Коэффициент совпадения
В генетике коэффициент совпадения (coc) является мерой вмешательства в образование хромосомных кроссинговеров во время мейоза . Обычно, если происходит кроссинговер в одном месте хромосомы, это снижает вероятность кроссовера в соседнем месте. [1] Это называется интерференцией.
Коэффициент совпадения обычно рассчитывается на основе скорости рекомбинации между тремя генами. Если в порядке ABC находятся три гена, то связаны по частоте рекомбинации мы можем определить, насколько тесно они . Зная скорость рекомбинации между A и B и скорость рекомбинации между B и C, мы наивно ожидали бы, что двойная скорость рекомбинации будет произведением этих двух скоростей.
Коэффициент совпадения рассчитывается путем деления фактической частоты двойных рекомбинантов на ожидаемую частоту: [1]
- coc = фактическая двойная рекомбинантная частота / ожидаемая двойная рекомбинантная частота
Тогда помехи определяются следующим образом: [1]
- интерференция = 1 − coc
Этот рисунок говорит нам, насколько сильно кроссовер в одном из участков ДНК (AB или BC) мешает образованию кроссовера в другом участке.
Рабочий пример
[ редактировать ]дрозофилы Самки генотипа а + аб + до нашей эры + с скрещены с самцами генотипа аа bb cc . Это привело к появлению 1000 потомков следующих фенотипов :
- а + б + с + : 244 (родительский генотип, рекомбинации нет)
- а + б + c: 81 (рекомбинантный между B и C)
- а + до нашей эры + : 23 (двойной рекомбинантный)
- а + bc: 152 (рекомбинантный между A и B)
- аб + с + : 148 (рекомбинантный между А и В)
- аб + с: 27 (двойной рекомбинантный)
- абв + : 89 (рекомбинантный между B и C)
- abc: 236 (родительский генотип, рекомбинации нет)
Из этих цифр видно, что б + /b Локус лежит между a + / локус и c + /c локус.
Имеется 23 + 152 + 148 + 27 = 350 потомков, демонстрирующих рекомбинацию между генами A и B. И имеется 81 + 23 + 27 + 89 = 220 потомков, демонстрирующих рекомбинацию между генами B и C. Таким образом, ожидаемая скорость двойной рекомбинации равна ( 350/1000) * (220/1000) = 0,077, или 77 на 1000.
Однако на самом деле двойных рекомбинантов всего 23 + 27 = 50. Таким образом, коэффициент совпадения составляет 50/77 = 0,65.
Помеха равна 1 − 0,65 = 0,35.
Высокая отрицательная интерференция
[ редактировать ]Когда три генетических маркера a, b и c находятся рядом (например, в пределах одного гена ), коэффициент совпадения (рассчитанный, как в приведенном выше примере), обычно оказывается значительно больше 1. Это означает, что любое индивидуальное рекомбинации событие имеет тенденцию быть более тесно связанным с другим близлежащим событием рекомбинации, чем можно было бы ожидать случайно. Этот тип ассоциации известен как «негативное вмешательство». Когда коэффициент совпадения значительно превышает 1, это известно как «высокая отрицательная интерференция». Сообщалось о высокой негативной интерференции в отношении бактериофага Т4 (например, [2] [3] ) и при инфекциях вируса иммунодефицита человека ( ВИЧ ). [4] [5]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с Гриффитс AJF , Весслер С.Р. , Левонтин Р.К. , Кэрролл С.Б. (2008) Введение в генетический анализ . Нью-Йорк: WH Freeman and Company.
- ^ Чейз М., Доерманн А.Х. Высокая отрицательная интерференция коротких сегментов генетической структуры бактериофага Т4. Генетика. Май 1958 г.; 43 (3): 332–53. ПМИД 17247760
- ^ Эдгар RS, Стейнберг CM. О происхождении высокой негативной интерференции на коротких участках генетической структуры бактериофага Т4. Вирусология. август 1958 г.;6(1):115-28. ПМИД 13626191
- ^ Ху В.С., Боуман Э.Х., Делвикс К.А., Патак В.К. Гомологичная рекомбинация происходит в отдельной ретровирусной субпопуляции и демонстрирует высокую отрицательную интерференцию. Дж Вирол. Август 1997 г., 71(8):6028-36. ПМИД 9223494
- ^ Андерсон Дж.А., Тойфель Р.Дж., 2-й, Инь П.Д., Ху В.С. Коррелированные события переключения матрицы во время синтеза минус-цепи ДНК: механизм сильного негативного вмешательства во время ретровирусной рекомбинации. Дж Вирол. 1998 февраль;72(2):1186-94. ПМИД 9445017