С. Джошуа Свамидасс

С. Джошуа Свамидасс
С. Джошуа Свамидасс
Национальность	Американский
Род занятий	Компьютерный биолог, врач и академик
Академическое образование
Образование	Бакалавр биологических наук ; Магистр информационных и компьютерных наук ; Доктор философии, информатика и компьютерные науки ; доктор медицинских наук
Альма-матер	Калифорнийский университет, Ирвин ; Вашингтонский университет в Сент-Луисе
Академическая работа
Учреждения	Медицинский факультет Вашингтонского университета

С. Джошуа Свамидасс — американский компьютерный биолог, врач, академик и писатель. Он является доцентом кафедры лабораторной и геномной медицины и руководителем факультета трансляционной биоинформатики в Институте информатики Вашингтонского университета в Сент-Луисе . ^{[ 1 ]}

Свамидасс опубликовал более 150 статей. Он сосредотачивает свои исследования на применении статистического машинного обучения и теории принятия решений в контексте химической биологии и медицины. Он также работал над открытием лекарств , метаболизмом лекарств и трансляционными исследованиями . Свамидасс является основателем «Мирной науки», где он пишет о развитии гражданской научной практики. ^{[ 2 ]} Он также является заместителем редактора журнала BMC «Медицинская информатика и принятие решений». В 2019 году он опубликовал «Генеалогический Адам и Ева».

В 2022 году Свамидасс стал членом Американской академии развития науки. ^{[ 3 ]}

Образование

Свамидасс учился в Калифорнийском университете в Ирвайне и получил степень бакалавра биологических наук в 2000 году, а также степень магистра и доктора информационных и компьютерных наук в 2006 и 2007 годах соответственно. В 2009 году он получил степень доктора медицины, а затем поступил в Вашингтонский университет в Сент-Луисе, где закончил ординатуру по клинической патологии. ^{[ 1 ]}

Карьера

Свамидасс занимал должность преподавателя кафедры иммунологии и патологии Медицинской школы Вашингтонского университета в 2010 году, а в 2011 году был повышен до должности доцента кафедры лабораторной и геномной медицины. Он занимал должность руководителя факультета трансляционной биоинформатики. с 2017 г. и доцент кафедры лабораторной и геномной медицины с 2018 г. ^{[ 1 ]}

Исследовать

Исследования Свамидасса в первую очередь сосредоточены на искусственном интеллекте, применяемом для решения научных проблем на стыке медицины, биологии и химии. ^{[ 4 ]} Его работы в этой области были опубликованы в WIRED. ^{[ 5 ]} и The Wall Street Journal . ^{[ 6 ]}

Химическая информатика

В своих исследованиях химической информатики Свамидасс представил три новых ядра: Tanimoto, MinMax и Hybrid, основанных на идее молекулярных отпечатков пальцев. Он изучил свойства и компромиссы этих ядер, а также обсудил их применение с точки зрения прогнозирования мутагенности, токсичности и противораковой активности на трех общедоступных наборах данных. ^{[ 7 ]} В 2013 году он продемонстрировал, что алгоритмы искусственного интеллекта могут предсказывать метаболические трансформации молекул ксенобиотиков, и подчеркнул роль этих процессов в безопасности, эффективности и дозировке лекарств. ^{[ 8 ]} Он также разработал и исследовал алгоритмы быстрого и точного поиска химических отпечатков пальцев в линейном и сублинейном времени. ^{[ 9 ]} Вместе с соавторами он разработал новый метод отбора «Влияние на релевантность избирателя» (IRV) и продемонстрировал его преимущества перед другими SVM и другими методами. ^{[ 10 ]} Более того, он сосредоточил свое исследование на выявлении возможностей и препятствий для глубокого изучения биологии и медицины. ^{[ 11 ]}

Метаболизм лекарств

Свамидасс изучал метаболизм лекарств. ^{[ 12 ]} описал его влияние в контексте заболеваемости и смертности пациентов и предложил новые направления, такие как совместное моделирование метаболизма и реактивности. ^{[ 13 ]} Сосредоточив внимание на открытии лекарств от малярии с открытым исходным кодом, он предложил механизмы действия соединений, активных в уничтожении малярийных паразитов на нескольких стадиях жизненного цикла, а также определил процессы, катализирующие открытие лекарств для десятков различных показаний. ^{[ 14 ]}

