Международный консорциум по фенотипированию мышей
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Энциклопедия фенотипов нокаутных мышей. |
| Организмы | Мышь |
| Контакт | |
| Первичное цитирование | Браун и Мур, 2012 г. [1] |
| Дата выпуска | 2011 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.mousephenotype.org |
Международный консорциум по фенотипированию мышей (IMPC) — это международная научная организация, целью которой является создание и характеристика фенотипа 20 000 нокаутных линий мышей. [1] [2] [3] Запущенный в сентябре 2011 года, [1] консорциум состоит из более чем 15 исследовательских институтов на четырех континентах, финансирование предоставляется НИЗ , европейскими национальными правительствами и партнерскими учреждениями. [4]
По прогнозам, эта инициатива продлится 10 лет (до 2021 года) и будет сосредоточена на анализе гомозиготных мутантных мышей, созданных на изогенном фоне C57BL/6 N Международным консорциумом нокаутных мышей . Линии мышей характеризуются широким спектром фенотипирования, который направлен на раскрытие информации о заболеваниях человека путем измерения эмбриональных, нервно-мышечных, сенсорных, сердечно-сосудистых, метаболических, респираторных, гематологических и неврологических параметров. [1] [5] Протоколы, используемые для оценки этих фенотипов, стандартизированы партнерами IMPC и доступны на сайте IMPReSS. [5]
Мышиные штаммы, созданные партнерами IMPC, депонированы в репозитории КОМП. [6] и Европейский архив мышей-мутантов. [7] Во многих случаях штаммы, несущие один из двух типов аллелей, будут заархивированы - нулевой аллель, используемый в первичном конвейере фенотипирования IMPC, и условно готовый аллель, который позволяет осуществлять ограниченный тканями нокаут через системы рекомбинации Cre-Lox и рекомбинации FLP-FRT .
Фенотипические данные записываются в свободно доступную онлайн-базу данных с возможностью поиска . [8] создание того, что было описано как «всеобъемлющая энциклопедия функций генов млекопитающих». [1]
ВПЕЧАТЛЕНИЕ
[ редактировать ]| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Стандартизированные протоколы фенотипирования мутантных линий мышей. |
| Организмы | Мышь |
| Контакт | |
| Первичное цитирование | Браун и Мур, 2012 г. [1] |
| Дата выпуска | 2012 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.mousephenotype.org/impress |
Международный ресурс стандартизированных скринингов фенотипирования мышей (IMPReSS) координирует и представляет стандартизированные протоколы , которые используются клиниками по исследованию мышей для оценки биологических характеристик мутантных линий мышей. IMPReSS был запущен в 2011 году, чтобы помочь IMPC достичь своей цели по определению характеристик нокаутной линии мышей по каждому гену, и будет продолжать активно развиваться в течение десяти лет существования проекта. [1] IMPReSS, преемник EMPReSS, построен на концепции «фенотипического конвейера»: последовательности отдельных процедур, выполняемых на мышах в определенном возрасте и организованных так, чтобы минимизировать влияние одной процедуры на другую. [9] [10] [11] Каждая процедура разбита на набор нескольких параметров, которые собирают как данные, так и метаданные. Параметры данных связаны с терминами биомедицинской онтологии , чтобы облегчить обмен данными и помочь в идентификации фенотипических мышиных моделей заболеваний человека. [12]
Императрица
[ редактировать ]Европейский ресурс по фенотипированию мышей для стандартизированных скринингов (EMPReSS), [9] предшественник IMPReSS, разработал более 150 стандартизированных протоколов для характеристики мутантных линий мышей в европейских исследовательских институтах в рамках EUMODIC. [13] и ЭВМОРФИЯ [14] проекты. EMPReSS активно разрабатывался с 2002 года, пока его не заменил IMPReSS в 2011 году. Данные о фенотипах, собранные с помощью протоколов EMPReSS, доступны на Europhenome .
Эмбрионально-летальные нокаутные линии
[ редактировать ]Около 30% всех нокаутов целевых генов у мышей приводят к эмбриональной или перинатальной смерти. [15] Поэтому эффекты этих мутаций нельзя изучать на живых взрослых мышах, за исключением гетерозиготных мутантов. Однако систематические исследования эмбрионально-летальных нокаутов важны для понимания того, как эти гены влияют на развитие и выживаемость эмбрионов.
В 2013 году IMPC опубликовал отчет Bloomsbury о фенотипировании эмбрионов мышей. [15] описание стандартного процесса скрининга эмбрионально-летальных нокаутов у гомозиготных мутантов. В Великобритании их рекомендации легли в основу проекта DMDD (Расшифровка механизмов нарушений развития). [16]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и ж г Браун С.Д. , Мур М.В. (май 2012 г.). «К энциклопедии функций генов млекопитающих: Международный консорциум по фенотипированию мышей» . Дис. Модели Мех . 5 (3): 289–92. дои : 10.1242/dmm.009878 . ПМЦ 3339821 . ПМИД 22566555 .
