Международное сотрудничество по базе данных нуклеотидных последовательностей
Международное сотрудничество по базам данных нуклеотидных последовательностей ( INSDC ) представляет собой совместную работу по сбору и распространению баз данных, содержащих последовательности ДНК и РНК . [1] Он включает в себя следующие компьютеризированные базы данных : Япония ( Банк данных ДНК Японии ) , GenBank ( NCBI архив США ) и EMBL - EBI Европейский нуклеотидов ( EMBL ). Новые и обновленные данные о нуклеотидных последовательностях, внесенные исследовательскими группами в каждую из трех баз данных, синхронизируются ежедневно благодаря постоянному взаимодействию между сотрудниками каждой сотрудничающей организации.
Все данные в INSDC доступны для бесплатного и неограниченного доступа для любых целей без ограничений на анализ, распространение или повторную публикацию данных. Эта политика была основополагающим принципом INSDC с момента его создания. [2] Официальное заявление о политике можно найти по адресу http://www.insdc.org/ . [3] С 1990-х годов большинство крупных научных журналов мира потребовали, чтобы данные о последовательностях были помещены в базу данных INSDC в качестве предварительного условия для публикации.
Синхронизация DDBJ . / EMBL-EBI / GenBank поддерживается в соответствии с рядом рекомендаций, разработанных и опубликованных Международным консультативным советом [4] Рекомендации состоят из общего определения таблиц характеристик. [5] для баз данных, которые регулируют содержание и синтаксис записей базы данных, [6] в виде общего DTD ( Определение типа документа ).
Синтаксис называется INSDSeq, и его ядро состоит из буквенной последовательности экспрессии гена ( аминокислотной последовательности) и буквенной последовательности нуклеотидных оснований в гене или декодируемом сегменте. В операции DBFetch показывает типичную запись INSD в базе данных EMBL-EBI; [7] та же запись в NCBI. [8]
См. также
[ редактировать ]- Биоинформатика
- Биологическая база данных
- Список биологических баз данных
- Национальный центр биотехнологической информации
- База данных последовательностей
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Карш-Мизрачи, И.; Накамура, Ю.; Кокрейн, Г.; Международное сотрудничество по базам данных нуклеотидных последовательностей (2011). «Международное сотрудничество по базам данных нуклеотидных последовательностей» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D33–D37. дои : 10.1093/nar/gkr1006 . ПМК 3244996 . ПМИД 22080546 .
- ^ Брунак, Сорен; Данчин, Антуан; Хаттори, Масахира; Накамура, Харуки; Шинозаки, Кадзуо; Матисе, Тара; Пройсс, Дафна (15 ноября 2002 г.). «Политика базы данных нуклеотидных последовательностей» . Наука . 298 (5597): 1333. doi : 10.1126/science.298.5597.1333b . ISSN 1095-9203 . ПМИД 12436968 . S2CID 42740562 .
- ^ «insdc.org» .
- ^ "INSDC :: Советники" . Архивировано из оригинала 9 декабря 2007 г. Проверено 29 июня 2019 г.
- ^ «Определение таблицы функций DDBJ/ENA/GenBank» . Ebi.ac.uk. Архивировано из оригинала 24 марта 2005 г. Проверено 29 июня 2019 г.
- ^ «Европейский архив нуклеотидов <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk.
- ^ «Просмотр базы данных» . Архивировано из оригинала 12 февраля 2005 г. Проверено 2 марта 2005 г.
- ^ США (06 мая 2019 г.). «МРНК Trifolium repens для нецианогенной бета-глюкозидазы - Нуклеотид - NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 29 июня 2019 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]Внешние ссылки
[ редактировать ]- Официальный сайт
- Сайт EMBL-EBI INSDC
- База данных нуклеотидов EMBL-EBI
- Банк данных ДНК Японии
- Поиск нуклеотидов в GenBank
