StarBase (биологическая база данных)
 | Эта статья нуждается в дополнительных цитатах для проверки . ( май 2021 г. ) |
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Карты взаимодействия микроРНК и мРНК на основе данных Argonaute CLIP-Seq и Degradome-Seq. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Университет Сунь Ятсена |
| Лаборатория | Ключевая лаборатория генной инженерии Министерства образования |
| Авторы | Цзянь-Хуа Ян |
| Первичное цитирование | Ян и др. (2011) [ 1 ] |
| Дата выпуска | 2010 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://starbase.sysu.edu.cn/ |
Звездная база [ 2 ] представляет собой базу данных для расшифровки микроРНК – мРНК , микроРНК-днРНК, [ 3 ] миРНК - мякРНК , миРНК-циРНК, [ 3 ] миРНК- псевдоген , белок-днРНК, [ 4 ] белок-нРНК, взаимодействия белок-мРНК и сети церРНК [ 5 ] из CLIP-Seq ( HITS-CLIP , PAR-CLIP , iCLIP , CLASH) и деградомного секвенирования . данных [ 1 ] [ 6 ] StarBase предоставляет веб-инструменты miRFunction и ceRNAFunction для прогнозирования функции нкРНК (миРНК, днРНК, псевдогенов) и генов, кодирующих белки, на основе миРНК и церРНК. [ 7 ] регулирующие сети. StarBase также разработала платформу анализа панрака для расшифровки сетей анализа панрака , состоящих из днРНК, микроРНК, церРНК и РНК-связывающих белков (RBP), путем анализа клинических профилей и профилей экспрессии 14 типов рака (включая более шести тысяч образцов) из Портал данных Атласа генома рака (TCGA) .
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Ян, Цзянь-Хуа; Ли Цзюнь-Хао; Шао Пэн; Чжоу Хуэй; Чэнь Юэ-Цинь; Цюй Лян-Ху (январь 2011 г.). «starBase: база данных для изучения карт взаимодействия микроРНК-мРНК на основе данных Argonaute CLIP-Seq и Degradome-Seq» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D202-9. дои : 10.1093/нар/gkq1056 . ПМК 3013664 . ПМИД 21037263 .
- ^ «starBase или ENCORI: Расшифровка энциклопедии интерактомов РНК» . rnasysu.com .
- ^ Jump up to: а б «Взаимодействия микроРНК-днРНК LncRNABase: расшифровка карт взаимодействия микроРНК-днРНК» . starbase.sysu.edu.cn . Архивировано из оригинала 22 сентября 2013 г.
- ^ «Взаимодействия RBP-LncRNA, starBase: декодирование карт взаимодействия РНК-LncRNA» . starbase.sysu.edu.cn . Архивировано из оригинала 22 сентября 2013 г.
- ^ «CeRNABase starBase: декодирование регуляторных сетей ceRNA из данных CLIP-Seq (PAR-CLIP, HITS-CLIP, iCLIP, CLASH). Конкурирующие эндогенные РНК (CeRNA)» . Архивировано из оригинала 22 сентября 2013 г. Проверено 8 декабря 2013 г.
- ^ Ли, Дж. Х.; Лю, С; Чжоу, Х; Цюй, Л.Х.; Ян, Дж. Х. (1 декабря 2013 г.). «starBase v2.0: декодирование сетей взаимодействия микроРНК-цРНК, микроРНК-нРНК и белок-РНК на основе крупномасштабных данных CLIP-Seq» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (1): Д92-7. дои : 10.1093/нар/gkt1248 . ПМЦ 3964941 . ПМИД 24297251 .
- ^ «Сеть регулирования панраковых церРНК. StarBase: декодирование карт взаимодействия миРНК-мишени, миРНК-цРНК и белок-РНК на основе данных CLIP-Seq (PAR-CLIP, HITS-CLIP, iCLIP, CLASH)» . starbase.sysu.edu.cn . Архивировано из оригинала 15 марта 2014 года . Проверено 13 января 2022 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- «Добро пожаловать в StarBase» . Архивировано из оригинала 22 февраля 2011 г.
 | Эта биологическим базам данных статья, посвященная , незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |