База данных таксономии генома
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Предлагаемая номенклатура прокариот |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Австралийский центр экогеномики , Университет Квинсленда |
| Авторы | Фил Хугенхольц, Мария Чувочина, Кристиан Ринке |
| Первичное цитирование | ПМИД 30148503 |
| Дата выпуска | 2018 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | https://gtdb.ecogenomic.org/ |
| Разнообразный | |
| Лицензия | CC BY-SA 4.0 |
| Версия | R07/RS207 (8 апреля 2022 г.) |
| Политика курирования | смешанный |
База данных геномной таксономии (GTDB) — это онлайн-база данных, в которой хранится информация о предлагаемой номенклатуре прокариотов основанным на наборе консервативных подходом , в соответствии с филогеномным однокопийных белков. Помимо разрешения парафилетических групп, этот метод также алгоритмически переназначает таксономические ранги , обновляя имена в обоих случаях. [1] Информация по археям добавлена в 2020 году. [2] наряду с классификацией видов , основанной на средней идентичности нуклеотидов . [3] Каждое обновление включает новые геномы, а также автоматическое и ручное управление таксономией. [4]
GTDB . Доступен инструмент с открытым исходным кодом под названием GTDB-Tk, позволяющий классифицировать черновые геномы в иерархию [5] Система GTDB через GTDB-Tk использовалась для каталогизации еще не названных бактерий в микробиоме кишечника человека и других метагеномных источниках. [6] [7]
GTDB включен в Руководство Берги по систематике архей и бактерий в 2019 году в качестве его филогеномного ресурса. [8]
См. также
[ редактировать ]- Филокод
- Национальный центр биотехнологической информации
- База данных рибосомальных РНК SILVA
- Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Паркс, ДХ; Чувочина, М; Уэйт, Д.В.; Ринке, С; Скаршевский, А; Шомей, Пенсильвания; Гугенгольц, П. (ноябрь 2018 г.). «Стандартизированная таксономия бактерий, основанная на филогении генома, существенно пересматривает древо жизни». Природная биотехнология . 36 (10): 996–1004. bioRxiv 10.1101/256800 . дои : 10.1038/nbt.4229 . ПМИД 30148503 . S2CID 52093100 .
- ^ Ринке, Кристиан; Чувочина, Мария; Массиг, Аарон Дж.; Шомей, Пьер-Ален; Давин, Адриан А.; Уэйт, Дэвид В.; Уитмен, Уильям Б.; Паркс, Донован Х.; Гугенгольц, Филип (21 июня 2021 г.). «Стандартизированная таксономия архей для базы данных геномной таксономии» (PDF) . Природная микробиология . 6 (7): 946–959. дои : 10.1038/s41564-021-00918-8 . ISSN 2058-5276 . ПМИД 34155373 . S2CID 235595884 .
- ^ Паркс, ДХ; Чувочина, М; Шомей, Пенсильвания; Ринке, С; Массиг, Эй Джей; Гугенгольц, П. (сентябрь 2020 г.). «Полная межвидовая таксономия бактерий и архей» . Природная биотехнология . 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101/771964 . дои : 10.1038/s41587-020-0501-8 . ПМИД 32341564 . S2CID 216560589 .
- ^ Информацию о каждом обновлении см. в соответствующих журналах изменений. Заметные изменения, достойные публикации, см. в разделе «Цитировать GTDB» на странице «О программе » .
- ^ Шомей, Пенсильвания; Массиг, Эй Джей; Гугенгольц, П; Паркс, DH (15 ноября 2019 г.). «GTDB-Tk: набор инструментов для классификации геномов с помощью базы данных таксономии геномов» . Биоинформатика . 36 (6): 1925–1927. doi : 10.1093/биоинформатика/btz848 . ПМЦ 7703759 . ПМИД 31730192 .
- ^ Алмейда, Александр; Найфач, Стивен; Боланд, Мигель; Строцци, Франческо; Беракочеа, Мартин; Ши, Чжоу Джейсон; Поллард, Кэтрин С.; Сахарова Екатерина; Паркс, Донован Х.; Гугенгольц, Филип; Сегата, Никола; Кирпидес, Никос К.; Финн, Роберт Д. (20 июля 2020 г.). «Единый каталог 204 938 эталонных геномов микробиома кишечника человека» . Природная биотехнология . 39 (1): 105–114. дои : 10.1038/s41587-020-0603-3 . ПМЦ 7801254 . ПМИД 32690973 .
- ^ Найфач, Стивен; и др. (9 ноября 2020 г.). «Геномный каталог микробиомов Земли» . Природная биотехнология . 39 (4): 499–509. дои : 10.1038/s41587-020-0718-6 . ПМК 8041624 . ПМИД 33169036 .
- ^ «Включение филогеномики в BMSAB» . Руководство по доверию Берджи .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Паллен, MJ; Родригес-Р, LM; Алихан, Н.Ф. (сентябрь 2022 г.). «Именование неназванного: более 65 000 названий Candidatus для безымянных архей и бактерий в базе данных таксономии генома» (PDF) . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 72 (9). дои : 10.1099/ijsem.0.005482 . ПМИД 36125864 . – предложение назвать безымянные таксоны GTDB, используя бессмысленные случайные латинские слоги. Не связан с GTDB.
- Чжу, К; Май, У; Пфайффер, В; и др. (2 декабря 2019 г.). «Филогеномика 10 575 геномов выявила эволюционную близость между доменами бактерий и архей» . Природные коммуникации . 10 (1): 5477. Бибкод : 2019NatCo..10.5477Z . дои : 10.1038/s41467-019-13443-4 . ПМК 6889312 . ПМИД 31792218 . – аналогичная независимая работа, которая также оценивает таксономическое качество GTDB.