Шарма, Дж; Мурти, КР; Сайед, Н; Гоэл, Р; Хан, А.А.; Ахмад, С; Дей, Дж; Мудгал, К; Чаттерджи, А; Хуанг, TC; Чжун, Дж; Ву, Х; Шоу, П.Г.; Фрид, Д; Захари, М.С.; Мукерджи, КК; Шанкар, С; Махадеван, А; Лам, Х; Митчелл, CJ; Шанкар, СК; Сатишчандра, П; Шредер, Дж. Т.; Сирдешмух, Р; Майтра, А; Лич, SD; Дрейк, CG; Галушка, МК; Прасад, Т.С.; Хрубан, Р.Х.; Керр, CL; Бадер, Грузия; Якобузио-Донахью, Калифорния; Гауда, Х; Панди, А. (29 мая 2014 г.). «Проект карты протеома человека» . Природа . 509 (7502): 575–81. Бибкод : 2014Natur.509..575K . дои : 10.1038/nature13302 . ПМЦ   4403737 . ПМИД   24870542 .
  7. ^ Мартенс, Л; Чемберс, М; Штурм, М; Кесснер, Д; Левандер, Ф; Шофшталь, Дж; Тан, Вашингтон; Рёмпп, А; Нойманн, С; Писарро, AD; Монтекки-Палацци, Л; Тасман, Н.; Коулман, М; Райзингер, Ф; Суда, П; Хермякоб, Х; Бинц, Пенсильвания; Дойч, EW (январь 2011 г.). «mzML — стандарт сообщества для данных масс-спектрометрии» . Молекулярная и клеточная протеомика . 10 (1): 110,000133 рандов. дои : 10.1074/mcp.R110.000133 . ПМК   3013463 . ПМИД   20716697 .
  8. ^ Джонс, Арканзас; Эйзенахер, М; Майер, Г; Кольбахер, О; Зипен, Дж; Хаббард, С.Дж.; Селли, JN; Сирл, Британская Колумбия; Шофшталь, Дж; Сеймур, СЛ; Джулиан, Р; Бинц, Пенсильвания; Дойч, EW; Хермякоб, Х; Райзингер, Ф; Грисс, Дж; Вискайно, JA; Чемберс, М; Писарро, А; Кризи, Д. (июль 2012 г.). «Стандарт данных mzIdentML для результатов протеомики на основе масс-спектрометрии» . Молекулярная и клеточная протеомика . 11 (7): М111.014381. дои : 10.1074/mcp.M111.014381 . ПМЦ   3394945 . ПМИД   22375074 .
  9. ^ Дойч, EW; Альбар, JP; Бинц, Пенсильвания; Эйзенахер, М; Джонс, Арканзас; Майер, Г; Оменн, Г.С.; Орчард, С; Вискайно, JA; Хермякоб, Х. (май 2015 г.). «Разработка стандартов представления данных в рамках инициативы по стандартам протеомики организации протеома человека» . Журнал Американской ассоциации медицинской информатики . 22 (3): 495–506. дои : 10.1093/jamia/ocv001 . ПМЦ   4457114 . ПМИД   25726569 .
  10. ^ Грисс, Дж; Джонс, Арканзас; Заксенберг, Т; Уолцер, М; Гатто, Л; Хартлер, Дж; Таллинджер, Г.Г.; Салек, РМ; Стейнбек, К; Нойхаузер, Н; Кокс, Дж; Нойманн, С; Фан, Дж; Райзингер, Ф; Сюй, QW; Дель Торо, Н.; Перес-Ривероль, Ю; Гали, Ф; Флаг, Н; Сценарии, я; Кольбахер, О; Вискайно, JA; Хермякоб, Х. (октябрь 2014 г.). «Формат обмена данными mzTab: передача результатов экспериментов по протеомике и метаболомике, основанных на масс-спектрометрии, более широкой аудитории» . Молекулярная и клеточная протеомика . 13 (10): 2765–75. дои : 10.1074/mcp.o113.036681 . ПМК   4189001 . ПМИД   24980485 .
  11. ^ Барснес, Х; Вискайно, JA; Эйдхаммер, я; Мартенс, Л. (2009). «PRIDE Converter: упрощает обмен протеомными данными». Нат Биотехнология . 27 (7): 598–9. дои : 10.1038/nbt0709-598 . ПМИД   19587657 . S2CID   205269351 .
  12. ^ Коте, RG; Грисс, Дж; Дайанс, Дж.А.; Ван, Р; Райт, Дж. К.; ван ден Тоорн, HW; ван Брекелен, Б; Черт возьми, Эй Джей; Хулстарт, Н.; Мартенс, Л; Райзингер, Ф; Чордас, А; Овелейро, Д; Перес-Ривевол, Ю; Барснес, Х; Хермякоб, Х; Вискайно, JA (декабрь 2012 г.). «Среда PROteomics IDEntification (PRIDE) Converter 2: улучшенный набор инструментов для облегчения отправки данных в базу данных PRIDE и консорциум ProteomeXchange» . Молекулярная и клеточная протеомика . 11 (12): 1682–9. дои : 10.1074/mcp.o112.021543 . ПМЦ   3518121 . ПМИД   22949509 .
