✖


Jump to content

МикроРНК и целевая база данных микроРНК

Эта база данных микроРНК и базы данных по мишеням микроРНК представляют собой компиляцию баз данных, веб-порталов и серверов, используемых для микроРНК и их мишеней. МикроРНК (миРНК) представляют собой важный класс малых некодирующих РНК (нкРНК), которые регулируют экспрессию генов путем нацеливания на информационные РНК. [ 1 ]

базы данных генов-мишеней микроРНК

[ редактировать ]
Имя Описание тип Связь Ссылки
Звездная база starBase предназначена для декодирования взаимодействий миРНК - днРНК , миРНК-мРНК, миРНК - цирРНК , миРНК псевдогена - , миРНК-мякРНК, белок-днРНК , белок-мРНК, белок-мРНК и белок-псевдоген, а также церРНК сетей из 108 CLIP-Seq ( наборы данных HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH). Он также обеспечивает панраковый анализ микроРНК, днРНК, циркРНК и генов, кодирующих белки, из 6000 образцов опухолей. база данных веб-сайт [ 2 ] [ 3 ]
СтарСкан StarScan разработан для сканирования событий расщепления РНК, опосредованных малыми РНК (миРНК, пиРНК, миРНК), в днРНК, циркРНК, мРНК и псевдогенах по данным деградомного секвенирования. веб-программное обеспечение веб-сайт [ 4 ]
Амур Cupid — это метод одновременного прогнозирования взаимодействий микроРНК-мишени и их опосредованных взаимодействий с конкурирующими эндогенными РНК (цРНК) . Этот интегративный подход значительно повышает точность прогнозирования миРНК-мишени, что оценивается по измерениям уровня мРНК и белка в клеточных линиях рака молочной железы. Cupid реализуется в 3 этапа: Шаг 1: повторная оценка потенциальных сайтов связывания микроРНК в 3'-UTR. Шаг 2: взаимодействия прогнозируются путем интеграции информации о выбранных сайтах и ​​статистической зависимости между профилями экспрессии микроРНК и предполагаемыми мишенями. Шаг 3: Купидон оценивает, конкурируют ли предполагаемые мишени за предсказанные регуляторы микроРНК. * Предоставляется только исходный код для шага 3. программное обеспечение (МАТЛАБ) веб-сайт [ 5 ]
TargetScan Предсказывает биологические цели микроРНК путем поиска сайтов, соответствующих зародышевой области каждой микроРНК. В отношении мух и нематод прогнозы ранжируются на основе вероятности их эволюционного сохранения. У рыбок данио прогнозы ранжируются на основе номера сайта, типа сайта и контекста сайта, который включает факторы, влияющие на доступность целевого сайта. В случае млекопитающих пользователь может выбрать, следует ли ранжировать прогнозы на основе вероятности их сохранения или на основе номера, типа и контекста участка. В отношении млекопитающих и нематод пользователь может расширить прогнозы за пределы охраняемых участков и рассмотреть все участки. база данных, веб-сервер веб-сайт [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]
TarBase Полная база данных экспериментально подтвержденных мишеней микроРНК животных. база данных веб-сайт [ 12 ]
Диана-микроТ DIANA-microT 3.0 — это алгоритм, основанный на нескольких параметрах, рассчитываемых индивидуально для каждой микроРНК, который объединяет консервативные и неконсервативные элементы распознавания микроРНК в окончательную оценку прогноза. веб-сервер веб-сервер [ 13 ]
miRecords интегрированный ресурс для взаимодействия микроРНК с мишенью. база данных веб-сайт [ 14 ]
ПикТар PicTar — это комбинаторное предсказание целей микроРНК. база данных, веб-сервер, прогнозы веб-сайт [ 15 ]
ПИТА PITA включает роль доступности сайта-мишени, определяемую взаимодействиями спаривания оснований внутри мРНК, в распознавании цели микроРНК. веб-сервер, прогнозы предсказания [ 16 ]
Слизняк База данных предсказаний обратных целей микроРНК, основанная на алгоритме RepTar, которая не зависит от соображений эволюционной консервации и не ограничивается сайтами спаривания семян. база данных веб-сайт [ 17 ]
РНК22 Первая ссылка (прогнозы) предоставляет предсказания РНК22 для всех транскриптов, кодирующих белок у человека, мыши, круглых червей и плодовых мух. Это позволяет визуализировать предсказания на карте кДНК, а также находить транскрипты, на которые нацелены несколько интересующих миР. Вторая ссылка на веб-сайт (настраиваемая) сначала находит предполагаемые сайты связывания микроРНК в интересующей последовательности, а затем идентифицирует целевую микроРНК. веб-сервер, прогнозы предсказания на заказ [ 18 ]
миРТарБаза Экспериментально подтвержденная база данных взаимодействий микроРНК-мишени. В качестве базы данных miRTarBase накопила более трехсот шестидесяти тысяч взаимодействий микроРНК-мишень (MTI), которые собираются путем ручного просмотра соответствующей литературы после систематического НЛП текста для фильтрации исследовательских статей, связанных с функциональными исследованиями микроРНК. Как правило, собранные MTI проверяются экспериментально с помощью репортерного анализа, вестерн-блоттинга, микрочипов и экспериментов по секвенированию следующего поколения. Содержащая наибольшее количество проверенных MTI, miRTarBase обеспечивает наиболее обновленную коллекцию по сравнению с другими аналогичными, ранее разработанными базами данных. база данных веб-сайт [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ] [ 22 ]
miRwalk Объединяет и сравнивает результаты из других баз данных по преобразованию микроРНК в мРНК. база данных, веб-сервер [1] [ 23 ]
МБСТАР Многократный подход для определения истинных или функциональных сайтов связывания микроРНК. веб-сервер, прогнозы предсказания [ 24 ]
.

