XCMS онлайн
| Первоначальный выпуск | 25 апреля 2012 г |
|---|---|
| Стабильная версия | 3.7.1
|
| Платформа | Интернет |
| Тип | Программное обеспечение для биоинформатики / масс-спектрометрии |
| Лицензия | Бесплатное / коммерческое программное обеспечение |
| Веб-сайт | xcmsonline |
XCMS Online — это облачная версия оригинальной расширяемой вычислительной масс-спектрометрии (XCMS). [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] технология (биоинформатическое программное обеспечение, предназначенное для статистического анализа данных масс-спектрометрии), созданная лабораторией Сиуздак в Scripps Research . XCMS представила концепцию нелинейного выравнивания времени удерживания, которая позволила проводить статистическую оценку обнаруженных пиков в наборах данных LCMS и GCMS. [ 1 ] XCMS онлайн [ 4 ] был разработан для облегчения анализа XCMS через облачный портал и как более простой способ [ 5 ] (не управляемый командами) способ анализа, визуализации и обмена нецелевыми метаболомными данными. [ 4 ] Кроме того, комбинация XCMS и METLIN [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] позволяет идентифицировать известные молекулы с использованием данных тандемной масс-спектрометрии METLIN, а также позволяет идентифицировать неизвестные (неохарактеризованные молекулы) посредством поиска по сходству данных тандемной масс-спектрометрии. [ 9 ] [ 8 ] [ 10 ] XCMS Online также стал инструментом системной биологии для интеграции различных наборов омических данных. [ 11 ] По состоянию на январь 2021 г. [ 12 ] Платформа XCMSOnline - METLIN имеет более 44 000 зарегистрированных пользователей. XCMS - METLIN был признан в 2023 году лучшей аналитической инновацией года. [ 10 ]
XCMS Online работает путем сравнения групп необработанных или предварительно обработанных метаболомных данных для обнаружения метаболитов с использованием таких методов, как нелинейное выравнивание времени удерживания, а также обнаружение и сопоставление признаков. После завершения анализа данные можно просмотреть несколькими различными способами, в том числе с помощью пузырьковых диаграмм, тепловых карт, хроматограмм и коробчатых диаграмм. Кроме того, XCMS Online интегрирован с METLIN — большой базой данных метаболитов. [ 1 ] [ 13 ] Следующие форматы файлов поддерживаются для прямой загрузки на сайт. [ 14 ]
| Тип файла | Продавец |
|---|---|
| мзXML | Открытый формат |
| мздата | Открытый формат |
| .cdf | NetCDF (AIA/ANDI) |
| папки .d | Аджилент, Пользователь |
| .вифф | SCIEX |
| Папки .RAW | Воды |
| .RAW-файлы | Термо |
История
[ редактировать ]В 2005 году лаборатория Сиуздак создала инструмент с открытым исходным кодом под названием XCMS. [ 1 ] языке программирования Р. на Заметив необходимость в более доступном графическом инструменте обработки данных, в 2012 году они создали облачную систему XCMS Online. [ 4 ] [ 15 ] Возможность для пользователей передавать данные непосредственно с приборов во время их сбора была добавлена в 2014 году. [ 16 ] Также в том же году была выпущена коммерческая версия под названием XCMS Plus (принадлежащая Mass Consortium Corporation), а в 2015 году SCIEX стала реселлером. [ 17 ] В 2017 году было показано, что XCMS Online можно использовать в рабочем процессе системной биологии . [ 18 ] Год спустя, в отсутствие общедоступной альтернативы, была выпущена версия XCMS Online с возможностью выполнения мониторинга множественных реакций (MRM). [ 19 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д Смит, Колин А.; Хочу, Элизабет Дж.; О'Мэйл, Грейс; Абагян, Рубен; Сюздак, Гэри (февраль 2006 г.). «XCMS: обработка данных масс-спектрометрии для определения профиля метаболитов с использованием нелинейного выравнивания пиков, сопоставления и идентификации». Аналитическая химия . 78 (3): 779–787. дои : 10.1021/ac051437y . ПМИД 16448051 .
- ^ Доминго-Альменара, Ксавьер; Сюздак, Гэри (2020), Ли, Шужао (редактор), «Обработка метаболомных данных с использованием XCMS» , Вычислительные методы и анализ данных для метаболомики , Методы молекулярной биологии, Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer US, стр. 11–24, дои : 10.1007/978-1-0716-0239-3_2 , ISBN 978-1-0716-0239-3 , получено 19 июля 2023 г.
- ^ Хейм, Виласини; Айспорна, Овен; Хоанг, Линь; Бентон, Х. Пол; Сюздак, Гэри (2023), Иванишевич, Юлиана; Гиера, Мартин (ред.), «Тандемная масс-спектрометрия METLIN и базы данных нейтральных потерь для идентификации микробных натуральных продуктов и других химических веществ» , Практическое руководство по применениям метаболомики в здравоохранении и заболеваниях: от образцов к пониманию метаболизма , Учебные материалы в области биологических наук, Cham: Springer International Publishing, стр. 105–124, doi : 10.1007/978-3-031-44256-8_5 , ISBN 978-3-031-44256-8 , получено 1 марта 2024 г.
- ^ Jump up to: а б с Таутенхан, Ральф; Патти, Гэри Дж.; Райнхарт, Дуэйн; Сюздак, Гэри (5 июня 2012 г.). «XCMS Online: веб-платформа для обработки нецелевых метаболомических данных» . Аналитическая химия . 84 (11): 5035–5039. дои : 10.1021/ac300698c . ПМК 3703953 . ПМИД 22533540 .
- ^ Гауда, Харша; Иванишевич, Юлиана; Джонсон, Кэролайн Х.; Курчи, Майкл Э.; Бентон, Х. Пол; Райнхарт, Дуэйн; Нгуен, Томас; Рэй, Джаяшри; Кюль, Дженнифер; Аревало, Бернардо; Вестенскоу, Питер Д. (15 июля 2014 г.). «Интерактивный XCMS Online: упрощение расширенной обработки метаболомных данных и последующего статистического анализа» . Аналитическая химия . 86 (14): 6931–6939. дои : 10.1021/ac500734c . ISSN 0003-2700 . ПМЦ 4215863 . ПМИД 24934772 .
- ^ Смит, Колин А.; Майль, Грейс О'; Хочу, Элизабет Дж.; Цинь, Чуан; Траугер, Суния А.; Брэндон, Теодор Р.; Кастодио, Дарлин Э.; Абагян, Рубен; Сюздак, Гэри (декабрь 2005 г.). «МЕТЛИН: База данных масс-спектров метаболитов» . Терапевтический лекарственный мониторинг . 27 (6): 747–751. дои : 10.1097/01.ftd.0000179845.53213.39 . ISSN 0163-4356 . ПМИД 16404815 . S2CID 14774455 .
- ^ Таутенхан, Ральф; Чо, Кевин; Уритбунтхай, Винни; Чжу, Чжэнцзян; Патти, Гэри Дж.; Сюздак, Гэри (сентябрь 2012 г.). «Ускоренный рабочий процесс нецелевой метаболомики с использованием базы данных МЕТЛИН» . Природная биотехнология . 30 (9): 826–828. дои : 10.1038/nbt.2348 . ISSN 1546-1696 . ПМЦ 3666346 . ПМИД 22965049 .
- ^ Jump up to: а б Гихас, Карлос; Монтенегро-Берк, Дж. Рафаэль; Доминго-Альменара, Ксавьер; Палермо, Амелия; Варт, Бенедикт; Германн, Геррит; Келленспергер, Гунда; Хуан, Тао; Уритбунтхай, Винни; Айспорна, Овен Э.; Волан, Деннис В. (06 марта 2018 г.). «МЕТЛИН: технологическая платформа для идентификации известных и неизвестных» . Аналитическая химия . 90 (5): 3156–3164. дои : 10.1021/acs.analchem.7b04424 . ISSN 0003-2700 . ПМЦ 5933435 . ПМИД 29381867 .
- ^ Бентон, HP; Вонг, DM; Траугер, SA; Сюздак, Г. (1 августа 2008 г.). «XCMS2: Обработка данных тандемной масс-спектрометрии для идентификации метаболитов и структурной характеристики» . Аналитическая химия . 80 (16): 6382–6389. дои : 10.1021/ac800795f . ISSN 0003-2700 . ПМК 2728033 . ПМИД 18627180 .
- ^ Jump up to: а б «Премия ученых-аналитиков за инновации 2023» . Ученый-аналитик . 12 декабря 2023 г. Проверено 14 декабря 2023 г.
- ^ Хуан, Тао; Форсберг, Эрика М.; Райнхарт, Дуэйн; Джонсон, Кэролайн Х.; Иванишевич, Юлиана; Бентон, Х. Пол; Фанг, Минлян; Айспорна, Овен; Хилмерс, Брайан; Пул, Фаррис Л.; Торгерсен, Майкл П. (май 2017 г.). «Системная биология под руководством метаболомики XCMS Online» . Природные методы . 14 (5): 461–462. дои : 10.1038/nmeth.4260 . ISSN 1548-7105 . ПМЦ 5933448 . ПМИД 28448069 .
