Авсунвироиды

Авсунвироиды
	Вироид семейства Avsunviroidae
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вироид
Семья:	Авсунвироиды
Роды
	Авсунвироид ; Элавироид ; Пеламовироид ;

Вторичная структура, предложенная для представителей семейства *Avsunviroidae.*

Avsunviroidae — семейство вироидов . Существует четыре вида в трёх родах ( авсунвироид , элавироид и пеламовироид ). ^{[ 1 ]} Они состоят из геномов РНК от 246 до 375 нуклеотидов длиной . Они представляют собой одноцепочечные ковалентные кольца и имеют внутримолекулярное спаривание оснований. У всех членов отсутствует центральная консервативная область. ^{[ 2 ]}

Репликация

Репликация происходит в хлоропластах растительных клеток. Ключевые особенности репликации включают отсутствие необходимости в вирусе-помощнике и отсутствие кодирования белков. В отличие от другого семейства вироидов , Pospiviroidae , Avsunviroidae , как полагают, реплицируются посредством симметричного механизма свертывания . Считается, что положительная цепь РНК действует как матрица для формирования отрицательных цепей с помощью фермента, называемого РНК-полимеразой плюс 3 II. Отрицательные цепи РНК затем расщепляются под действием рибозимов и образуют циркулярную форму. Второй механизм вращающегося кольца образует положительную цепь, которая также расщепляется под действием рибозима, а затем лигируется и становится кольцевой. Место репликации неизвестно, но предполагается, что оно находится в хлоропластах и в присутствии Mg. ²⁺ ионы. ^{[ 2 ]}

Структура

Прогнозы структуры позволили предположить, что они существуют либо в виде стержнеобразных молекул с областями спаривания оснований, вызывающими образование некоторых шпилек , либо имеют разветвленную конфигурацию. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}

Семейство имеет четыре участка консервативных нуклеотидов: гууук , Калифорнийский университет , ты , и с 5' на 3', плюс их пары Уотсон-Крик на другом конце цикла. Это часть рибозима «молоток» . ^{[ 1 ]} В остальном структурное сходство в семье мало. ^{[ Эл 1 ]} У них нет консервативных мотивов CCH, TCR или TCH, что является одной из особенностей, определяющих их отделение от Pospiviroidae. ^{[ Эл 2 ]}

Классификация

В семействе три рода и пять видов. ^{[ 2 ]}

Семейство Авсунвироидеи.
- Род Авсунвироид ; ^{[ Эл 3 ]}
  - Виды: Вироид солнечной пятнистости авокадо (ASBVd, акк. J02020, поколение len. 247nt) ^{[ Эл 4 ]}
- Род Элавироид ; ^{[ Эт 5 ]}
  - Вид: Латентный вироид баклажана (ELVd, акк. AJ536613, поколение len. 333nt) ^{[ Эл 4 ]}
- Род Пеламовироид ; ^{[ Эт 6 ]}
  - Виды: вироид яблони молотковой , вироид хлоротичной пятнистости хризантемы (CChMVd, акк. Y14700, род. длина 399nt) ^{[ Эл 4 ]} и вироид латентной мозаики Персика (PLMVd, акк. M83545, генер. длина 337nt) ^{[ Эл 4 ]}

Обнаружение

Отсутствие длинной центральной консервативной области затрудняет идентификацию Avsunviroidae, чем Pospiviroidae . Метод их обнаружения заключается в использовании их округлости: компьютер может собрать воедино множество перекрывающихся чтений, которые при линейном размещении образуют повторы. ^{[ 4 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Серьезно, Ф; Ли, Сан-Франциско; Матучек, Дж; Оуэнс, РА; Паллас, В; Рэндлс, Дж.В.; Сано, Т; Верховен, JTJ; Видалакис, Г; Флорес, Р; Отчет Ictv, Консорциум (май 2018 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: Avsunviroidae» . Журнал общей вирусологии . 99 (5): 611–612. дои : 10.1099/jgv.0.001045 . hdl : 10251/142511 . ПМИД 29580320 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Онлайн-репортаж ICTV Avsunviroidae» . Архивировано из оригинала 12 февраля 2022 г. Проверено 3 мая 2018 г.
^ Жигер, Т; Адкар-Пурушотама, ЧР; Болдук, Ф; Перро, JP (октябрь 2014 г.). «Выяснение строения всех представителей семейства Avsunviroidae» . Молекулярная патология растений . 15 (8): 767–79. дои : 10.1111/mpp.12130 . ПМЦ 6638799 . ПМИД 25346967 .
^ Ву, Кью; Ван, Ю; Цао, М; Панталео, В; Бургян, Дж; Ли, WX; Дин, Юго-Запад (6 марта 2012 г.). «Независимое от гомологии открытие репликации патогенных кольцевых РНК путем глубокого секвенирования и нового вычислительного алгоритма» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (10): 3938–43. Бибкод : 2012PNAS..109.3938W . дои : 10.1073/pnas.1117815109 . ПМК 3309787 . ПМИД 22345560 .

Флорес, Рикардо; Эрнандес, Кармен; Альба, А. Эмилио Мартинес де; Дарос, Хосе-Антонио; Серио, Франческо Ди (2005). «Вироиды и взаимодействие вироидов с хозяином». Ежегодный обзор фитопатологии . 43 (1). Годовые обзоры : 117–139. doi : 10.1146/annurev.phyto.43.040204.140243 . ISSN 0066-4286 . ПМИД 16078879 .