базы данных микроРНК

[ редактировать ]
Имя Описание тип Связь Ссылки
глубокая база deepBase — это база данных для аннотирования и обнаружения малых и длинных нкРНК (микроРНК, миРНК, пиРНК...) на основе данных глубокого секвенирования с высокой пропускной способностью . база данных веб-сайт [ 25 ]
miRBase База данных miRBase — это база данных опубликованных последовательностей и аннотаций микроРНК с возможностью поиска. база данных веб-сайт [ 26 ]
microRNA.org microRNA.org представляет собой базу данных экспериментально наблюдаемых закономерностей экспрессии микроРНК, а также прогнозируемых целей микроРНК и показателей снижения целевой регуляции. база данных веб-сайт [ 27 ]
МИРГЕН 4.0 DIANA-miRGen v4: индексирующие промоторы и регуляторы для более чем 1500 микроРНК база данных веб-сайт [ 28 ]
miRNAMap miRNAMap: геномные карты генов микроРНК и их генов-мишеней в геномах млекопитающих. база данных веб-сайт [ 29 ]
ПМРД PMRD: база данных микроРНК растений база данных веб-сайт [ 30 ]
TargetScan TargetScan7.0 классифицирует микроРНК в соответствии с уровнем их консервативности (т. е. видоспецифичность, консервативность среди млекопитающих или широко консервативность среди позвоночных) и объединяет их в семейства на основе их исходной последовательности. Он также аннотирует консервативные изомиР, используя небольшие наборы данных секвенирования РНК. [ 10 ] база данных веб-сайт [ 10 ]
ВИРМИРНА VIRmiRNA — первый специализированный ресурс по экспериментальным вирусным микроРНК и их мишеням . Этот ресурс также предоставляет всеобъемлющие знания об антивирусных микроРНК, которые, как известно, играют роль в противовирусном иммунитете хозяина. База данных веб-сайт [ 31 ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Бартель, ДП (2009). «МикроРНК: распознавание мишени и регуляторные функции» . Клетка . 136 (2): 215–233. дои : 10.1016/j.cell.2009.01.002 . ПМЦ   3794896 . ПМИД   19167326 .
  2. ^ Ян, Дж.-Х.; Ли, Ж.-Х.; Шао, П.; Чжоу, Х.; Чен, Ю.-Ц.; Цюй, Л.-Х. (2010). «StarBase: база данных для изучения карт взаимодействия микроРНК-мРНК на основе данных Argonaute CLIP-Seq и Degradome-Seq» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D202–D209. дои : 10.1093/нар/gkq1056 . ПМК   3013664 . ПМИД   21037263 .
  3. ^ Ли, Дж. Х.; Лю, С; Чжоу, Х; Цюй, Л.Х.; Ян, Дж. Х. (1 января 2014 г.). «starBase v2.0: декодирование сетей взаимодействия микроРНК-цРНК, микроРНК-нРНК и белок-РНК на основе крупномасштабных данных CLIP-Seq» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (1): Д92-7. дои : 10.1093/нар/gkt1248 . ПМЦ   3964941 . ПМИД   24297251 .
  4. ^ Лю, С; Ли, Дж. Х.; Ву, Дж; Чжоу, КР; Чжоу, Х; Ян, Дж. Х.; Цюй, Л.Х. (18 мая 2015 г.). «StarScan: веб-сервер для сканирования малых мишеней РНК по данным деградомного секвенирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (П1): Ж480-6. дои : 10.1093/нар/gkv524 . ПМЦ   4489260 . ПМИД   25990732 .