Генеалогический Адам и Ева

Свамидасс опубликовал книгу «Генеалогический Адам и Ева: удивительная наука об универсальном происхождении» в 2019 году, основанную на последствиях недавнего универсального генеалогического происхождения в отношении теологии образа Бога, грехопадения и людей за пределами сада. ^{[ 15 ]} Приложение включает работу Свамидасса « Воскресение, доказательства и учёный» , в которой обсуждаются причины его веры в воскресение Иисуса . ^{[ 16 ]} В своем интервью « BibleProject Podcast » он обсудил различия между генеалогическим и генетическим происхождением и исследовал конфликт, существующий между эволюционной наукой и креационизмом. Более того, он заявил: «Генеалогические отчеты не доказывают [существование Адама и Евы], но невозможно опровергнуть существование такой пары 6000 лет назад». ^{[ 17 ]} Анжанетт Робертс похвалила работу Свамидасса и заявила, что в его книге акцент на «генеалогическом происхождении настолько явно библейский, что его длительное отсутствие в евангелических беседах о происхождении человека шокирует», а работа также помогает устранить «враждебность и барьеры, которые разделять ученых, богословов, экзегетов, эволюционистов и креационистов». ^{[ 18 ]} Натан Х. Лентс считал, что «смелая попытка» книги найти место Адаму и Еве в научном понимании человеческого происхождения могла бы помочь примирить евангелистов с эволюционной наукой и наукой в целом, но считал маловероятным, что она сможет убедить ученых в роли Повествование Бытия о происхождении человека. ^{[ 19 ]}

Библиография

Книги

Свамидасс, С. Джошуа (2019). Генеалогический Адам и Ева: удивительная наука о всеобщем происхождении . Даунерс-Гроув, Иллинойс. ISBN 978-0-8308-5263-5 . OCLC 1122690459 . {{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )

Избранные статьи

Свамидасс С.Дж., Чен Дж., Брюанд Дж., Фунг П., Ралайвола Л. и Балди П. (2005). Ядра малых молекул и прогнозирование мутагенности, токсичности и противораковой активности. Биоинформатика, 21(приложение_1), i359-i368.
Ралайвола Л., Свамидасс С.Дж., Сайго Х. и Балди П. (2005). Ядра графов для химической информатики. Нейронные сети, 18(8), 1093–1110.
Ли Дж., Чжэн С., Чен Б., Бьютт А.Дж., Свамидасс С.Дж. и Лу З. (2016). Обзор текущих тенденций в репозиционировании компьютерных лекарств. Брифинги по биоинформатике, 17(1), 2–12.
Чинг, Т., Химмельштейн, Д.С., Болье-Джонс, Б.К., Калинин, А.А., До, Б.Т., Уэй, GP, ... и Грин, CS (2018). Возможности и препятствия для глубокого обучения в биологии и медицине. Журнал интерфейса Королевского общества, 15 (141), 20170387.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с «С. Джошуа Свамидасс, доктор медицинских наук» .
^ «Мирная наука» .
^ «Стипендиаты AAAS 2022» .
^ «С. Джошуа Свамидасс, доктор медицинских наук» .
^ Хайльвайль, Ребекка (3 октября 2018 г.). «Американское духовенство объединяется с учёными» . Проводной .
^ Болдрин, Мишель; Свамидасс, С. Джошуа (25 июля 2011 г.). «Новая сделка по одобрению лекарств» . Уолл Стрит Джорнал .
^ Ралайвола, Лива; Свамидасс, Санджай Дж.; Сайго, Хирото; Балди, Питер (2005). «Ядра графов для химической информатики» . Нейронные сети . 18 (8): 1093–1110. дои : 10.1016/j.neunet.2005.07.009 . ПМИД 16157471 .
^ Зарецки, Джед; Мэтлок, Мэтью; Свамидасс, С. Джошуа (2013). «XenoSite: точное предсказание участков метаболизма, опосредованных CYP, с помощью нейронных сетей» . Журнал химической информации и моделирования . 53 (12): 3373–3383. дои : 10.1021/ci400518g . ПМИД 24224933 . S2CID 1169242 .
^ Свамидасс, С.Дж.; Балди, П. (2007). «Границы и алгоритмы для быстрого точного поиска химических отпечатков пальцев в линейном и сублинейном времени» . Журнал химической информации и моделирования . 47 (2): 302–317. дои : 10.1021/ci600358f . ПМК 2527184 . ПМИД 17326616 .
^ Свамидасс, С.Дж.; Азенкотт, Калифорния; Лин, ТВ; Грамаджо, Х.; Цай, Южная Каролина; Балди, П. (2009). «Голосование по релевантности влияния: точный и интерпретируемый метод виртуального высокопроизводительного скрининга» . Журнал химической информации и моделирования . 49 (4): 756–766. дои : 10.1021/ci8004379 . ПМК 2750043 . ПМИД 19391629 .
^ Чинг, Трэверс; и др. (2018). «Возможности и препятствия для глубокого обучения в биологии и медицине» . Журнал интерфейса Королевского общества . 15 (141). дои : 10.1098/rsif.2017.0387 . ПМЦ 5938574 . ПМИД 29618526 .
^ Флинн, Ной Р.; Данг, На Ле; Уорд, Майкл Д.; Свамидасс, С. Джошуа (2020). «XenoNet: вывод и вероятность образования промежуточных метаболитов» . Журнал химической информации и моделирования . 60 (7): 3431–3449. doi : 10.1021/acs.jcim.0c00361 . ПМЦ 8716322 . ПМИД 32525671 .
^ Хьюз, Тайлер Б.; Данг, На Ле; Кумар, Аюш; Флинн, Ной Р.; Свамидасс, С. Джошуа (2020). «Метаболический лес: прогнозирование разнообразных структур метаболитов лекарств» . Журнал химической информации и моделирования . 60 (10): 4702–4716. doi : 10.1021/acs.jcim.0c00360 . ПМЦ 8716321 . ПМИД 32881497 .
^ Ван Вурхис, Уэсли К.; и др. (2016). «Открытие лекарств с открытым исходным кодом с помощью коллекции соединений от малярии для лечения забытых заболеваний и не только» . ПЛОС Патогены . 12 (7): e1005763. дои : 10.1371/journal.ppat.1005763 . ПМЦ 4965013 . ПМИД 27467575 .
^ Генеалогический Адам и Ева. Удивительная наука о всеобщем происхождении .
^ Свамидасс, С. Джошуа (9 марта 2020 г.). «Воскресение, доказательства и учёный» . Архивировано из оригинала 4 апреля 2021 года . Проверено 29 апреля 2022 г.
^ Маки, Тим; Коллинз, Джон; Свамидасс, С. Джошуа (5 июля 2021 г.). «Древняя космология • Эпизод 7» . Библейский проект (подкаст).
^ Робертс, Анжанетт (21 августа 2020 г.). Приглашение вернуть тайну и стремиться к единству . Симпозиум «Генеалогический Адам и Ева». Дирфилд, Иллинойс: Центр теологического понимания Генри.
^ Ленц, Натан Х. (4 октября 2019 г.). «Предстоящая книга оставляет научную возможность существования «Адама и Евы» » . США сегодня .

[oop-1] Jump up to: ^а ^б ^с «С. Джошуа Свамидасс, доктор медицинских наук» .

[2] «Мирная наука» .

[3] «Стипендиаты AAAS 2022» .

[4] «С. Джошуа Свамидасс, доктор медицинских наук» .

[5] Хайльвайль, Ребекка (3 октября 2018 г.). «Американское духовенство объединяется с учёными» . Проводной .

[6] Болдрин, Мишель; Свамидасс, С. Джошуа (25 июля 2011 г.). «Новая сделка по одобрению лекарств» . Уолл Стрит Джорнал .

