Геворстак

geWorkbench
Разработчик(и)	Колумбийский университет , ; Первый генетический фонд ; Национальный институт рака
Первоначальный выпуск	2004 г .; 20 лет назад
Стабильная версия	2.6.0.3 / 21 декабря 2016 г .; 7 лет назад
Операционная система	Windows , Linux , Mac OS X
Платформа	х86
Доступно в	Английский
Тип	геномных данных Анализ
Лицензия	BSD-подобный
Веб-сайт	www .geworkbench .org

geWorkbench ^[2] (genomics Workbench) — это программная платформа с открытым исходным кодом для комплексного анализа геномных данных. Это настольное приложение, написанное на языке программирования Java . geWorkbench использует компонентную архитектуру. По состоянию на 2016 год ^[update], имеется более 70 плагинов ^[3] доступны, обеспечивая визуализацию и анализ генов данных об экспрессии, последовательности и структуре .

geWorkbench — это биоинформатическая платформа MAGNet, ^[4] Национальный центр многомасштабного анализа геномных и клеточных сетей, один из 8 национальных центров биомедицинских вычислений. ^[5] финансируется через Дорожную карту NIH ( Общий фонд NIH ^[6]). Многие инструменты системной и структурной биологии, разработанные исследователями MAGNet, доступны в виде плагинов geWorkbench.

Функции

Инструменты вычислительного анализа, такие как t-тест, иерархическая кластеризация, самоорганизующиеся карты, реконструкция регуляторной сети, поиск BLAST, обнаружение шаблонов-мотивов, предсказание структуры белка, аннотация белка на основе структуры и т. д.
Визуализация экспрессии генов (тепловые карты, график вулкана), сетей молекулярных взаимодействий (через Cytoscape ), данных о последовательности и структуре белков (например, MarkUs).
Интеграция информации об аннотациях генов и путей из тщательно подобранных источников, а также посредством анализа обогащения онтологии генов.
Интеграция компонентов посредством управления платформой входов и выходов. К данным, которые могут использоваться совместно компонентами, относятся наборы данных экспрессии, сети взаимодействия, наборы образцов и маркеров (генов), а также последовательности.
Отслеживание истории набора данных — полная запись используемых наборов данных и настроек ввода.
Интеграция со сторонними инструментами, такими как Genepattern , Cytoscape и Genomespace .

Демонстрации каждой описанной функции можно найти в GeWorkbench-web Tutorials .

Версии

geWorkbench — это программное обеспечение с открытым исходным кодом , которое можно загрузить и установить локально. Также доступен zip-файл исходного кода выпущенной версии Java.
Также существуют готовые версии установщика. ^[7] для Windows, Macintosh и Linux.

См. также

Геномный компилятор

Ссылки

^ Лицензия geWorkbench
^ Флоратос, А.; Смит, К.; Джи, З.; Уоткинсон, Дж.; Калифано, А. (2010). «GeWorkbench: платформа с открытым исходным кодом для интегративной геномики» . Биоинформатика . 26 (14): 1779–1780. doi : 10.1093/биоинформатика/btq282 . ПМК 2894520 . ПМИД 20511363 .
^ «Плагины — Рабочая среда» .
^ МАГНет
^ "Дом" . ncbcs.org .
^ «Дорожная карта НИЗ – исследовательские группы будущего» . Архивировано из оригинала 21 июня 2013 г. Проверено 16 июля 2013 г.
^ «Загрузка и установка — Workbench» .

Внешние ссылки

Официальный сайт : установка, руководства, часто задаваемые вопросы и известные проблемы.
- загрузка релиза geworkbench
- Плагины geWorkbench

[1] Лицензия geWorkbench

[2] Флоратос, А.; Смит, К.; Джи, З.; Уоткинсон, Дж.; Калифано, А. (2010). «GeWorkbench: платформа с открытым исходным кодом для интегративной геномики» . Биоинформатика . 26 (14): 1779–1780. doi : 10.1093/биоинформатика/btq282 . ПМК 2894520 . ПМИД 20511363 .

[3] «Плагины — Рабочая среда» .

[4] МАГНет

[5] "Дом" . ncbcs.org .

[6] «Дорожная карта НИЗ – исследовательские группы будущего» . Архивировано из оригинала 21 июня 2013 г. Проверено 16 июля 2013 г.

[7] «Загрузка и установка — Workbench» .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]