Марк Богуски
 | Эта статья содержит контент, написанный как реклама . ( Август 2019 г. ) |
Марк Богуски | |
|---|---|
 Богуский в сентябре 2013 года |
Марк С. Богуски (умер 18 марта 2021 г.) [1] [2] был американским патологом, специализирующимся на вычислительном анализе и структурной биологии . В 2001 году он был избран членом Национальной медицинской академии США и Американского колледжа медицинской информатики . [3] [4]
Образование [ править ]
В декабре 1986 года Богуски получил степень доктора медицины на медицинском факультете Вашингтонского университета и степень доктора философии. Получил степень доктора молекулярной биологии в рамках программы подготовки медицинских ученых Отдела биологии и биомедицинских наук в Сент-Луисе , штат Миссури . [5] [6] Он был первым аспирантом, наставником которого был Джеффри И. Гордон .
медицинского персонала В 1989 году Богуски стал научным сотрудником под руководством Дэвида Дж. Липмана в Национальном институте диабета, заболеваний органов пищеварения и почек США Национального института здравоохранения . Он присоединился к Национальному центру биотехнологической информации в качестве исследователя в 1990 году и занял должность старшего исследователя в 1995 году. [ нужна ссылка ]
Карьера [ править ]
Богуски работал на факультетах Национальных институтов здравоохранения, Медицинской школы Университета Джонса Хопкинса , Гарвардской медицинской школы , а также работал руководителем в биотехнологической и фармацевтической промышленности. Он был бывшим вице-президентом и руководителем отдела генома и белковых наук в компании Novartis . В 2014 году он стал главным медицинским директором компании Liberty BioSecurity, LLC и основал сеть точной медицины.
Ранее он занимал должность главного редактора журнала Genomics и написал серию книг под названием Reimagining Cancer . [7]
Исследования [ править ]
Биоинформатика и вычислительная биология [ править ]
Работа Богуски в области вычислительной биологии включала разработку алгоритмов (например, сэмплер Гиббса , интеллектуальный анализ текста ), проектирование, разработку и внедрение баз данных (dbEST, XREFdb, ArrayDB), а также интеллектуальный анализ данных, анализ данных и аннотирование данных. В частности, одна из работ по созданию базы данных — база данных тегов выраженных последовательностей (dbEST, [8] 1993), внес вклад в открытие генов и последующие поколения приложений геномики, а именно картирование транскриптов, проектирование и создание микрочипов, открытие in silico полиморфизмов одиночных нуклеотидов и, в конечном итоге, анализ и аннотацию генома человека .
Исследования генома и протеома [ править ]
- Исследовательская группа Бугоски ввела термин «сравнительная геномика» в 1995 году для описания своей работы по крупномасштабному анализу последовательностей гомологов генов болезней человека в модельных организмах . [9] Первая база данных сравнительной геномики, XREFdb, была составлена на основе исследований группы тысяч наборов генов человека, крыс, мышей, дрозофил , нематод и дрожжей. XREFdb установил основные эволюционные параметры для интерпретации консервативных генов, кодирующих белки, в геноме человека . [10]
- Картирование транскриптов - кластеры генов человека и EST («UniGenes»). [11] ) были использованы для создания первой комплексной карты транскриптов генома человека. [12] (1996, 1998 [13] ). Исторически это был первый случай, когда академический журнал Science использовал Всемирную паутину для публикации результатов, предоставления информационных ресурсов с гиперссылками и дополнительных наборов данных. Эти карты облегчили и ускорили позиционное клонирование сотен генов, и этот подход к картированию широко применялся к другим организмам.
- Функциональная геномика . Группа Богуски использовала человеческие UniGenes для разработки и создания первого микроматрицы кДНК человека (представляющего 10 000 генов) и первыми предоставила строгое определение функциональной геномики. [14] для сообщества. Во время творческого отпуска в NHGRI их группа внедрила первую реляционную базу данных и систему анализа ArrayDB для данных микрочипов. Этот дизайн был скопирован многочисленными академическими и коммерческими группами. Их группа также первой применила методы статистического анализа текста. [15] к интерпретации профилей экспрессии генов . В журнале Genome Issue of Nature за 2001 год они сразу же после первой публикации последовательности человеческого генома опубликовали статью, показывающую, как использовать технологию микрочипов для экспериментального аннотирования и корректировки компьютерных предсказаний генов.
- Фармакогеномика . Они клонировали и секвенировали прегнан X-рецептор. [16] который кодирует ключевой фактор транскрипции , регулирующий экспрессию генов, кодирующих ферменты, метаболизирующие лекарства и ксенобиотики. Они также идентифицировали полиморфизм функциональных последовательностей в промоторах этих генов, цитохромах P450 3A ( CYP3A ), и изучили генотипы и соответствующие молекулярные фенотипы в нескольких популяциях, различающихся по своим способностям к метаболизму лекарств.
- Нейрогеномика . Они первыми применили геномные подходы к нейробиологии, создав комплексную трехмерную карту транскриптов мозга мыши, Атлас мозга Аллена . [17]
- Протеомика и интеллектуальный анализ знаний . В Novartis подразделение Богуски отвечало за применение технологий протеомики и компьютерной системной биологии интеллектуального анализа знаний для открытия мишеней лекарств и биомаркеров . [18]
Ссылки [ править ]
- ^ Некролог Марка Богуски, доктора медицинских наук.
- ↑ Признаки и симптомы самоубийства , 23 марта 2021 г.
- ^ Профиль члена , Национальная Медицинская Академия . Доступ 26 августа 2019 г.
- ^ Профиль сотрудника , Американский колледж медицинской информатики . Доступ 26 августа 2019 г.
- ^ «Отдел биологии и биомедицинских наук» . dbbs.wustl.edu .
- ^ «Программа подготовки медицинских работников» . mstp.wustl.edu .
- ^ Редакционный совет , Геномика , вып. 85, нет. 1 (2005), с. МФК
- ^ «Что такое dbEST?» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
- ^ «Перекрестные ссылки генома и XREFdb: значение для идентификации и анализа генов, мутирующих при заболеваниях человека» (PDF) .
- ^ «Эволюционные параметры транскрибируемого генома млекопитающих: анализ 2820 ортологичных видов грызунов и человека» (PDF) .
- ^ «Создание карты транскриптов человека» (PDF) .
- ^ «Карта человеческого транскрипта» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
- ^ «ГеннаяКарта'99» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
- ^ «Функциональная геномика: все зависит от того, как вы это читаете» (PDF) .
- ^ «Гены, темы и микрочипы» (PDF) .
- ^ ген рецептора прегнана X (PXR)
- ^ Атлас мозга Аллена
- ^ «Протеомика и интеллектуальный анализ при открытии лекарств и биомаркеров» (PDF) .
Внешние ссылки [ править ]
| Международный | |
|---|---|
| Национальный | |
