Анализ Хумара
Анализ Humara является одним из наиболее широко используемых методов для определения клонального происхождения опухоли. [ 1 ] [ 2 ] Метод основан на инактивации Х -хромосомы , и он использует преимущества различного статуса метилирования гена Humara (короткий для андрогенного рецептора человека ), расположенного на X -хромосоме . Учитывая тот факт, что однажды одна Х -хромосома инактивирована в клетке, [ 3 ] Все остальные клетки, полученные из него, будут иметь одинаковую инактивированную x хромосомы, этот подход становится инструментом для дифференциации моноклональной популяции от поликлональной в женской ткани. Ген Хумара, в частности, имеет три важные особенности, которые делают его очень удобным для этой цели:
- Ген расположен на Х -хромосоме и проходит инактивацию путем метилирования в нормальном эмбриогенезе ребенка. [ 3 ] Поскольку большинство генов на Х -хромосоме подвергаются инактивации, эта особенность важна.
- генов андрогеновых рецепторов человека Аллели имеют различное количество повторений CAG. [ 4 ] Таким образом, когда ДНК из здоровой женской ткани усиливается полимеразной цепной реакцией (ПЦР) для специфической области гена, на геле можно увидеть две отдельные полосы.
- Область, которая усиливается с помощью ПЦР, также имеет определенные базовые приказы, которые делают его восприимчивым, чтобы переваривать фермент HPAII (или HHAI), когда он не метилирован. [ 4 ] Эта деталь дает исследователям возможность дифференцировать метилированный аллель от неметилированного аллеля.
Из -за этих качеств гена Хумара можно определить клональное происхождение любой ткани из организма самки млекопитающих.
Процесс
[ редактировать ]Основной процесс заключается в следующем:
- ДНК из ткани изолирована.
- Изолированная ДНК обрабатывается подходящим ферментом (например, HPAII) в оптимальных условиях в течение предполагаемого количества времени (то есть в течение ночи).
- ДНК очищается, а изолированная область гена Хумара усиливается с помощью ПЦР с использованием «подходящих» праймеров (в качестве примера, см.: Ссылка 2)
- После запуска продуктов ПЦР через гель визуализируется гель, и результаты анализируются соответствующим образом.
Интерпретация
[ редактировать ]Если очевидны две полосы, изученная ткань, скорее всего, имеет поликлональное происхождение. Если наблюдается одна полоса, ткань является моноклональной, если только два аллеля не имеют одинакового количества повторений CAG или разных клеток с одинаковыми инактивированными инициировали опухоль; Итак, кажущиеся моноклональными, хотя на самом деле это поликлонально.
Чтобы сделать вывод о клональности опухоли, ДНК из нормальной ткани того же человека сделана, и образец без обработки ферментов усиливается в качестве контроля. Если одна полоса наблюдается даже в нормальных тканях без обработки ферментов, это можно объяснить следующим образом: этот человек имеет генетическую картину XO (эта возможность может быть исключена, если одна полоса наблюдается после обработки фермента, потому что, если XO действительно является Генетический паттерн образца, тогда не будет метилирования, и поэтому после переваривания с ферментом не должна быть видно полосы. ) Когда две полосы появляются для нормальной ткани (оба фермента, обработанного, так и необработанного), и две полосы наблюдаются как для обработанного ферментами, так и для необработанной ДНК опухоли, опухоль является поликлональной. Однако, если после обработки ферментов наблюдается одно и то же количество полос, существует высокая вероятность того, что опухоль будет моноклональной, хотя это не уверено, поскольку это возможно для обоих аллелей иметь одинаковые повторения CAG.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Парсонс, Барбара Л. (2008-10-01). «Многие различные типы опухолей имеют происхождение поликлональной опухоли: доказательства и последствия» . Мутационные исследования . 659 (3): 232–247. Bibcode : 2008mrrmr.659..232p . doi : 10.1016/j.mrrev.2008.05.004 . ISSN 0027-5107 . PMID 18614394 .
- ^ Comertpay, Сабахаттин; Пасторино, Сандра; Танджи, Мика; Меззапель, Розанна; Стрианский, Ориан; Наполитано, Андреа; Бауманн, Франсин; Вейгель, Трейси; Фридберг, Джозеф (2014-01-01). «Оценка клонального происхождения злокачественной мезотелиомы» . Журнал трансляционной медицины . 12 : 301. DOI : 10.1186/S12967-014-0301-3 . ISSN 1479-5876 . PMC 4255423 . PMID 25471750 .
- ^ Jump up to: а беременный Gartler, SM; Риггс, А.Д. (1983-01-01). «Инактивация X-хромосомы млекопитающих». Ежегодный обзор генетики . 17 : 155–190. doi : 10.1146/annurev.ge.17.120183.001103 . ISSN 0066-4197 . PMID 6364959 .
- ^ Jump up to: а беременный Аллен, RC; Zoghbi, Hy; Мозли, AB; Розенблатт, HM; Belmont, JW (1992-12-01). «Метилирование сайтов HPAII и HHAI вблизи полиморфного повторения CAG в гене андрогенового рецептора человека коррелирует с инактивацией х хромосомы» . Американский журнал человеческой генетики . 51 (6): 1229–1239. ISSN 0002-9297 . PMC 1682906 . PMID 1281384 .