  5. ^ Чиу, Хуа-Шэн; Льобет-Навас, Дэвид; Ян, Сюэруй; Чунг, Вэй-Джен; Амбези-Импиомбато, Альберто; Айер, Арчана; Ким, Хёндже «Райан»; Севиур, Елена Г.; Ло, Цзыцзюнь; Сегал, Васудха; Мосс, Тайлер; Лу, Илин; Рам, Прахлад; Сильва, Хосе; Миллс, Гордон Б.; Калифано, Андреа; Сумазин, Павел (февраль 2015 г.). «Купидон: одновременная реконструкция сетей микроРНК-мишени и церРНК» . Геномные исследования . 25 (2): 257–67. дои : 10.1101/гр.178194.114 . ПМЦ   4315299 . ПМИД   25378249 .
  6. ^ Льюис, BP; Бердж CB; Бартель Д.П. (14 января 2005 г.). «Консервативные пары семян, часто окруженные аденозинами, указывают на то, что тысячи человеческих генов являются мишенями микроРНК» . Клетка . 120 (1): 15–20. дои : 10.1016/j.cell.2004.12.035 . ПМИД   15652477 .
  7. ^ Гримсон, А; Фарх, КК; Джонстон, Западная Келли; Гаррет-Энгеле, П; Лим, LP; Бартель, ДП (6 июля 2007 г.). «Специфичность нацеливания микроРНК у млекопитающих: детерминанты, выходящие за рамки спаривания семян» . Молекулярная клетка . 27 (1): 91–105. doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.017 . ПМК   3800283 . ПМИД   17612493 .
  8. ^ Фридман, Р.К.; Фарх, КК; Бердж, CB; Бартель, ДП (январь 2009 г.). «Большинство мРНК млекопитающих являются консервативными мишенями микроРНК» . Геномные исследования . 19 (1): 92–105. дои : 10.1101/гр.082701.108 . ПМЦ   2612969 . ПМИД   18955434 .
  9. ^ Гарсия, DM; Бэк, Д; Шин, С; Белл, ГВ; Гримсон, А; Бартель, ДП (11 сентября 2011 г.). «Слабая стабильность спаривания семян и большое количество целевых сайтов снижают эффективность lsy-6 и других микроРНК» (PDF) . Структурная и молекулярная биология природы . 18 (10): 1139–46. дои : 10.1038/nsmb.2115 . ПМК   3190056 . ПМИД   21909094 .
  10. ^ Перейти обратно: а б с Агарвал, Викрам; Белл, Джордж В.; Нам, Джин-Ву; Бартель, Дэвид П. (12 августа 2015 г.). «Прогнозирование эффективных целевых участков микроРНК в мРНК млекопитающих» . электронная жизнь . 4 : e05005. doi : 10.7554/eLife.05005 . ISSN   2050-084X . ПМЦ   4532895 . ПМИД   26267216 .
  11. ^ Агарвал, В.; Субтельный, АО; Тиру, П; Улицкий, И; Бартель, ДП (4 октября 2018 г.). «Прогнозирование эффективности нацеливания микроРНК на дрозофилу» . Геномная биология . 19 (1): 152. дои : 10.1186/s13059-018-1504-3 . ПМК   6172730 . ПМИД   30286781 .
  12. ^ Сетупати П., Корда Б., Хацигеоргиу А.Г. (2006). «TarBase: обширная база данных экспериментально подтвержденных целей микроРНК животных» . РНК . 12 (2): 192–197. дои : 10.1261/rna.2239606 . ПМЦ   1370898 . ПМИД   16373484 .
  13. ^ Марагкакис М, Алексиу П, Пападопулос ГЛ, Речко М, Даламагас Т, Яннопулос Г, Гумас Г, Кукис Е, Куртис К, Симоссис В.А., Сетупати П, Вергулис Т, Козирис Н, Селлис Т, Цанакас П, Хацигеоргиу А.Г. (2009) . «Точное предсказание цели микроРНК коррелирует с уровнями репрессии белка» . БМК Биоинформатика . 10 :295. дои : 10.1186/1471-2105-10-295 . ПМЦ   2752464 . ПМИД   19765283 .
  14. ^ Сяо Ф, Цзо З, Цай Г, Кан С, Гао Икс, Ли Т (2009). «miRecords: интегрированный ресурс для взаимодействия микроРНК с мишенью» . Нуклеиновые кислоты Рез . 37 (Проблема с базой данных): D105-110. дои : 10.1093/нар/gkn851 . ПМЦ   2686554 . ПМИД   18996891 .