- ^ Маджумдер, Эрика Л.-В.; Биллингс, Элизабет М.; Бентон, Х. Пол; Мартин, Ричард Л.; Палермо, Амелия; Гихас, Карлос; Риншен, Маркус М.; Доминго-Альменара, Ксавьер; Монтенегро-Берк, Дж. Рафаэль; Тагтоу, Брэдли А.; Пламб, Роберт С. (22 января 2021 г.). «Когнитивный анализ данных метаболомики для системной биологии» . Протоколы природы . 16 (3): 1376–1418. дои : 10.1038/s41596-020-00455-4 . ISSN 1750-2799 . ОСТИ 1774918 . ПМЦ 10357461 . ПМИД 33483720 . S2CID 231687415 .
- ^ Гауда, Харша; Иванишевич, Юлиана; Джонсон, Кэролайн Х.; Курчи, Майкл Э.; Бентон, Х. Пол; Райнхарт, Дуэйн; Нгуен, Томас; Рэй, Джаяшри; Кюль, Дженнифер; Аревало, Бернардо; Вестенскоу, Питер Д.; Ван, Цзюньхуа; Аркин, Адам П.; Дойчбауэр, Адам М.; Патти, Гэри Дж.; Сюздак, Гэри (25 июня 2014 г.). «Интерактивный XCMS Online: упрощение расширенной обработки метаболомных данных и последующего статистического анализа» . Аналитическая химия . 86 (14): 6931–6939. дои : 10.1021/ac500734c . ПМЦ 4215863 . ПМИД 24934772 .
- ^ «XCMS Online — Документация» . xcmsonline.scripps.edu .
- ^ Перкель, Джеффри М. «Назовите этот метаболит!» . Журнал «Ученый»® . Ученый . Проверено 25 июня 2019 г.
- ^ Райнхарт, Дуэйн; Джонсон, Кэролайн Х.; Нгуен, Томас; Иванишевич, Юлиана; Бентон, Х. Пол; Ллойд, Джессика; Аркин, Адам П.; Дойчбауэр, Адам М.; Патти, Гэри Дж.; Сюздак, Гэри (июнь 2014 г.). «Потоковая передача метаболомических данных для сбора биологически зависимых данных» . Природная биотехнология . 32 (6): 524–527. дои : 10.1038/nbt.2927 . ISSN 1546-1696 . ПМК 4112958 . ПМИД 24911492 .
- ^ Эванс, Джон. «SCIEX становится эксклюзивным реселлером XCMS plus - Новости - SpectrographyNOW.com» . www.spectrocracynow.com . Спектроскопия сейчас . Проверено 25 июня 2019 г.
- ^ Хуан, Тао; Форсберг, Эрика М; Райнхарт, Дуэйн; Джонсон, Кэролайн Х; Иванишевич, Юлиана; Бентон, Х. Пол; Фанг, Минлян; Айспорна, Овен; Хилмерс, Брайан; Пул, Фаррис Л.; Торгерсен, Майкл П; Адамс, Майкл WW; Кранц, Грегори; Филдс, Мэтью В.; Роббинс, Пол Д.; Нидернхофер, Лаура Дж; Идекер, Трей; Маджамдер, Эрика Л; Уолл, Джуди Д.; Рэттрей, Николас Дж.В.; Гудакр, Ройстон; Лэрсон, Люк Л; Сюздак, Гэри (1 мая 2017 г.). «Системная биология под руководством метаболомики XCMS Online» . Природные методы . 14 (5): 461–462. дои : 10.1038/nmeth.4260 . ПМЦ 5933448 . ПМИД 28448069 .
- ^ Доминго-Альменара, Ксавьер; Монтенегро-Берк, Дж. Рафаэль; Иванишевич, Юлиана; Томас, Орельен; Сидибе, Джонатан; Тив, Тони; Гихас, Карлос; Айспорна, Овен Э.; Райнхарт, Дуэйн; Хоанг, Линь; Нордстрем, Андерс; Гомес-Ромеро, Мария; Уилли, Люк; Льюис, Мэтью Р.; Николсон, Джереми К.; Бентон, Х. Пол; Сюздак, Гэри (27 августа 2018 г.). «XCMS-MRM и METLIN-MRM: облачная библиотека и общедоступный ресурс для целевого анализа малых молекул» . Природные методы . 15 (9): 681–684. дои : 10.1038/s41592-018-0110-3 . ПМК 6629029 . ПМИД 30150755 .