Джеффри Чанг
Джеффри Чанг — профессор Калифорнийского университета, в Школы фармацевтики и фармацевтических наук Скэггса Сан-Диего и кафедры фармакологии Медицинской школы. Его лаборатория занимается структурной биологией интегральных мембранных белков , в частности изучением методов рентгеновской кристаллографии для определения третичных структур мембранных белков, которые, как известно, устойчивы к кристаллизации . Лаборатория специализируется на изучении структур множественной лекарственной устойчивости белков-переносчиков бактерий . В 2001 году, будучи преподавателем Исследовательского института Скриппса , Чанг был удостоен Премии молодых исследователей Бекмана . [1] предназначен для поддержки исследователей в начале их академической карьеры в его работе по структурной биологии множественной лекарственной устойчивости. [2] Чанг объявил о переезде из Скриппса в соседний Калифорнийский университет в Сан-Диего в 2012 году. [3]
В 2007 году Чанг и соавторы отозвали пять ранее опубликованных статей, описывающих структуры трех белков-переносчиков нескольких лекарств, после того, как другая исследовательская группа опубликовала сильно отличающуюся структуру, что привело к обнаружению критической ошибки в специальных программных инструментах группы Чанга. [4] Однако с тех пор Чанг опубликовал и другие статьи в области структурной биологии. [5] [6] и получил грант EUREKA «за исключительно инновационные исследовательские проекты, которые могут оказать чрезвычайно значительное влияние на многие области науки» от Национальных институтов здравоохранения. [7]
Отозванные документы
[ редактировать ]Чанг и соавторы опубликовали статьи о структурах переносчиков множественной лекарственной устойчивости, известных как EmrE и MsbA . Хотя первоначальные структуры широко считались загадочными в этой области из-за неожиданного расположения АТФ сайтов связывания в собранном димере , [8] публикация дополнительной структуры в том же семействе белков показала, что структуры Чанга вряд ли представляют биологически активную конформацию молекул. [9] Чанг и соавторы отозвали свои структурные статьи по EmrE и MsbA, сославшись на ошибку во внутренней программной утилите как на источник неправильной интерпретации данных, которая привела к появлению неправильно собранных димеров. [4] [10] Применение популярного инструмента проверки структуры белка к одной из отозванных структур MsbA приводит к получению оценок, указывающих на серьезные ошибки в этой структуре. [11]
В 2007 году были отозваны следующие документы: [10] [12]
- Чанг, Дж; Рот, CB (2001). «Структура MsbA из E. coli: гомолог переносчиков АТФ-связывающей кассеты (ABC) с множественной лекарственной устойчивостью». Наука . 293 (5536): 1793–800. Бибкод : 2001Sci...293.1793C . дои : 10.1126/science.293.5536.1793 . ПМИД 11546864 . (Отозвано, см. дои : 10.1126/science.314.5807.1875b , ПМИД 17185584 )
- Порнильос, О; Чен, Ю.Дж.; Чен, АП; Чанг, Дж. (2005). «Рентгеновская структура мультилекарственного переносчика EmrE в комплексе с субстратом» . Наука . 310 (5756): 1950–3. Бибкод : 2005Sci...310.1950P . дои : 10.1126/science.1119776 . ПМИД 16373573 . (Отозвано, см. дои : 10.1126/science.314.5807.1875b , ПМИД 17185584 )
- Рейес, CL; Чанг, Дж. (2005). «Структура транспортера ABC MsbA в комплексе с ADP.ванадатом и липополисахаридом». Наука . 308 (5724): 1028–31. Бибкод : 2005Sci...308.1028R . дои : 10.1126/science.1107733 . ПМИД 15890884 . S2CID 37250061 . (Отозвано, см. дои : 10.1126/science.314.5807.1875b , ПМИД 17185584 )
- Чанг, Дж. (2003). «Структура MsbA из холерного вибриона: гомолог транспортера ABC с множественной лекарственной устойчивостью в закрытой конформации». Дж Мол Биол . 330 (2): 419–30. дои : 10.1016/s0022-2836(03)00587-4 . ПМИД 12823979 .
- Ма, С; Чанг, Дж. (2004). «Структура эффлюксного транспортера EmrE с множественной лекарственной устойчивостью из Escherichia coli» . Proc Natl Acad Sci США . 101 (9): 2852–7. Бибкод : 2004PNAS..101.2852M . дои : 10.1073/pnas.0400137101 . ПМЦ 365709 . ПМИД 14970332 . (Отозвано, см. дои : 10.1073/pnas.0700711104 , PMID 17360700 )
Этот эпизод упоминается как в научных [13] и популярные СМИ [14] в качестве примера, мотивирующего усовершенствовать методы разработки программного обеспечения в вычислительной биологии .
Недавняя работа
[ редактировать ]В 2009 году Чанг опубликовал статью в журнале Science . [5] описание белка, который удерживает определенные вещества, в том числе многие лекарства, вне клеток. Белок, называемый P-гликопротеином или сокращенно P-gp, является одной из основных причин устойчивости раковых клеток к химиотерапевтическим препаратам. [15] В 2010 году он возглавил исследование, опубликованное в журнале Nature, в котором подробно описана структура транспортера NorM семейства MATE ( мультиантимикробный экструзионный белок ), который принадлежит к единственному оставшемуся классу транспортеров с множественной лекарственной устойчивостью, которые еще предстоит описать ученым. [6] Работа имеет значение для борьбы с опасными штаммами бактерий, устойчивыми к антибиотикам, а также для создания морозостойких штаммов сельскохозяйственных культур. [16]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Джеффри Чанг» . Фонд Арнольда и Мейбл Бекман . Проверено 1 августа 2018 г.
- ^ Новости и мнения Исследовательского института Скриппса. Кратко 1 (9): 2 апреля 2001 г. Дата доступа 17 января 2001 г.
- ^ Роббинс, Гэри (9 октября 2012 г.). «Исследование Скриппса теряет пятого талантливого учёного» . Сан-Диего Юнион-Трибьюн . Проверено 10 февраля 2015 г.
- ^ Перейти обратно: а б Миллер, Дж. (2006). «Научное издание. Кошмар учёного: проблема с программным обеспечением привела к пяти отзывам» . Наука . 314 (5807): 1856–7. дои : 10.1126/science.314.5807.1856 . ПМИД 17185570 . S2CID 34054520 .
- ^ Перейти обратно: а б Аллер, С.; и др. (2009). «Структура P-гликопротеина раскрывает молекулярную основу полиспецифического связывания лекарств» . Наука . 323 (5922): 1718–1722. Бибкод : 2009Sci...323.1718A . дои : 10.1126/science.1168750 . ПМК 2720052 . ПМИД 19325113 .
- ^ Перейти обратно: а б Он и др., «Структура экструзионного переносчика катион-связанных мультилекарственных и токсичных соединений», http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/abs/nature09408.html.
- ^ Исследовательский институт Скриппса Джеффри Чанг получает премию EUREKA http://www.scripps.edu/newsandviews/e_20100920/etc.html
- ^ Хиггинс, штат Флорида; Линтон, К.Дж. (2001). «Структурная биология. XYZ транспортеров ABC». Наука . 293 (5536): 1782–4. дои : 10.1126/science.1065588 . ПМИД 11546861 . S2CID 83363016 .
- ^ Доусон, Р.Дж.; Лохер, КП (2006). «Структура бактериального мультилекарственного переносчика ABC». Природа . 443 (7108): 180–5. Бибкод : 2006Natur.443..180D . дои : 10.1038/nature05155 . ПМИД 16943773 . S2CID 27132450 .
- ^ Перейти обратно: а б Чанг, Дж; Рот, CB; Рейес, CL; Порнильос, О; Чен, Ю.Дж.; Чен, АП (2006). «Отказ». Наука . 314 (5807): 1875. doi : 10.1126/science.314.5807.1875b . ПМИД 17185584 . S2CID 220093343 .
- ^ Видерштейн, М; Сиппл, MJ (2007). «ProSA-web: интерактивный веб-сервис для распознавания ошибок в трехмерных структурах белков» . Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (проблема с веб-сервером): W407–10. дои : 10.1093/нар/gkm290 . ЧВК 1933241 . ПМИД 17517781 .
- ^ Гаврилевский А. (2006). Опровержения выбивают из колеи структурную биографию: недавние открытия опровергают выводы из пяти широко цитируемых статей The Scientist 4 января 2007 г. Полный текст бесплатно Дата доступа 17 января 2007 г.
- ^ Перкель, Джеффри М. (29 июня 2011 г.). «Программирование как выход из проблемы» . Природные методы . 8 (7): 541–543. дои : 10.1038/nmeth.1631 . ПМИД 21716280 . S2CID 13175560 .
- ^ Теннер, Эдвард (7 декабря 2012 г.). «Программное обеспечение с ошибками: ахиллесова пята науки, основанной на больших данных?» . Атлантика . Проверено 10 февраля 2015 г.
- ^ Ученые обнаружили структуру белка, который делает раковые клетки устойчивыми к химиотерапии http://www.scripps.edu/newsandviews/e_20090330/chang.html
- ^ Исследовательский институт Скриппса http://www.scripps.edu/news/press/20100922. Архивировано 28 сентября 2010 г. в Wayback Machine.