  13. ^ Ван, Р; Фабрегат, А; Риос, Д; Овелейро, Д; Фостер, Дж. М.; Коте, Р.Г.; Грисс, Дж; Чордас, А; Перес-Ривероль, Ю; Райзингер, Ф; Хермякоб, Х; Мартенс, Л; Вискайно, JA (февраль 2012 г.). «PRIDE Inspector: инструмент для визуализации и проверки данных протеомики MS» . Природная биотехнология . 30 (2): 135–7. дои : 10.1038/nbt.2112 . ПМЦ   3277942 . ПМИД   22318026 .
  14. ^ Водель, М; Беркхарт, Дж. М.; Захеди, РП; Овеленд, Э; Бервен, ФС; Зикманн, А; Мартенс, Л; Барснес, Х. (январь 2015 г.). «PeptideShaker позволяет повторно анализировать наборы протеомных данных, полученные с помощью MS». Природная биотехнология . 33 (1): 22–4. дои : 10.1038/nbt.3109 . ПМИД   25574629 . S2CID   27922651 .
  15. ^ Райзингер, Ф; Дель-Торо, Н.; Тернент, Т; Хермякоб, Х; Вискайно, JA (22 апреля 2015 г.). «Представляем веб-сервисы RESTful PRIDE Archive» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (П1): W599–604. дои : 10.1093/нар/gkv382 . ПМЦ   4489246 . ПМИД   25904633 .
  16. ^ Вискайно, JA; Коте, Р; Райзингер, Ф; Мюллер, М; Фостер, Дж. М.; Рамседер, Дж; Хермякоб, Х; Мартенс, Л. (2009). «Руководство по протеомике» . База данных идентификационных данных. Хранилище данных протеомики . 9 (18): 4276–83. дои : 10.1002/pmic.200900402 . ПМК   2970915 . ПМИД   19662629 .
  17. ^ Вискайно, JA; Дойч, Э.В.; Ван, Р; Чордас, А; Райзингер, Ф; Риос, Д; Дайанс, Дж. А.; Солнце, З; Фарра, Т; Бандейра, Н.; Бинц, Пенсильвания; Ксенарий, я; Эйзенахер, М; Майер, Г; Кот, Л; Кампос, А; Чокли, Р.Дж.; Краус, HJ; Альбар, JP; Мартинес-Бартоломе, С; Апвейлер, Р.; Оменн, Г.С.; Мартенс, Л; Джонс, AR; Хермякоб, Х. (март 2014 г.). «ProteomeXchange обеспечивает глобально скоординированную отправку и распространение протеомных данных» . Природная биотехнология . 32 (3): 223–6. дои : 10.1038/nbt.2839 . ПМЦ   3986813 . ПМИД   24727771 .
  18. ^ Хермякоб, Х; Апвейлер, Р. (февраль 2006 г.). «База данных протеомной идентификации (PRIDE) и Консорциум ProteomExchange: обеспечение доступности протеомных данных» . Экспертное обозрение по протеомике . 3 (1): 1–3. дои : 10.1586/14789450.3.1.1 . ПМИД   16445344 .
  19. ^ «Европейская комиссия: CORDIS: Проекты и результаты: Международный обмен данными и стандарты представления данных для протеомики» . Cordis.europa.eu . Проверено 22 сентября 2017 г.
  20. ^ Чордас, А; Ван, Р; Риос, Д; Райзингер, Ф; Фостер, Дж. М.; Слотта, диджей; Вискайно, JA; Хермякоб, Х. (май 2013 г.). «От Peptidome к PRIDE: публичная миграция данных по протеомике в больших масштабах» . Протеомика . 13 (10–11): 1692–5. дои : 10.1002/pmic.201200514 . ПМЦ   3717177 . ПМИД   23533138 .
  21. ^ Мартенс, Л. (май 2013 г.). «Устойчивость экосистемы протеомных данных: как эта область заботится о своих данных» . Протеомика . 13 (10–11): 1548–50. дои : 10.1002/pmic.201300118 . hdl : 1854/LU-4166053 . ПМИД   23596016 . S2CID   8041195 .
  22. ^ «Пептидом — ресурс данных о пептидах NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Архивировано из оригинала 7 июля 2009 г.
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Proteomics_Identifications_Database&oldid=1216065969"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 139029319cdc6b317919d3587fb54fd7__1711648020
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/13/d7/139029319cdc6b317919d3587fb54fd7.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Proteomics Identifications Database - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)