ДНКаза-Seq
DNase-seq ( секвенирование гиперчувствительных участков ДНКазы I ) — метод в молекулярной биологии, для определения местоположения регуляторных регионов, основанный на полногеномном секвенировании участков, чувствительных к расщеплению ДНКазой I. используемый [1] [2] [3] FAIRE-Seq является преемником DNase-seq для полногеномной идентификации доступных участков ДНК в геноме. Оба протокола идентификации открытых областей хроматина имеют отклонения в зависимости от базовой структуры нуклеосомы. Например, FAIRE-seq обеспечивает большее количество тегов в регионах, где нет промоутера. [4] С другой стороны, сигнал DNase-seq выше в промоторных областях, и было показано, что DNase-seq имеет лучшую чувствительность, чем FAIRE-seq, даже в непромоторных областях. [4]
След ДНКазы-seq
[ редактировать ]DNase-seq требует некоторых последующих биоинформатических анализов, чтобы получить полногеномные следы ДНК . Предлагаемые вычислительные инструменты можно разделить на два класса: подходы на основе сегментации и сайтоцентрические подходы. Методы, основанные на сегментации, основаны на применении скрытых марковских моделей или методов скользящего окна для сегментации генома на открытую/закрытую область хроматина. Примерами таких методов являются: HINT, [5] метод Бойля [6] и метод Нефа. [7] Сайт-центрические методы, с другой стороны, находят следы с учетом открытого профиля хроматина вокруг сайтов связывания, предсказанных мотивом, т.е. регуляторных областей, предсказанных с использованием информации о последовательности ДНК-белка (закодированной в таких структурах, как матрица веса позиций ). Примеры этих методов: СОРОКНОДКА. [8] и метод Куэльяра-Партиды. [9]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Бойл, AP; Дэвис С; Шульха Х.П.; Мельцер П; Маргулис Э.Х.; Вэн З; Фьюри ТС; Кроуфорд Дж.Э. (2008). «Картирование высокого разрешения и характеристика открытого хроматина по всему геному» . Клетка . 132 (2): 311–22. дои : 10.1016/j.cell.2007.12.014 . ПМЦ 2669738 . ПМИД 18243105 .
- ^ Кроуфорд, GE; Холт, IE; Уиттл, Дж; Уэбб, Б.Д.; Тай, Д; Дэвис, С; Маргулис, Э.Х.; Чен, Ю; Бернат, Дж.А.; Гинзбург, Д; Чжоу, Д; Ло, С; Васичек, Ти Джей; Дейли, MJ; Вольфсберг, ТГ; Коллинз, Ф.С. (январь 2006 г.). «Полногеномное картирование сверхчувствительных участков ДНКазы с использованием массово-параллельного сигнатурного секвенирования (MPSS)» . Геномные исследования . 16 (1): 123–131. дои : 10.1101/гр.4074106 . ПМЦ 1356136 . ПМИД 16344561 .
- ^ Мадригал, П; Краевский, П. (октябрь 2012 г.). «Современные биоинформационные подходы к выявлению гиперчувствительных участков ДНКазы I и геномных следов на основе данных секвенирования ДНКазы» . Фронт Генет . 3 : 230. дои : 10.3389/fgene.2012.00230 . ПМЦ 3484326 . ПМИД 23118738 .
- ^ Перейти обратно: а б Прабхакар С., Вибхор Кумар; Райан Н.А.; Краус П; Луфкин Т; Нг ХХ (июль 2013 г.). «Единая, оптимальная обработка сигналов сопоставленных данных глубокого секвенирования» . Природная биотехнология . 31 (7): 615–22. дои : 10.1038/nbt.2596 . ПМИД 23770639 .
- ^ Гусмао, Е.Г.; Дитрих, К; Зенке, М; Коста, И.Г. (август 2014 г.). «Обнаружение сайтов связывания активных транскрипционных факторов с сочетанием гиперчувствительности ДНКазы и модификаций гистонов» . Биоинформатика . 30 (22): 3143–51. doi : 10.1093/биоинформатика/btu519 . ПМИД 25086003 .
- ^ Бойл, AP; и др. (март 2011 г.). «Полногеномное отслеживание in vivo различных факторов транскрипции в клетках человека» . Геномные исследования . 21 (3): 456–464. дои : 10.1101/гр.112656.110 . ПМК 3044859 . ПМИД 21106903 .
- ^ Неф, С; и др. (сентябрь 2012 г.). «Обширный регуляторный лексикон человека, закодированный в следах факторов транскрипции» . Природа . 489 (7414): 83–90. Бибкод : 2012Natur.489...83N . дои : 10.1038/nature11212 . ПМЦ 3736582 . ПМИД 22955618 .
- ^ Пике-Режи, Р; и др. (март 2011 г.). «Точный вывод о связывании транскрипционных факторов на основе данных о последовательности ДНК и доступности хроматина» . Геномные исследования . 21 (3): 447–455. дои : 10.1101/гр.112623.110 . ПМК 3044858 . ПМИД 21106904 .
- ^ Куэльяр-Партида, Ж; и др. (январь 2012 г.). «Эпигенетические априорные методы определения сайтов связывания активных факторов транскрипции» . Биоинформатика . 28 (1): 56–62. doi : 10.1093/биоинформатика/btr614 . ПМЦ 3244768 . ПМИД 22072382 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Анализ следов ДНКазы I данных DNase-seq в R/Bioconductor
- ПОДСКАЗКА : Учебное пособие по обнаружению следов ДНКазы с помощью ПОДСКАЗКИ.
- Сайт Сороконожки