  15. ^ Крек А., Грюн Д., Пой М.Н., Вольф Р., Розенберг Л., Эпштейн Э.Дж., МакМенамин П., да Пьедаде И., Гунсалус К.К., Стоффель М., Раевски Н. (2005). «Комбинаторные предсказания целей микроРНК». Нат Жене . 37 (5): 495–500. дои : 10.1038/ng1536 . ПМИД   15806104 . S2CID   22672750 .
  16. ^ Кертеш М., Иовино Н., Уннерсталл У., Галл У., Сигал Э. (2007). «Роль доступности сайта в распознавании мишени микроРНК». Нат Жене . 39 (10): 1278–84. дои : 10.1038/ng2135 . ПМИД   17893677 . S2CID   1721807 .
  17. ^ Элефант, Наама; Бергер Амнон; Шейн Харель; Хофри Матан; Маргалит Хана ; Алтувия Яэль (январь 2011 г.). «RepTar: база данных предсказанных клеточных мишеней хозяина и вирусных микроРНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D188-94. дои : 10.1093/нар/gkq1233 . ПМК   3013742 . ПМИД   21149264 .
  18. ^ Миранда К.С., Хюинь Т., Тай Ю, Анг Ю.С., Там В.Л., Томсон А.М., Лим Б., Ригуцос I (2006). «Метод идентификации сайтов связывания микроРНК и соответствующих им гетеродуплексов на основе шаблонов» (PDF) . Клетка . 126 (6): 1203–17. дои : 10.1016/j.cell.2006.07.031 . ПМИД   16990141 . S2CID   12749133 .
  19. ^ Сюй С.Д., Линь ФМ, Ву Вай, Лян С., Хуан В.К., Чан В.Л., Цай В.Т., Чен ГЗ, Ли СиДжей, Чиу СМ, Чиен Ч., Ву MC, Хуан С.И., Цоу А.П., Хуан HD (2011). «miRTarBase: база данных курирует экспериментально подтвержденные взаимодействия микроРНК и мишени» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D163-9. дои : 10.1093/нар/gkq1107 . ПМК   3013699 . ПМИД   21071411 .
  20. ^ Сюй С.Д., Ценг Ю.Т., Шреста С., Линь Ю.Л., Халил А., Чжоу Ч., Чу К.Ф., Хуан HY, Линь СМ, Хо С.Ю., Цзянь ТИ, Линь Ф.М., Чанг Т.Х., Венг С.Л., Ляо К.В., Ляо И.Э., Лю CC , Хуан HD (2014). «Обновление miRTarBase 2014: информационный ресурс для экспериментально подтвержденных взаимодействий микроРНК и мишени» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D78-85. дои : 10.1093/нар/gkt1266 . ПМЦ   3965058 . ПМИД   24304892 .
  21. ^ Чжоу Ч, Чанг Н.В., Шреста С., Сюй С.Д., Линь Ю.Л., Ли В.Х., Ян К.Д., Хун Х.К., Вэй Т.И., Ту С.Дж., Цай Т.Р., Хо С.И., Цзянь Т.И., У HY, Чен PR, Линь Н.К., Хуан Х.Т. , Ян Т.Л., Пай С.И., Тай К.С., Чен В.Л., Хуан С.И., Лю CC, Вэн С.Л., Ляо К.В., Сюй WL, Хуан HD (2016). «miRTarBase 2016: обновления экспериментально проверенной базы данных взаимодействий микроРНК-мишени» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Проблема с базой данных): D239-47. дои : 10.1093/nar/gkv1258 . ПМК   4702890 . ПМИД   26590260 .
  22. ^ Чоу Ч, Шреста С, Ян CD, Чанг Н.В., Линь ЮЛ, Ляо К.В., Хуан В.К., Сунь Т.Х., Ту С.Дж., Ли В.Х., Чью М.И., Тай К.С., Вэй Т.И., Цай Т.Р., Хуан Х.Т., Ван С.И., Ву ХИ , Хо С.Ю., Чен П.Р., Чуан Ч., Се П.Дж., Ву Ю.С., Чен В.Л., Ли М.Дж., У Ю.К., Хуан XY, Нг ФЛ, Буддакосай В., Хуан ПК , Лан К.С., Хуан С.И., Вэн С.Л., Ченг Юнь, Лян С., Сюй В.Л., Хуан HD (2018). «Обновление miRTarBase 2018: ресурс для экспериментально подтвержденных взаимодействий микроРНК и мишени» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Проблема с базой данных): D296-302. дои : 10.1093/нар/gkt1266 . ПМЦ   5753222 . ПМИД   29126174 .