^ с. 120: «Помимо основных нуклеотидов, консервативных в их структурах в форме головки молотка, между ними не существует значительного сходства последовательностей»
^ с. 118-120, «Остальные четыре вироида: вироид солнечной пятнистости авокадо (ASBVd) (47), вироид латентной мозаики персика (PLMVd) (45), вироид хлоротичной пятнистости хризантемы (CChMVd) (65) и латентный вироид баклажана (ELVd) ( 30), не имеют консервативных мотивов CCR, TCR и TCH, но, что примечательно, обе их полярные цепи саморасщепляются посредством рибозимов «головки молотка»; они образуют второе семейство, Avsunviroidae (обзор в 33), типовым видом которого является ASBVd (формальный); включение ELVd в это семейство ожидает одобрения ICTV) (рис. 1b)».
^ с. 120, «ASBVd, единственный вироид с высоким содержанием A+U (62%) (47), образует моноспецифический род»
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д п. 119, ТАБЛИЦА 1
^ с. 120, «и ELVd, свойства которого находятся между свойствами членов двух других родов, было предложено составить отдельный род (30).
^ с. 120, «но PLMVd и CChMVd группируются в один род из-за их разветвленной вторичной структуры (21, 45, 65), которая стабилизируется псевдоузлом (10; С. Гаго, М. Де ла Пенья и Р. Флорес, неопубликовано). результаты) (рис. 1б) и их нерастворимость в 2М LiCl (65)».

Внешние ссылки

ICTV Online (10th) Report ; Avsunviroidae
MicrobiologyBytes: Viroids , заархивировано из оригинала 24 февраля 2007 г. , получено 16 марта 2007 г.
Описание растительных вирусов — Avsunviroidae , заархивировано из оригинала 13 февраля 2007 г. , получено 16 марта 2007 г.
ИССЛЕДОВАНИЯ КАТАЛИТИЧЕСКИХ МОЛЕКУЛ РНК, ОТНОСЯЩИХСЯ К ГИПОТЕЗЕ МИРА РНК (PDF) , заархивировано из оригинала (PDF) 22 июля 2011 г.

[prof-1] Jump up to: ^а ^б Серьезно, Ф; Ли, Сан-Франциско; Матучек, Дж; Оуэнс, РА; Паллас, В; Рэндлс, Дж.В.; Сано, Т; Верховен, JTJ; Видалакис, Г; Флорес, Р; Отчет Ictv, Консорциум (май 2018 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: Avsunviroidae» . Журнал общей вирусологии . 99 (5): 611–612. дои : 10.1099/jgv.0.001045 . hdl : 10251/142511 . ПМИД 29580320 .

[ICTVReport-2] Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Онлайн-репортаж ICTV Avsunviroidae» . Архивировано из оригинала 12 февраля 2022 г. Проверено 3 мая 2018 г.

[3] Жигер, Т; Адкар-Пурушотама, ЧР; Болдук, Ф; Перро, JP (октябрь 2014 г.). «Выяснение строения всех представителей семейства Avsunviroidae» . Молекулярная патология растений . 15 (8): 767–79. дои : 10.1111/mpp.12130 . ПМЦ 6638799 . ПМИД 25346967 .

[10] Ву, Кью; Ван, Ю; Цао, М; Панталео, В; Бургян, Дж; Ли, WX; Дин, Юго-Запад (6 марта 2012 г.). «Независимое от гомологии открытие репликации патогенных кольцевых РНК путем глубокого секвенирования и нового вычислительного алгоритма» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (10): 3938–43. Бибкод : 2012PNAS..109.3938W . дои : 10.1073/pnas.1117815109 . ПМК 3309787 . ПМИД 22345560 .

[little-similarity-4] с. 120: «Помимо основных нуклеотидов, консервативных в их структурах в форме головки молотка, между ними не существует значительного сходства последовательностей»

[no-conserved-5] с. 118-120, «Остальные четыре вироида: вироид солнечной пятнистости авокадо (ASBVd) (47), вироид латентной мозаики персика (PLMVd) (45), вироид хлоротичной пятнистости хризантемы (CChMVd) (65) и латентный вироид баклажана (ELVd) ( 30), не имеют консервативных мотивов CCR, TCR и TCH, но, что примечательно, обе их полярные цепи саморасщепляются посредством рибозимов «головки молотка»; они образуют второе семейство, Avsunviroidae (обзор в 33), типовым видом которого является ASBVd (формальный); включение ELVd в это семейство ожидает одобрения ICTV) (рис. 1b)».

[Avsun-6] с. 120, «ASBVd, единственный вироид с высоким содержанием A+U (62%) (47), образует моноспецифический род»

[table-as-of-2005-7] Jump up to: ^а ^б ^с ^д п. 119, ТАБЛИЦА 1

[Ela-8] с. 120, «и ELVd, свойства которого находятся между свойствами членов двух других родов, было предложено составить отдельный род (30).

[pelam-9] с. 120, «но PLMVd и CChMVd группируются в один род из-за их разветвленной вторичной структуры (21, 45, 65), которая стабилизируется псевдоузлом (10; С. Гаго, М. Де ла Пенья и Р. Флорес, неопубликовано). результаты) (рис. 1б) и их нерастворимость в 2М LiCl (65)».

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ Эл 1 ]

[ Эл 2 ]

[ Эл 3 ]

[ Эл 4 ]

[ Эт 5 ]

[ Эт 6 ]

[ 4 ]