Геномное пространство
 | В этой статье есть несколько проблем. Пожалуйста, помогите улучшить его или обсудите эти проблемы на странице обсуждения . ( Узнайте, как и когда удалять эти шаблонные сообщения )
|
 | |
| Разработчик(и) | Броуд Институт |
|---|---|
| Стабильная версия | бета 5.0
/ апрель 2012 г |
| Операционная система | Кросс-платформенный |
| Платформа | Веб-браузер |
| Доступно в | Английский |
| Лицензия | LGPL 2.1 |
| Веб-сайт | www |
GenomeSpace — это среда для программных инструментов и приложений для геномики. Оно помогает пользователям управлять рабочими процессами анализа с использованием множества разнообразных инструментов, включая веб-приложения и настольные инструменты, а также облегчает передачу данных между инструментами посредством автоматического преобразования формата. Для анализа могут использоваться данные из локальных или облачных хранилищ.
GenomeSpace состоит из веб- интерфейса пользователя (UI) для пользователей, а также (API) передачи репрезентативного состояния (RESTful) интерфейса прикладного программирования и комплекта разработки клиентов на основе Java (CDK) для разработчиков, интегрирующих свои приложения с GenomeSpace.
Геномные космические инструменты
[ редактировать ]GenomeSpace связан с несколькими инструментами и источниками данных для геномного анализа: Cytoscape , [1] Галактика , [2] [3] ДжинПаттерн , [4] геномика, [5] geWorkbench , [6] база данных InSilico, [7] средство просмотра интегративной геномики (IGV), [8] и [9] Браузер генома UCSC . Эти программы обеспечивают широкий спектр геномного анализа, включая сетевой анализ и визуализацию, анализ последовательностей, полногеномный анализ, общие статистические методы, анализ экспрессии генов, протеомику , проточную цитометрию, анализ последовательностей нового поколения и наборы геномных данных. Разработчики другого программного обеспечения для геномики могут использовать GenomeSpace API для добавления своих инструментов.
Соавторы
[ редактировать ]Проект GenomeSpace — это совместная работа лабораторий Месирова и Регева Института Броуда ; лаборатория Чанга в Стэнфордском университете ; лаборатория Идекера в Калифорнийском университете в Сан-Диего ; лаборатория Некрутенко в Университете штата Пенсильвания ; лаборатория Сигала в Институте науки Вейцмана ; и лаборатории Хаусслера и Кента в Калифорнийском университете в Санта-Крус . GenomeSpace финансируется Национальным институтом исследования генома человека Национальных институтов здравоохранения .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ "Дом" . Сайт цитоскейп .
- ^ Гёкс, Дж.; Некрутенко А.; Тейлор, Дж.; Команда Галактики, Т. (2010). «Галактика: комплексный подход для поддержки доступных, воспроизводимых и прозрачных вычислительных исследований в области наук о жизни» . Геномная биология . 11 (8): Р86. дои : 10.1186/gb-2010-11-8-r86 . ПМЦ 2945788 . ПМИД 20738864 .
- ^ Бланкенберг, Д.; Кустер, Г.В.; Кораор, Н.; Ананда, Г.; Лазарус, Р.; Манган, М.; Некрутенко А.; Тейлор, Дж. (2010). Фредерик М. Осюбель (ред.). Galaxy: веб-инструмент анализа генома для экспериментаторов . Том. Глава 19. С. Ед. Ун19.10.Ун19–21. дои : 10.1002/0471142727.mb1910s89 . ISBN 978-0471142720 . ПМК 4264107 . ПМИД 20069535 .
{{cite book}}:|journal=игнорируется ( помогите ) - ^ "Дом" . Genepattern.org .
- ^ «Лаборатория Сигала: Геномика» . Архивировано из оригинала 2 февраля 2012 г. Проверено 24 апреля 2012 г.
- ^ "Дом" . geworkbench.org .
- ^ Колетта, А.; Молтер, К.; Дюке, Р.; Стенхофф, Д.; Таминау, Дж.; Де Шетцен, В.; Меганк, С.; Лазар, К.; Венет, Д.; Объезды, В.; Нове, А. ; Берсини, Х.; Вайс Солис, ДЮ (2012). «Центр наборов геномных данных InSilico DB: эффективная отправная точка для анализа полногеномных исследований в GenePattern, Integrative Genomics Viewer и R/Bioconductor» . Геномная биология . 13 (11): Р104. дои : 10.1186/gb-2012-13-11-r104 . ПМК 3580496 . ПМИД 23158523 .
- ^ «Главная | Средство просмотра интегративной геномики» .
- ^ http://hgwdev-gs.cse.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables