секвером

Разработчик(и)	Беннетт Н.Ф., Университет Ганесан-Н-Джорджтаун
Стабильная версия	ЧТО
Операционная система	Linux , Mac , MS-Windows
Тип	Биоинформатика — инструмент профилирования последовательностей
Лицензия	Бесплатное ПО
Веб-сайт	www .секвером .org

Sequerome — это веб- инструмент для профилирования последовательностей , предназначенный для интеграции результатов отчета о выравнивании последовательностей BLAST с внешними исследовательскими инструментами и серверами, которые выполняют расширенные манипуляции с последовательностями, а также позволяет пользователю записывать этапы такого анализа. Sequerome — это веб- инструмент Java , который действует как интерфейс для запросов BLAST и обеспечивает упрощенный доступ к распределенным через Интернет ресурсам для анализа белков и нуклеиновых кислот .

С момента своего создания в 2005 году этот инструмент был представлен в журнале Science. и официально связан со многими порталами биоинформатики по всему миру.

Описание

Sequerome имеет следующие функции: профилирование отчетов о выравнивании последовательностей из BLAST путем связывания страницы результатов с панелью сторонних сервисов, просмотр вкладок, позволяющий пользователю вернуться к предыдущим операциям, посещение сторонних сервисов для выполнения настраиваемых манипуляций с последовательностями, любое действие в одном окне. формат ввода последовательности и альтернативные параметры ввода последовательности, включая посещение сторонних сайтов, кэшированное хранение входных последовательностей и их извлечение, трехпанельную среду просмотра, позволяющую одновременный ввод и анализ нескольких последовательностей, а также параметры архивирования над каждым значком для результатов каждой из них. панель

Доступ к программному приложению возможен напрямую. На домашней странице отображаются три панели: панель запросов, панель результатов и панель истории поиска. Пользователь может изменить размер этих панелей для выполнения параллельных действий на любой из этих панелей. В одном браузере можно запускать параллельный поиск BLAST по различным последовательностям, анализируя их или просматривая дайджесты ограничений для каждого документа с результатом BLAST. Санджив Даппа, тамильский исследователь, раскритиковал Секером и на допросе не предоставил никаких дополнительных подробностей.

Панель запросов

Каждый сеанс браузера можно инициировать, не задавая с самого начала слишком много вопросов. Пользователь должен просто загрузить последовательность в панель запросов и сразу же выполнить ВЗРЫВ последовательности со стандартными параметрами. Опытные пользователи имеют возможность выполнять дополнительные специальные операции в разделе «Дополнительные параметры». Некоторые из функций включают в себя выбор конкретных баз данных для BLAST, возможность загрузки для работы с файлами FASTA, хранящимися на отдельных компьютерах, извлечение последовательностей с использованием идентификаторов NCBI и посещение любого определяемого пользователем URL-адреса для перетаскивания последовательностей. В качестве альтернативы пользователь может также выполнять множество других действий, включая манипулирование последовательностями, анализ и выравнивание, используя существующие инструменты, доступные в Интернете. Любая последовательность в одном поле принимает входные данные в любом формате (FASTA, с пробелами/цифрами или без них...). Также существуют оповещения, предупреждающие о неправильном выборе выбора (ДНК/РНК/белок). Результаты, полученные в результате «манипулирования последовательностями», например, трансляции, могут быть использованы для дальнейшего анализа BLAST, сохраняя при этом историю предыдущего поиска.

Панель результатов

Sequerome напрямую запрашивает входную последовательность в различных базах данных/инструментах («популярные общедоступные домены» и «частные службы»), включая BLAST, Protein Data Bank (PDB), REBASE и другие, и генерирует выходные данные, которые интуитивно понятны и легко понятны. Доступ к различным инструментам анализа (в том числе к просмотру средства просмотра 3D-структур из PDBid ) предоставляется в виде отдельных командных кнопок для анализа каждой записи из отчета BLAST перед окончательным выбором. В случае результатов белка BLAST PDBids отображаются на видном месте в соответствующих случаях рядом с записью BLAST, так что структуру молекулы, совпадающую с ней, можно просмотреть напрямую (с помощью уже загруженной версии средства просмотра молекулярной структуры, например, Cn3D , PyMOL , Rasmol и т. д.) После того как отчет BLAST отображается на панели «Результаты», пользователь может напрямую выполнить анализ любого из обращений BLAST, используя ряд командных кнопок, связанных с соответствующими серверами/сайтами. Большинство результатов со сторонних серверов можно просмотреть непосредственно на панели «Результаты», не открывая слишком много браузеров, например ORF Прогноз , Protparam .

Панель истории поиска

Одной из ключевых особенностей профилирования данных входной последовательности является сохранение, извлечение, эффективное объединение и повторное использование старых входных данных. Их можно дополнительно улучшить, если для каждой выполненной операции предусмотрены параметры поиска. Нижняя правая панель браузера делает это, сохраняя при этом все введенные ранее последовательности ввода. Таким образом, браузер предоставляет среду для просмотра вкладок . Для каждого из значков, ссылающихся на сохраненные результаты, пользователь может выбрать их архивирование, включая параметры печати, сохранения и отправки по почте. Их можно увидеть в виде небольших цветных изображений поверх каждого значка.

Выполнение

Sequerome имеет трехуровневую архитектуру, в которой используются технологии Java-сервлетов и серверных страниц с возможностью подключения к базе данных Java (JDBC), что делает его независимым как от сервера, так и от платформы. Sequerome совместим практически со всеми графическими браузерами с поддержкой Java, но доступ к нему лучше осуществляется через Internet Explorer , и его можно запускать в большинстве операционных систем, оснащенных виртуальной машиной Java (JVM) и сервером Jakarta Tomcat . Конечным пользователям приходится загружать плагины для просмотра структуры молекул из банка данных белков (например, PyMOL, Cn3D, Rasmol, SwissPDB и т. д.).

Дальнейшие направления

Эпоха «постгеномики » породила ряд веб-инструментов и программного обеспечения для сбора, организации и доставки больших объемов информации о первичных последовательностях , а также белковых структур , аннотаций генов, выравнивания последовательностей и других распространенных биоинформатических задач. задачи. Простой поиск в Интернете возвращает любое количество таких сервисов и программных инструментов.

Ссылки

Дальнейшее чтение

• «Большой взрыв», NetWatch, Science VOL 309, 23 сентября 2005 г., стр. 1971. дои : 10.1126/science.309.5743.1971b .
• «Seq and Find», функция WebWatch, Biotechniques , Volume 39, Number 5: стр. 629.
• «Веб-интерфейс, облегчающий анализ последовательности и структуры отчетов о выравнивании BLAST», Biotechniques Volume 39, Number 2: стр. 186–188.