База данных спектров ядерного магнитного резонанса

База данных спектров ядерного магнитного резонанса представляет собой электронное хранилище информации о спектрах ядерного магнитного резонанса (ЯМР) . Такие репозитории можно загрузить как автономные наборы данных или использовать в Интернете. Форма хранения данных варьируется: от списков линий, которые могут отображаться графически, до необработанных данных о затухании свободной индукции (FID). Данные обычно аннотируются таким образом, чтобы соотнести спектральные данные с соответствующей молекулярной структурой.

Формат данных [ править ]

Список линий [ править ]

Форма, в которой большая часть ЯМР описана в литературных статьях. Базы данных обычно отображают списки линий графически, аналогично тому, как могут выглядеть обработанные спектры. Однако в этом списке линий отсутствуют расщепление первого и более высокого порядка, спутники из изотопов с низким содержанием, таких как углерод или платина, а также информация, касающаяся ширины линии и других информативных аспектов формы линии. Преимущество списка строк в том, что он требует минимального объема памяти.

Обработанное изображение [ править ]

После обработки FID в спектр его можно преобразовать в изображение, которое обычно занимает меньше памяти, чем FID. Этот метод требует больше памяти, чем список строк, но предоставляет пользователю значительно больше информации. Обработанное изображение содержит меньше информации, чем необработанный FID, но также занимает меньше памяти, легко отображается в браузерах и не требует специального программного обеспечения для обработки данных.

Необработанный файл FID [ править ]

Необработанные данные о затухании свободной индукции, полученные при проведении эксперимента, сохраняются в соответствии с предпочтениями форматирования производителя прибора. Этот формат данных содержит больше всего информации и требует больше всего места для хранения. Разнообразные коммерческие и бесплатные программы позволяют пользователям обрабатывать данные ПИД в полезные спектры после загрузки данных ПИД.

Распространенные методы поиска [ править ]

Некоторые методы поиска в базе данных общедоступны:

Составное название. Может включать официальные названия ИЮПАК и общие названия.
Молекулярная формула. Либо точная формула, либо диапазон значений.
Молекулярная структура. Для этого метода требуется интерфейс молекулярного редактора .
Регистрационный номер. Обычно это регистрационный номер CAS , но большинство баз данных также имеют свою собственную схему нумерации.
Диапазон пиков или другие спектральные характеристики. Пользователь вводит численные данные, относящиеся к спектрам неизвестного соединения. Эти данные используются для соединений, которые имеют одинаковые сдвиги в пределах заданных ограничений. Это позволяет пользователям находить точное соединение или молекулы со схожими функциональными группами.
Поиск спектров. Программное обеспечение используется для поиска в базе данных спектров, похожих на представленные спектры.

Список баз данных [ править ]

Ниже приводится неполный список баз данных спектров ядерного магнитного резонанса:

ACD/Labs [ править ]

Развитие передовой химии (ACD/лаборатории) ^[1] — хемоинформатическая компания, производящая программное обеспечение для обработки данных ЯМР и прогнозирования спектров ЯМР. ACD/Labs предлагает библиотеку Aldrich в качестве дополнения к своему общему программному обеспечению для обработки спектра и специализированным программным продуктам ЯМР. Предикторы ЯМР позволяют улучшить прогнозирование спектров ЯМР путем добавления данных в базы данных обучения пользователей. Базы данных контента, используемые для обучения алгоритмов прогнозирования (БД HNMR, БД CNMR, БД FNMR, БД NNMR и БД PNMR), также включают ссылки на инструменты и литературу. Эти базы данных можно приобрести или арендовать в качестве библиотек по индивидуальным или групповым контрактам.

Библиотека ЯМР Олдрича [ править ]

Часть этой базы данных до сих пор доступна в трехтомной печатной версии от Aldrich . Полная электронная версия включает дополнение спектров, не вошедшее в бумажную версию. В целом эта база данных включает более 15 000 соединений с соответствующей частотой 300 МГц. ¹Н и 75 МГц ¹³C-спектры. Продукт включает программное обеспечение, необходимое для просмотра и обработки данных ЯМР. Эту базу данных можно приобрести как библиотеку по индивидуальному или групповому контракту. Данные спектров сохраняются в виде изображений обработанных данных FID.

Банк данных магнитного резонанса биологического

Банк данных биологического магнитного резонанса (BioMagResBank или BMRB) спонсируется кафедрой биохимии Университета Висконсин-Мэдисон ; он посвящен белкам , пептидам , нуклеиновым кислотам и другим биомолекулам. Он хранит большое количество необработанных данных ЯМР.

