Дэвид Дж. Липман
Дэвид Липман | |
|---|---|
 Дэвид Липман в июне 2013 года | |
| Рожденный | Дэвид Дж. Липман |
| Альма-матер | Брауновский университет Университет в Буффало, Государственный университет Нью-Йорка |
| Известный | Влияние на развитие BLAST (биотехнологии) [3] |
| Награды | Премия ISCB старшему учёному Член Национальной академии наук США Член ISCB [1] |
| Научная карьера | |
| Поля | Биоинформатика Вычислительная биология Методы сравнения последовательностей Сравнительная геномика Молекулярная эволюция |
| Учреждения | Национальный центр биотехнологической информации Брауновский университет Университет в Буффало, Государственный университет Нью-Йорка |
| Известные студенты | Стивен Альтшул [2] Марк Богуски [ нужна ссылка ] |
| Веб-сайт | www |
Дэвид Дж. Липман — американский биолог , который с 1989 г. [3] по 2017 год был директором Национального центра биотехнологической информации (NCBI) при Национальных институтах здравоохранения . [4] [5] NCBI является домом GenBank , [6] американский узел Международного консорциума баз данных последовательностей и PubMed , один из наиболее активно используемых сайтов в мире для поиска и получения биомедицинской информации. Липман — один из первых авторов программы выравнивания последовательностей BLAST и уважаемый деятель в области биоинформатики . [7] [8] [9] В 2017 году он покинул NCBI и стал главным научным сотрудником Impossible Foods . [10]
Образование
[ редактировать ]Липман получил степень бакалавра в Университете Брауна и степень доктора медицины в 1980 году в Университете Буффало, Государственный университет Нью-Йорка. [11]
Карьера
[ редактировать ]Липман был директором-основателем Национального центра биотехнологической информации , входящего в состав Национальной медицинской библиотеки Национального института здравоохранения США. Под его руководством NCBI выросла с менее чем дюжины человек до более чем 500 научных сотрудников и теперь содержит сотни научных и медицинских баз данных, включая GenBank , PubMed , PubMed Central , dbGaP, dbSNP, Sequence Read Archive (SRA), RefSeq. , PubChem и многие другие. В программу внутренних исследований NCBI вошли группы под руководством Стивена Альтшула (еще одного соавтора BLAST), Дэвида Ландсмана, Юджина Кунина. [12] (плодовитый автор сравнительной геномики ) и Л. Аравинд.
Липман очень хорошо известен своей плодотворной работой над серией алгоритмов сходства последовательностей, начиная с алгоритма Уилбура-Липмана. [13] алгоритм 1983 года, FASTA поиск [14] [15] в 1985 году, ВЗРЫВ [16] в 1990 году, а также Gapped BLAST и PSI-BLAST. [17] в 1997 году. BLAST со временем стала наиболее широко используемой и часто цитируемой (более 160 000 цитирований по состоянию на 2021 год) программой выравнивания последовательностей в этой области, а сервер NCBI BLAST сегодня является одним из наиболее часто используемых ресурсов.
Липман также много лет работал с Деннисом А. Бенсоном и другими в NCBI над поддержанием и улучшением GenBank , одной из крупнейших в мире баз данных геномов и данных о последовательностях белков. GenBank вместе с Европейским архивом нуклеотидов и Банком данных ДНК Японии образуют Международное сотрудничество по базам данных нуклеотидных последовательностей (INSDC), полностью открытую, неограниченную базу данных последовательностей генома, которая с 1990 года является мировым хранилищем таких данных. [18] [19] [20]
Он был одним из инициаторов проекта секвенирования генома гриппа — проекта по секвенированию и предоставлению доступа к геномам тысяч изолятов вируса гриппа. [ нужна ссылка ]
Он был одним из первых, кто подписал Заявление Bethesda об издательской деятельности в открытом доступе . [ нужна ссылка ]
Он также является редактором открытого доступа рецензируемого главным онлайн -журнала Biology Direct . [21]
В мае 2017 года Липман оставил свою должность в NCBI и присоединился к компании по производству растительного мяса Impossible Foods в качестве главного научного директора. [22]
Награды и почести
[ редактировать ]Липман получил премию Ассоциации предприятий по производству биомолекулярных ресурсов за выдающийся вклад в биомолекулярные технологии в 1996 году.
В 2000 году он был избран членом Национальной медицинской академии . [23]
В 2004 году он был награжден премией старшего научного сотрудника ISCB и избран научным сотрудником ISCB в 2009 году Международным обществом вычислительной биологии . [1] [24]
В 2005 году доктор Липман был избран членом Национальной академии наук США . [ нужна ссылка ]
В 2013 году он получил награду Белого дома «Поборник перемен за открытую науку». [25] [26]
В 2023 году он был удостоен премии Фонда Уоррена Альперта . [27]
Ссылки
[ редактировать ]
- ^ Jump up to: а б Анон (2017). «Стипендиаты ISCB» . iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала 20 марта 2017 г.
- ^ «Смысл последовательностей: Стивен Ф. Альтшул об улучшении BLAST» . 2000. Архивировано из оригинала 7 октября 2007 г.
- ^ Jump up to: а б «Научно-исследовательский институт публикует генные данные в Интернете» . Нью-Йорк Таймс . 26 июня 1997 г.