  23. ^ Двип Х., Штихт С., Панди П., Гретц Н. (2011). «База данных miRWalk: предсказание возможных сайтов связывания микроРНК путем «прогулки» по генам трех геномов» . Журнал биомедицинской информатики . 44 (5): 839–47. дои : 10.1016/j.jbi.2011.05.002 . ПМИД   21605702 .
  24. ^ Бандиопадхьяй С., Гош Д., Митра Р., Чжао З. (2015). «MBSTAR: множественное обучение для прогнозирования конкретных функциональных сайтов связывания в мишенях микроРНК» . наук. Представитель . 5 : 8004. Бибкод : 2015NatSR...5E8004B . дои : 10.1038/srep08004 . ПМЦ   4648438 . ПМИД   25614300 .
  25. ^ Ян Дж. Х., Шао П., Чжоу Х., Чен Ю. К., Цюй Л. Х. (2010). «deepBase: база данных для глубокого аннотирования и анализа данных глубокого секвенирования» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D123-130. дои : 10.1093/нар/gkp943 . ПМК   2808990 . ПМИД   19966272 .
  26. ^ Гриффитс-Джонс С., Сайни Х.К., ван Донген С., Энрайт А.Дж. (2008). «miRBase: инструменты для геномики микроРНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 36 (Проблема с базой данных): D154–D158. дои : 10.1093/нар/gkm952 . ПМК   2238936 . ПМИД   17991681 .
  27. ^ Бетель Д., Уилсон М., Габоу А., Маркс Д.С., Сандер С. (2007). «Ресурс microRNA.org: цели и экспрессия» . Нуклеиновые кислоты Рез . 36 (Проблема с базой данных): D149-153. дои : 10.1093/нар/gkm995 . ПМК   2238905 . ПМИД   18158296 .
  28. ^ Пердикопанис Н, Георгакилас ГК, Григориадис Д, Пьеррос В, Кавакиотис И, Алексиу П, Хацигеоргиу А (2021). «DIANA-miRGen v4: индексирующие промоторы и регуляторы для более чем 1500 микроРНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 49 (Д1): Д151-159. дои : 10.1093/nar/gkaa1060 . ПМЦ   7778932 . PMID   33245765 .
  29. ^ Сюй П.В., Хуан Х.Д., Сюй С.Д., Линь Л.З., Цоу А.П., Ценг С.П., Стадлер П.Ф., Вашитл С., Хофакер И.Л. (2006). «miRNAMap: геномные карты генов микроРНК и их генов-мишеней в геномах млекопитающих» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (Проблема с базой данных): D135-139. дои : 10.1093/нар/gkj135 . ПМЦ   1347497 . ПМИД   16381831 .
  30. ^ Чжан З, Ю Дж, Ли Д, Чжан З, Лю Ф, Чжоу Икс, Ван Т, Лин Ю, Су З (2010). «PMRD: база данных микроРНК растений» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D806-813. дои : 10.1093/нар/gkp818 . ПМК   2808885 . ПМИД   19808935 .
  31. ^ Куреши, Абид; Тхакур, Нишант; Монга, Иша; Тхакур, Анамика; Кумар, Манодж (1 января 2014 г.). «VIRmiRNA: комплексный ресурс экспериментально подтвержденных вирусных микроРНК и их мишеней» . База данных: Журнал биологических баз данных и курирования . 2014 : бау103. дои : 10.1093/база данных/bau103 . ISSN   1758-0463 . ПМК   4224276 . ПМИД   25380780 .

Дальнейшее чтение

[ редактировать ]
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=MicroRNA_and_microRNA_target_database&oldid=1188063497"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 2af5d5d8b3e5e61109c01946952a82ce__1701563340
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/2a/ce/2af5d5d8b3e5e61109c01946952a82ce.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
MicroRNA and microRNA target database - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)