Ньюблер

Ньюблер
Разработчик(и)	454 Науки о жизни
Стабильная версия	v2.7 / 28 февраля 2012 г .; 12 лет назад
Операционная система	Linux i386/x86_64
Тип	Биоинформатика
Лицензия	Коммерческий

Newbler — это программный пакет для de novo ДНК сборки последовательностей . серии 454 GS, Он разработан специально для сбора данных о последовательностях, генерируемых платформами пиросеквенирования продаваемыми 454 Life Sciences , компанией Roche Diagnostics . ^[1]

Использование

Newbler может запускаться через Java графический интерфейс (gsAssembler) или командную строку (runAssembly). Он изначально работает с данными .SFF, выдаваемыми секвенатором, но также может принимать файлы FASTA , содержащие нуклеотидные последовательности, с информацией о качестве или без нее, а также FASTQ файлы . Он будет использовать более старые данные последовательности Сэнгера , если они отформатированы соответствующим образом, чтобы облегчить сборку и создание каркасов.

См. также

Ссылки

^ Женивальдо, GZ; Сильва, Бас Э; Дутил, Дэвид; Мэтьюз, Кери; Элкинс, Роберт; Шмидер, Элизабет А; Динсдейл, Роберт А. Эдвардс (2013). «Объединение сборки de novo и сборки по ссылкам с помощью scaffold_builder» . Исходный код по биологии и медицине . 8 (23): 23. дои : 10.1186/1751-0473-8-23 . ПМЦ 4177539 . ПМИД 24267787 .

Внешние ссылки

454 Домашняя страница секвенирования

Эта статья, посвященная биоинформатике, незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Женивальдо, GZ; Сильва, Бас Э; Дутил, Дэвид; Мэтьюз, Кери; Элкинс, Роберт; Шмидер, Элизабет А; Динсдейл, Роберт А. Эдвардс (2013). «Объединение сборки de novo и сборки по ссылкам с помощью scaffold_builder» . Исходный код по биологии и медицине . 8 (23): 23. дои : 10.1186/1751-0473-8-23 . ПМЦ 4177539 . ПМИД 24267787 .

[1]