ЯМР Wiley KnowItAll Спектральная библиотека

Wiley предлагает полную коллекцию спектральных данных, включая стандартные спектры Сэдтлера. Их коллекцию спектральных данных ЯМР можно найти или использовать для построения прогнозов; он включает спектры ЯМР CNMR, H-ЯМР и XNMR (ЯМР F-19, ЯМР P-31, ЯМР N-15 и т. д.). ^[2]

ХимГейт [ править ]

База данных, разработанная и поддерживаемая издателем John Wiley & Sons . Эта база данных включала более 700 000 спектров ЯМР, ИК и МС, статистика, специфичная для спектров ЯМР, не указана. Данные ЯМР включают в себя ¹ЧАС, ¹³С, ¹¹Б, ¹⁵Н, ¹⁷ТЕМ, ¹⁹Ф, ²⁹Си и ³¹П. Данные представлялись в виде графически отображаемых списков строк. Доступ к базе данных можно приобретать по частям или арендовать всю библиотеку по индивидуальным или групповым контрактам. Эти данные теперь доступны через онлайн-библиотеку Wiley.

ChemSpider [ править ]

принимает Химическая база данных ChemSpider предоставленные пользователем необработанные данные ЯМР. Данные принимаются в формате JCAMP-DX, который можно активно просматривать онлайн с помощью апплета JSpecView или загружать для обработки с помощью других пакетов программного обеспечения.

NMRShiftDB [ править ]

NMRDShiftDB . содержит графически отображаемые данные списка строк Данные предоставлены Кёльнским университетом . Онлайн-доступ бесплатный, участие пользователей приветствуется. Данные доступны по лицензии GNU FDL . Содержало 53972 измеренных спектра, среди прочих ядер, ¹³С, ¹ЧАС, ¹⁵Н, ¹¹Б, ¹⁹Ф, ²⁹Си и ³¹П ЯМР по состоянию на 4 марта 2021 г.

СпецИнфо в Интернете [ править ]

Доступно в онлайн-библиотеке Wiley. ^[3] ( John Wiley & Sons ), SpecInfo в Интернете. ЯМР представляет собой коллекцию, содержащую примерно 440 000 спектров ЯМР (организованных в виде ¹³С, ¹ЧАС, ¹⁹Ф, ³¹П и ²⁹базы данных Si ЯМР). Доступ к данным осуществляется через Интернет с использованием интерфейса Java и хранится на сервере, разработанном совместно с BASF . Программное обеспечение включает в себя создание отчетов в формате PDF, прогнозирование спектра (обученное на основе базы данных и/или алгоритмов), рисование структур, поиск структур, поиск спектра, поиск по текстовым полям и многое другое. Доступ к базам данных доступен подписчикам либо только в виде ЯМР, либо в сочетании с данными масс-спектрометрии и ИК-Фурье. Многие из этих данных также были доступны через ChemGate, как описано ниже. Покрытие можно бесплатно проверить с помощью Compound Search . Небольшая коллекция этих данных все еще доступна через STN International .

Спектральная база данных органических соединений [ править ]

Спектральная база данных органических соединений Японии (SDBS) разработана и поддерживается Национальным институтом передовых промышленных наук и технологий . СДБС включает в себя 14700 ¹Спектры ЯМР 1Н и 13000 ¹³Спектры ЯМР 1С, а также данные ИК-Фурье , комбинационного рассеяния света , ЭПР и МС . Данные сохраняются и отображаются в виде изображения обработанных данных. Аннотация достигается с помощью списка химических сдвигов, соответствующих буквам, которые также используются для обозначения рисунков молекулярных линий. Доступ к базе данных предоставляется бесплатно для некоммерческого использования. Пользователям предлагается не загружать более 50 спектров и/или информации о соединениях за один день. С 1997 по февраль 2008 года к базе данных обращались более 200 миллионов раз. Т. Сайто, К. Хаямидзу, М. Янагисава и О. Ямамото приписывают воспроизводимость данных ЯМР.

См. также [ править ]

Ссылки [ править ]

^ "ACD/Labs.com :: Программное обеспечение для ЯМР-спектроскопии" . www.acdlabs.com . Проверено 11 июня 2016 г.
^ «Спектральные библиотеки ЯМР Уайли» .
^ Химические концепции (16 сентября 2004 г.). Специнфо в интернете - Nmr . Джон Уайли и сыновья Канада, Лимитед. ISBN 978-0-471-22169-2 .

Внешние ссылки [ править ]

Ядерный магнитный резонанс в Керли

[1] "ACD/Labs.com :: Программное обеспечение для ЯМР-спектроскопии" . www.acdlabs.com . Проверено 11 июня 2016 г.

[2] «Спектральные библиотеки ЯМР Уайли» .

[Concepts2004-3] Химические концепции (16 сентября 2004 г.). Специнфо в интернете - Nmr . Джон Уайли и сыновья Канада, Лимитед. ISBN 978-0-471-22169-2 .

[1]

[2]

[3]