- ^ Браун С.Д. , Мур М.В. (октябрь 2012 г.). «Международный консорциум по фенотипированию мышей: прошлые и будущие перспективы фенотипирования мышей» . Мамм. Геном . 23 (9–10): 632–40. дои : 10.1007/s00335-012-9427-x . ПМЦ 3774932 . ПМИД 22940749 .
- ^ Морган Х, Саймон М, Мэллон А.М. (2012). «Доступ к данным крупномасштабных проектов фенотипирования мышей и их анализ». Межд. Преподобный Нейробиол . Международное обозрение нейробиологии. 104 : 47–70. дои : 10.1016/B978-0-12-398323-7.00003-3 . ISBN 9780123983237 . ПМИД 23195311 .
- ^ Шофилд П.Н., Хендорф Р., Гкутос Г.В. (май 2012 г.). «Мышиные генетические и фенотипические ресурсы для генетики человека» . Хм. Мутат . 33 (5): 826–36. дои : 10.1002/humu.22077 . ПМЦ 3473354 . ПМИД 22422677 .
- ^ Jump up to: а б «Международный ресурс IMPReSS по фенотипированию мышей по стандартизированным скринингам» . Mousephenotype.org . Проверено 1 августа 2013 г.
- ^ «Репозиторий проекта Knockout Mouse (KOMP)» . КОМП. 01.08.2010 . Проверено 1 августа 2013 г.
- ^ «ЭММА - Европейский архив мышиных мутантов» . Эмманет.орг. Архивировано из оригинала 12 августа 2013 г. Проверено 1 августа 2013 г.
- ^ «IMPC | Международный консорциум по фенотипированию мышей» . Mousephenotype.org . Проверено 1 августа 2013 г.
- ^ Jump up to: а б «Императрица» . Императрица.har.mrc.ac.uk. Архивировано из оригинала 20 марта 2011 г. Проверено 1 августа 2013 г.
- ^ Браун, СДМ; Шамбон, П.; Де Анджелис, Миннесота; Евморфия, К. (2005). «EMPReSS: Стандартизированные фенотипические экраны для функциональной аннотации генома мыши» . Природная генетика . 37 (11): 1155. doi : 10.1038/ng1105-1155 . ПМИД 16254554 .
- ^ Мэллон, А.-М.; Блейк, А.; Хэнкок, Дж. М. (2007). «EuroPhenome и EMPReSS: Интернет-ресурс по фенотипированию мышей» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D715–D718. дои : 10.1093/нар/gkm728 . ПМК 2238991 . ПМИД 17905814 .
- ^ Чен, СК; Мунгалл, CJ; Гкутос, Г.В.; Дёлкен, Южная Каролина; Кёлер, С.; Рюф, Би Джей; Смит, К.; Вестерфилд, М.; Робинсон, Пенсильвания; Льюис, SE; Шофилд, Пенсильвания; Смедли, Д. (2012). «MouseFinder: Гены-кандидаты болезней на основе данных фенотипа мышей» . Человеческая мутация . 33 (5): 858–866. дои : 10.1002/humu.22051 . ПМЦ 3327758 . ПМИД 22331800 .
- ^ «Эвмодик» . Эвмодик. Архивировано из оригинала 4 июля 2011 г. Проверено 1 августа 2013 г.
- ^ «ЭВМОРФИЯ» . Архивировано из оригинала 3 июля 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
- ^ Jump up to: а б Адамс, Д; Бэлдок, Р; Бхаттачарья, С; Копп, Эй Джей; Дикинсон, М; Грин, ОСП; Хенкельман, М; Справедливость, М; Мохун, Т; Мюррей, ЮАР; Паувс, Э; Раесс, М; Россант, Дж; Уивер, Т; Уэст, Д. (май 2013 г.). «Отчет Блумсбери о фенотипировании эмбрионов мышей: рекомендации семинара IMPC по скринингу летальности эмбрионов» . Модели и механизмы заболеваний . 6 (3): 571–579. дои : 10.1242/dmm.011833 . ПМЦ 3634642 . ПМИД 23519032 .
- ^ Мохун, Т; Адамс, диджей; Бэлдок, Р; Бхаттачарья, С; Копп, Эй Джей; Хембергер, М; Уарт, К; Херлс, Мэн; Робертсон, Э; Смит, Дж. К.; Уивер, Т; Венингер, W (май 2013 г.). «Расшифровка механизмов нарушений развития (DMDD): новая программа фенотипирования эмбриональных летальных мышей» . Модели и механизмы заболеваний . 6 (3): 562–566. дои : 10.1242/dmm.011957 . ПМЦ 3634640 . ПМИД 23519034 .