[7] Ралайвола, Лива; Свамидасс, Санджай Дж.; Сайго, Хирото; Балди, Питер (2005). «Ядра графов для химической информатики» . Нейронные сети . 18 (8): 1093–1110. дои : 10.1016/j.neunet.2005.07.009 . ПМИД 16157471 .

[8] Зарецки, Джед; Мэтлок, Мэтью; Свамидасс, С. Джошуа (2013). «XenoSite: точное предсказание участков метаболизма, опосредованных CYP, с помощью нейронных сетей» . Журнал химической информации и моделирования . 53 (12): 3373–3383. дои : 10.1021/ci400518g . ПМИД 24224933 . S2CID 1169242 .

[9] Свамидасс, С.Дж.; Балди, П. (2007). «Границы и алгоритмы для быстрого точного поиска химических отпечатков пальцев в линейном и сублинейном времени» . Журнал химической информации и моделирования . 47 (2): 302–317. дои : 10.1021/ci600358f . ПМК 2527184 . ПМИД 17326616 .

[10] Свамидасс, С.Дж.; Азенкотт, Калифорния; Лин, ТВ; Грамаджо, Х.; Цай, Южная Каролина; Балди, П. (2009). «Голосование по релевантности влияния: точный и интерпретируемый метод виртуального высокопроизводительного скрининга» . Журнал химической информации и моделирования . 49 (4): 756–766. дои : 10.1021/ci8004379 . ПМК 2750043 . ПМИД 19391629 .

[11] Чинг, Трэверс; и др. (2018). «Возможности и препятствия для глубокого обучения в биологии и медицине» . Журнал интерфейса Королевского общества . 15 (141). дои : 10.1098/rsif.2017.0387 . ПМЦ 5938574 . ПМИД 29618526 .

[12] Флинн, Ной Р.; Данг, На Ле; Уорд, Майкл Д.; Свамидасс, С. Джошуа (2020). «XenoNet: вывод и вероятность образования промежуточных метаболитов» . Журнал химической информации и моделирования . 60 (7): 3431–3449. doi : 10.1021/acs.jcim.0c00361 . ПМЦ 8716322 . ПМИД 32525671 .

[13] Хьюз, Тайлер Б.; Данг, На Ле; Кумар, Аюш; Флинн, Ной Р.; Свамидасс, С. Джошуа (2020). «Метаболический лес: прогнозирование разнообразных структур метаболитов лекарств» . Журнал химической информации и моделирования . 60 (10): 4702–4716. doi : 10.1021/acs.jcim.0c00360 . ПМЦ 8716321 . ПМИД 32881497 .

[14] Ван Вурхис, Уэсли К.; и др. (2016). «Открытие лекарств с открытым исходным кодом с помощью коллекции соединений от малярии для лечения забытых заболеваний и не только» . ПЛОС Патогены . 12 (7): e1005763. дои : 10.1371/journal.ppat.1005763 . ПМЦ 4965013 . ПМИД 27467575 .

[15] Генеалогический Адам и Ева. Удивительная наука о всеобщем происхождении .

[16] Свамидасс, С. Джошуа (9 марта 2020 г.). «Воскресение, доказательства и учёный» . Архивировано из оригинала 4 апреля 2021 года . Проверено 29 апреля 2022 г.

[17] Маки, Тим; Коллинз, Джон; Свамидасс, С. Джошуа (5 июля 2021 г.). «Древняя космология • Эпизод 7» . Библейский проект (подкаст).

[18] Робертс, Анжанетт (21 августа 2020 г.). Приглашение вернуть тайну и стремиться к единству . Симпозиум «Генеалогический Адам и Ева». Дирфилд, Иллинойс: Центр теологического понимания Генри.

[19] Ленц, Натан Х. (4 октября 2019 г.). «Предстоящая книга оставляет научную возможность существования «Адама и Евы» » . США сегодня .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

Базы данных авторитетного контроля
Международный	ЯВЛЯЮТСЯ ВИАФ
Национальный	Германия Соединенные Штаты
академики	ДБЛП Google Академика Проект математической генеалогии ОРЦИД Давайте опубликуем Идентификатор исследователя Скопус