GPM (протеомика)

В протеомике глобальная GPM означает « протеомивая машина ». Это веб-интерфейс с открытым исходным кодом для анализа и отображения данных идентификации белка. Первоначально он был разработан Робом Крейгом и Роном Бивисом и впервые выпущенным в 2003 году. ^{[ 1 ]} Интерфейс создает серию видов страниц веб -браузера данных масс -спектрометрии тандема , которые были назначены белковым последовательностям. Основные документы данных хранятся в BIOML ^{[ 2 ]} Форматные файлы.

С момента своего первоначального создания GPM находился под постоянным развитием. Основные события включают следующее:

Создание GPMDB : большая база данных протеомики, генерируемая с использованием GPM; ^{[ 3 ]}
Включение в проект протеома человека как анализ данных и информационный ресурс; ^{[ 4 ]}
Разработка API REST для GPMDB. ^{[ 5 ]}

Ссылки

^ Крейг, Робертсон; Кортенс, Джон П.; Бивис, Рональд С. (2004). «Система с открытым исходным кодом для анализа, проверки и хранения данных идентификации белка». Журнал исследований протеома . 3 (6): 1234–42. doi : 10.1021/pr049882h . PMID 15595733 .
^ Фенио Д. (1999). «Язык разметки биополимеров» . Биоинформатика . 15 (4): 339–40. doi : 10.1093/bioinformatics/15.4.339 . PMID 10320402 .
^ Крейг, Робертсон; Кортенс, Джон П.; Бивис, Рональд С. (2004). «Система с открытым исходным кодом для анализа, проверки и хранения данных идентификации белка». Журнал исследований протеома . 3 (6): 1234–1242. doi : 10.1021/pr049882h . ISSN 1535-3893 . PMID 15595733 .
^ Omenn, Gilbert S.; Лейн, Лиди; Лундберг, Эмма К.; Бивис, Рональд С.; Nesvizhskii, Alexey I.; Deutsch, Eric W. (2015). «Метрики для проекта протеома человека 2015: прогресс в протеоме человека и руководящие принципы для идентификации белка с высокой достоверностью» . Журнал исследований протеома . 14 (9): 3452–3460. doi : 10.1021/acs.jproteome.5b00499 . ISSN 1535-3893 . PMC 4755311 . PMID 26155816 .
^ Фениё, Дэвид; Бивис, Рональд С. (2015). «Интерфейс RETS GPMDB» . Биоинформатика . 31 (12): 2056–2058. doi : 10.1093/bioinformatics/btv107 . ISSN 1367-4803 . PMID 25697819 .

Внешние ссылки

Веб -сайт проекта GPM

[1] Крейг, Робертсон; Кортенс, Джон П.; Бивис, Рональд С. (2004). «Система с открытым исходным кодом для анализа, проверки и хранения данных идентификации белка». Журнал исследований протеома . 3 (6): 1234–42. doi : 10.1021/pr049882h . PMID 15595733 .

[2] Фенио Д. (1999). «Язык разметки биополимеров» . Биоинформатика . 15 (4): 339–40. doi : 10.1093/bioinformatics/15.4.339 . PMID 10320402 .

[CraigCortens2004-3] Крейг, Робертсон; Кортенс, Джон П.; Бивис, Рональд С. (2004). «Система с открытым исходным кодом для анализа, проверки и хранения данных идентификации белка». Журнал исследований протеома . 3 (6): 1234–1242. doi : 10.1021/pr049882h . ISSN 1535-3893 . PMID 15595733 .

[OmennLane2015-4] Omenn, Gilbert S.; Лейн, Лиди; Лундберг, Эмма К.; Бивис, Рональд С.; Nesvizhskii, Alexey I.; Deutsch, Eric W. (2015). «Метрики для проекта протеома человека 2015: прогресс в протеоме человека и руководящие принципы для идентификации белка с высокой достоверностью» . Журнал исследований протеома . 14 (9): 3452–3460. doi : 10.1021/acs.jproteome.5b00499 . ISSN 1535-3893 . PMC 4755311 . PMID 26155816 .

[FenyöBeavis2015-5] Фениё, Дэвид; Бивис, Рональд С. (2015). «Интерфейс RETS GPMDB» . Биоинформатика . 31 (12): 2056–2058. doi : 10.1093/bioinformatics/btv107 . ISSN 1367-4803 . PMID 25697819 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]