Никующий фермент

( Никующий фермент или никующая эндонуклеаза ) — это фермент , разрезающий одну цепь двухцепочечной ДНК или РНК. ^{[ 1 ]} на специфической нуклеотидной последовательности узнавания, известной как сайт рестрикции . Такие ферменты гидролизуют (разрезают) только одну цепь дуплекса ДНК, образуя молекулы ДНК, которые «разрезаются», а не расщепляются. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}

Их можно использовать для амплификации смещения нитей, ^{[ 4 ]} Реакция амплификации никелевого фермента , экзонуклеотидная деградация, создание небольших пробелов, ^{[ 5 ]} или перевод ника . ^{[ 6 ]} Последний процесс был успешно использован для включения как радиоактивно меченных нуклеотидов, так и флуоресцентных нуклеотидов, что позволило изучить определенные участки двухцепочечной ДНК. ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} Изучено более 200 никующих ферментов, 13 из них коммерчески доступны. ^{[ 8 ]} и обычно используются для исследований и в коммерческих продуктах.

Ссылки

^ Ван X, Чжу Б (22 мая 2024 г.). «SARS-CoV-2 nsp15 преимущественно разрушает дцРНК, богатую AU, за счет ее никазной активности дцРНК». Исследования нуклеиновых кислот . 52 (9): 5257–5272.
^ Андо Т; и др. (июль 1969 г.). «Выделение и характеристика ферментов с никующим действием из Escherichia coli, инфицированных фагом Т4». Дж. Биохим . 66 (1): 1–10. doi : 10.1093/oxfordjournals.jbchem.a129107 . ПМИД 4309718 .
^ Морган Р.Д., Конг Х. и др. (ноябрь 2000 г.). «Характеристика специфической активности разрыва ДНК эндонуклеазы рестрикции N.BstNBI». Биол. Хим . 381 (11): 1123–5. дои : 10.1515/BC.2000.137 . ПМИД 11154070 . S2CID 22472698 .
^ Уокер Г.Т., Литтл МС, Надо Дж.Г., Шэнк Д.Д. (январь 1992 г.). «Изотермическая амплификация ДНК in vitro с помощью системы фермент рестрикции/ДНК-полимераза» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 89 (1): 392–6. Бибкод : 1992PNAS...89..392W . дои : 10.1073/pnas.89.1.392 . ПМК 48243 . ПМИД 1309614 .
^ Ван Х, Хейс Дж.Б. (октябрь 2001 г.). «Простое и быстрое приготовление плазмидной ДНК с пробелами для включения олигомеров, содержащих специфические повреждения ДНК». Мол. Биотехнология . 19 (2): 133–40. дои : 10.1385/МБ:19:2:133 . ПМИД 11725483 . S2CID 22156627 .
^ Jump up to: ^а ^б Ригби П.В., Дикманн М., Роудс К., Берг П. (июнь 1977 г.). «Маркировка дезоксирибонуклеиновой кислоты с высокой специфической активностью in vitro путем трансляции никеля с помощью ДНК-полимеразы I». Дж. Мол. Биол . 113 (1): 237–51. дои : 10.1016/0022-2836(77)90052-3 . ПМИД 881736 .
^ Джо К., Дхингра Д.М., Одейк Т., де Пабло Дж.Дж., Грэм М.Д., Рунхейм Р., Форрест Д., Шварц Д.К. (2007). «Система штрих-кодирования одной молекулы с использованием нанощелей для анализа ДНК» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 104 (8): 2673–8. Бибкод : 2007PNAS..104.2673J . дои : 10.1073/pnas.0611151104 . ПМК 1815240 . ПМИД 17296933 .
^ «РЕБАЗОВЫЕ ФЕРМЕНТЫ» . Энциклопедия рестриктаз и никующих ферментов . Проверено 1 июня 2009 г.

Внешние ссылки

[Wang_2024-1] Ван X, Чжу Б (22 мая 2024 г.). «SARS-CoV-2 nsp15 преимущественно разрушает дцРНК, богатую AU, за счет ее никазной активности дцРНК». Исследования нуклеиновых кислот . 52 (9): 5257–5272.

[pmid4309718-2] Андо Т; и др. (июль 1969 г.). «Выделение и характеристика ферментов с никующим действием из Escherichia coli, инфицированных фагом Т4». Дж. Биохим . 66 (1): 1–10. doi : 10.1093/oxfordjournals.jbchem.a129107 . ПМИД 4309718 .

[pmid11154070-3] Морган Р.Д., Конг Х. и др. (ноябрь 2000 г.). «Характеристика специфической активности разрыва ДНК эндонуклеазы рестрикции N.BstNBI». Биол. Хим . 381 (11): 1123–5. дои : 10.1515/BC.2000.137 . ПМИД 11154070 . S2CID 22472698 .

[PMC48243-4] Уокер Г.Т., Литтл МС, Надо Дж.Г., Шэнк Д.Д. (январь 1992 г.). «Изотермическая амплификация ДНК in vitro с помощью системы фермент рестрикции/ДНК-полимераза» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 89 (1): 392–6. Бибкод : 1992PNAS...89..392W . дои : 10.1073/pnas.89.1.392 . ПМК 48243 . ПМИД 1309614 .

[pmid11725483-5] Ван Х, Хейс Дж.Б. (октябрь 2001 г.). «Простое и быстрое приготовление плазмидной ДНК с пробелами для включения олигомеров, содержащих специфические повреждения ДНК». Мол. Биотехнология . 19 (2): 133–40. дои : 10.1385/МБ:19:2:133 . ПМИД 11725483 . S2CID 22156627 .

[Rigby_PW,_Dieckmann_M,_Rhodes_C,_Berg_P_1977_237–51-6] Jump up to: ^а ^б Ригби П.В., Дикманн М., Роудс К., Берг П. (июнь 1977 г.). «Маркировка дезоксирибонуклеиновой кислоты с высокой специфической активностью in vitro путем трансляции никеля с помощью ДНК-полимеразы I». Дж. Мол. Биол . 113 (1): 237–51. дои : 10.1016/0022-2836(77)90052-3 . ПМИД 881736 .

[7] Джо К., Дхингра Д.М., Одейк Т., де Пабло Дж.Дж., Грэм М.Д., Рунхейм Р., Форрест Д., Шварц Д.К. (2007). «Система штрих-кодирования одной молекулы с использованием нанощелей для анализа ДНК» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 104 (8): 2673–8. Бибкод : 2007PNAS..104.2673J . дои : 10.1073/pnas.0611151104 . ПМК 1815240 . ПМИД 17296933 .

[8] «РЕБАЗОВЫЕ ФЕРМЕНТЫ» . Энциклопедия рестриктаз и никующих ферментов . Проверено 1 июня 2009 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]