ДЭЙВИД
| Стабильная версия | 2021.2024кв1
/ январь 2024 г |
|---|---|
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | Бесплатное ПО [ 1 ] |
| Веб-сайт | Дэйвид |
DAVID ( база данных для аннотаций, визуализации и комплексных открытий ) — это бесплатный онлайн- ресурс по биоинформатике , разработанный Лабораторией ретровирусологии и иммуноинформатики человека ( LHRI ). [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] Все инструменты в ресурсах DAVID по биоинформатике направлены на обеспечение функциональной интерпретации больших списков генов, полученных в результате геномных исследований, например, исследований на основе микрочипов и протеомики . ДАВИДА можно найти по адресу https://david.ncifcrf.gov/.
Ресурсы DAVID по биоинформатике состоят из базы знаний DAVID и пяти интегрированных веб-инструментов для функциональных аннотаций: инструмент функциональной классификации генов DAVID, инструмент функциональных аннотаций DAVID, инструмент преобразования идентификатора гена DAVID, программа просмотра имен генов DAVID и DAVID NIAID. Браузер генома патогена. Расширенная база знаний DAVID теперь объединяет почти все основные и известные общедоступные биоинформатические ресурсы, централизованные с помощью концепции генов DAVID, метода одиночной связи для агломерации десятков миллионов разнообразных идентификаторов генов/белков и терминов аннотаций из различных общедоступных баз данных биоинформатики. Для любого загруженного списка генов ресурсы DAVID теперь предоставляют не только типичный анализ обогащения генных терминов, но также новые инструменты и функции, которые позволяют пользователям объединять большие списки генов в функциональные группы генов, преобразовывать идентификаторы генов/белков, визуализировать множество отношения генов ко многим терминам, кластеризация избыточных и гетерогенных терминов в группы, поиск интересных и связанных генов или терминов, динамический просмотр генов из их списков на биологических путях и многое другое.
Обновление DAVID 2021 было выпущено в декабре 2021 года. [ 8 ] Базу знаний планируется обновлять ежеквартально.
Функциональность
[ редактировать ]DAVID предоставляет исследователям полный набор функциональных инструментов аннотации, позволяющих понять биологический смысл большого списка генов. Для любого заданного списка генов инструменты DAVID могут:
- Определите расширенные биологические темы, особенно термины GO.
- Откройте для себя обогащенные функционально связанные группы генов
- Термины избыточной аннотации кластера
- Визуализация генов на BioCarta и KEGG картах путей
- Отобразите связанные термины «многие гены-ко-многим» в двухмерном представлении.
- Поиск других функционально связанных генов, которых нет в списке.
- Перечислите взаимодействующие белки
- Исследуйте имена генов в пакетном режиме
- Свяжите ассоциации генов и заболеваний
- Выделить функциональные домены и мотивы белка
- Перенаправление на соответствующую литературу
- Преобразуйте идентификаторы генов из одного типа в другой.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- https://david-d.ncifcrf.gov/
- Аннотация GO растений для 165 видов и анализ обогащения GO. Архивировано 8 февраля 2017 г. на Wayback Machine.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Лицензия: пользователи из академических, некоммерческих и государственных учреждений могут свободно использовать EASE» . Архивировано из оригинала 15 октября 2011 г. Проверено 4 февраля 2012 г.
- ^ Хуанг Д.В., Лемпицки Р.А. (2009). «Систематический и интегративный анализ больших списков генов с использованием ресурсов биоинформатики DAVID». Протоколы природы . 4 (1): 44–57. дои : 10.1038/nprot.2008.211 . ПМИД 19131956 . S2CID 10418677 .
- ^ Шерман Б.Т., Хуан Д.В., Тан К., Го И., Бур С., Лю Д., Стивенс Р., Базелер М.В., Лейн Х.К., Лемпицки Р.А. (2007). «База знаний DAVID: генно-ориентированная база данных, объединяющая ресурсы гетерогенных аннотаций генов для облегчения высокопроизводительного функционального анализа генов» . БМК Биоинформатика . 8 : 426. дои : 10.1186/1471-2105-8-426 . ПМК 2186358 . ПМИД 17980028 .
- ^ Хуанг Д.В., Шерман Б.Т., Тан К., Коллинз Дж.Р., Алворд В.Г., Роаяи Дж., Стивенс Р., Базелер М.В., Лейн ХК, Лемпицки Р.А. (2007). «Инструмент функциональной классификации генов DAVID: новый алгоритм, ориентированный на биологические модули, для функционального анализа больших списков генов» . Геном Биол . 8 (9): 183 р. дои : 10.1186/gb-2007-8-9-r183 . ПМК 2375021 . ПМИД 17784955 .
- ^ Хуан Да, ХК; Шерман, БТ; Тан, Кью; Кир, Дж; Лю, Д; Брайант, Д; Го, Ю; Стивенс, Р; и др. (2007). «Ресурсы DAVID по биоинформатике: расширенная база данных аннотаций и новые алгоритмы для лучшего извлечения биологических данных из больших списков генов» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (проблема с веб-сервером): W169–75. дои : 10.1093/нар/gkm415 . ЧВК 1933169 . ПМИД 17576678 .
- ^ Хосак; Деннис-младший, Дж; Шерман, БТ; Лейн, ХК; Лемпицки, Р.А. (2003). «Определение биологических тем в списках генов с помощью EASE» . Геномная биология . 4 (10): 70 рандов. дои : 10.1186/gb-2003-4-10-r70 . ПМК 328459 . ПМИД 14519205 .
- ^ Деннис-младший; Шерман, БТ; Хосак, Д.А.; Ян, Дж; Гао, Вт; Лейн, ХК; Лемпицки, Р.А. (2003). «DAVID: База данных для аннотаций, визуализации и интегрированного обнаружения» . Геномная биология . 4 (5): П3. дои : 10.1186/gb-2003-4-5-p3 . ЧВК 193660 . ПМИД 12734009 .
- ^ Информация о выпуске и версии, Ресурсы ДЭВИДА по биоинформатике.