- ^ «Дэвид Дж. Липман, доктор медицинских наук, директор Национального центра биотехнологической информации» . Архивировано из оригинала 26 сентября 2013 г.
- ^ «Открытый доступ сейчас | Разговор с Дэвидом Липманом» . Biomedcentral.com . Архивировано из оригинала 29 июня 2011 года . Проверено 2 июля 2011 г.
- ^ Бенсон, Д.А.; Карш-Мизрачи, И.; Липман, диджей; Остелл, Дж.; Уиллер, Д.Л. (2007). «ГенБанк» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D25–D30. дои : 10.1093/нар/gkm929 . ПМК 2238942 . ПМИД 18073190 .
- ^ «Дэвид Липман – Академия Google» . Scholar.google.com . Проверено 26 марта 2017 г.
- ^ Публикации Дэвида Дж. Липмана , индексированные Microsoft Academic [ мертвая ссылка ]
- ^ Дэвид Дж. Липман на DBLP библиографическом сервере
- ^ «Национальная медицинская библиотека объявляет об уходе директора NCBI доктора Дэвида Липмана» . www.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2017 г.
- ^ «Биография Дэвида Дж. Липмана, доктора медицины» . nih.gov . Архивировано из оригинала 11 февраля 2017 г. Проверено 9 февраля 2017 г.
- ^ Татусов, Р.Л.; Кунин Е.В.; Липман, диджей (1997). «Геномный взгляд на белковые семейства» . Наука . 278 (5338): 631–637. Бибкод : 1997Sci...278..631T . дои : 10.1126/science.278.5338.631 . ПМИД 9381173 .
- ^ Уилбур, WJ; Липман, диджей (1983). «Быстрый поиск сходства в банках данных нуклеиновых кислот и белков» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 80 (3): 726–730. Бибкод : 1983PNAS...80..726W . дои : 10.1073/pnas.80.3.726 . ПМЦ 393452 . ПМИД 6572363 .
- ^ Липман, Д.; Пирсон, В. (1985). «Быстрый и чувствительный поиск сходства белков». Наука . 227 (4693): 1435–1441. Бибкод : 1985Sci...227.1435L . дои : 10.1126/science.2983426 . ПМИД 2983426 .
- ^ Пирсон, WR; Липман, диджей (1988). «Улучшенные инструменты сравнения биологических последовательностей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 85 (8): 2444–2448. Бибкод : 1988PNAS...85.2444P . дои : 10.1073/pnas.85.8.2444 . ПМК 280013 . ПМИД 3162770 .
- ^ Альтшул, Стивен ; Гиш, Уоррен ; Миллер, Уэбб ; Майерс, Юджин ; Липман, Дэвид (1990). «Базовый инструмент поиска локального выравнивания» . Журнал молекулярной биологии . 215 (3): 403–410. дои : 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 . ПМИД 2231712 . S2CID 14441902 .
- ^ Альтшул, С. ; Мэдден, TL; Шеффер, А.А.; Чжан, Дж.; Чжан, З.; Миллер, В .; Липман, диджей (1997). «Gapped BLAST и PSI-BLAST: новое поколение программ поиска по базам данных белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 25 (17): 3389–3402. дои : 10.1093/нар/25.17.3389 . ПМК 146917 . ПМИД 9254694 .
- ^ Бенсон, Д.А.; Кавано, М.; Кларк, К.; Карш-Мизрачи, И.; Липман, диджей; Остелл, Дж.; Сэйерс, EW (2012). «ГенБанк» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D36–D42. дои : 10.1093/nar/gks1195 . ПМК 3531190 . ПМИД 23193287 .
- ^ Бенсон, Д.А.; Карш-Мизрачи, И.; Кларк, К.; Липман, диджей; Остелл, Дж.; Сэйерс, EW (2011). «ГенБанк» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D48–D53. дои : 10.1093/nar/gkr1202 . ПМК 3245039 . ПМИД 22144687 .
- ^ Бенсон, Д.А.; Карш-Мизрачи, И.; Липман, диджей; Остелл, Дж.; Сэйерс, EW (2010). «ГенБанк» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D32–D37. дои : 10.1093/нар/gkq1079 . ПМК 3013681 . ПМИД 21071399 .
- ^ «Биология Директ | Редколлегия» . Архивировано из оригинала 30 сентября 2011 г. Проверено 28 октября 2011 г.
- ^ «Национальная медицинская библиотека объявляет об уходе директора NCBI доктора Дэвида Липмана» . www.nlm.nih.gov . Проверено 4 мая 2017 г.
- ^ «Медицинский институт выбирает новых членов» .
- ^ «ISCB называет лауреата премии за заслуги перед старшим ученым 2004 года, доктора Дэвида Липмана, информационный бюллетень ISCB 7-3» . Iscb.org . Проверено 2 июля 2011 г.
- ^ «Открытая наука | Белый дом» . Белый дом . Архивировано из оригинала 21 января 2017 г. Проверено 2 апреля 2016 г. - из Национального архива .
- ^ «Доктор Дэвид Липман получает награду Белого дома «Чемпионы перемен за открытую науку» от имени NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 2 апреля 2016 г.
- ^ Премия Фонда Уоррена Альперта 2023 г.
